检测蛋白质构象是否合理————Ramachandran plot(拉氏图)

Ramachandran plot(拉氏图)是由G. N. Ramachandran等人[1]于1963年开发的,用来描述蛋白质结构中氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域的一种可视化方法。同时也可以反映出该蛋白质的构象是否合理。        在介绍Ramachandran plot前有必要简单说...

2018-06-12 22:48:16

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python的文件读取写入

读写文件是最常见的IO操作。Python内置了读写文件的函数,用法和C是兼容的。读写文件前,我们先必须了解一下,在磁盘上读写文件的功能都是由操作系统提供的,现代操作系统不允许普通的程序直接操作磁盘,所以,读写文件就是请求操作系统打开一个文件对象(通常称为文件描述符),然后,通过操作系统提供的接口从...

2018-06-22 14:20:02

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python的OS模块详解

Python os 模块提供了一个统一的操作系统接口函数, 这些接口函数通常是平台指定的,os 模块能在不同操作系统平台(如 nt 或 posix)中的特定函数间自动切换,从而能实现跨平台操作。os模块常用函数:os.getcwd():获取当前工作目录,即当前python脚本工作的目录路径。os....

2018-06-05 16:14:31

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python中matplotlib中的subplot函数使用

一、在一个大图上做若干子图:fig.add_subplot(numrows, numcols, fignum) ####三个参数,分别代表子图的行数,列数,图索引号。可以写成:ax = fig.add_subplot(1, 1, 1)或者,ax = fig.add_subplot(111) A s...

2018-06-03 09:17:40

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PDB文件说明

蛋白质数据库Protein Data Bank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库,网址是http://www.rcsb.org。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究...

2018-06-01 14:08:33

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python函数的参数种类

四种:1.F(arg1,arg2,...)2.F(arg1,arg2=value2,...)3.F(*arg1) 4.F(**arg1)上面这四种方法优先级依次降低,先1,后2,再3,最后4,也就是先把方式1中的arg解析,然后解析方式2中的arg=value,再解析方式3,即是把多出来的arg这...

2018-06-01 13:00:31

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vim编辑器的使用及其快捷键

vi/vim 基本使用方法vi编辑器是所有Unix及Linux系统下标准的编辑器,它的强大不逊色于任何最新的文本编辑器,这里只是简单地介绍一下它的用法和一小部分指令。由于对Unix及Linux系统的任何版本,vi编辑器是完全相同的,因此您可以在其他任何介绍vi的地方进一步了解它。Vi也是Linux...

2018-06-01 12:56:08

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python中比cython更快的编译器pypy

在做python开发的人,应该或多或少的听说过一点pypy吧。我猜。所以就不做背景介绍了,有不懂的同学可以看看这里:1、什么是pypy: http://www.360doc.com/content/15/0625/08/13232598_480502243.shtml (简单总结一下就是:pypy...

2018-06-01 12:53:30

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python与c混合编程cython(2)

cython强大之处还有就是与numpy的良好融合.下面是一个例子:命名为convolve_cy.pyxfrom __future__ import division import numpy as np def naive_convolve(f, g): # f is an image ...

2018-06-01 11:04:53

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python和c混合编程cython(1)

    大家喜欢python的原因不外乎, 一是写起来方便, 二是第三方库多. 但是python比较明显的缺点就是运行速度较慢.  而cpython正好弥补了这一缺点, 就是同时保证了开发效率和运行效率.下面介绍一下cython 的. Cython是用来生成 C 扩展到而不是独立的程序的。所有的...

2018-06-01 09:43:27

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Jupyter Notebook 的快捷键

Jupyter Notebook 的快捷键Jupyter Notebook 有两种键盘输入模式。编辑模式,允许你往单元中键入代码或文本;这时的单元框线是绿色的。命令模式,键盘输入运行程序命令;这时的单元框线是灰色。命令模式 (按键 Esc 开启)Enter : 转入编辑模式Shift-Enter ...

2018-05-28 14:35:31

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C++中 指针和引用

相信很多c++初学者都搞不清指针和引用是个什么玩意,这里我也不写其定义。主要解释“&”和“*”的作用。相信看完以后一定会有收获的。首先,看起几个常见的例子:int i =520; int &r = i; // int *p; p = &a...

2018-05-23 22:40:47

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ctypes的运用(把一个numpy数组传入c中)

1.把一个二维数组转化成一维的,传入C void show_matrix(int *matrix, int rows, int columns) { int i, j; for (i=0; i<rows; i++) { for (j=0; j&...

2018-05-23 22:06:39

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C++声明、初始化二维数组

1.用new申请一块内存 #include<iostream> using namespace std; int main(int argc, char* argv[]) { i...

2018-05-23 21:20:48

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python3和c/c++的混合编程(ctypes的使用)

python作为一种胶水语言具有较高的开发效率, 但是其运行效率比较低, 当计算量比较大时,显得力不从心.  而ctypes是python下的一个可以链接c/c++的一个库. 可以将C函数编译成动态链接库, 即window下的.dll文件或者是linux下的.so文件. 这样我们通过使用cytpe...

2018-05-22 20:23:19

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python可以玩的海龟(turtle)画图软件

在做python练习题时,碰到一个让画国旗的题,于是在网上搜了下,发现turtle(海龟,哈哈)这个包还不错,画不多说直接介绍下基本操作。

2017-11-12 20:56:58

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Ubuntu建立和删除用户

看了网上很多ubuntu系统如何设置超级用户或者是建立普通用户的教程,都不是很详尽,而且有的还是错误的,只有这篇既简单有实用,故进行转载。 sudo adduser xxx 这样的命令会在home目录下添加一个帐号 sudo useradd xxx 仅仅是添加用户, 不会在home目录添加帐号...

2017-11-11 14:43:31

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Python中的LEGB规则

目标命名空间和作用域——Python从哪里查找变量名? 我们能否同时定义或使用多个对象的变量名? Python查找变量名时是按照什么顺序搜索不同的命名空间? 命名空间与作用域的介绍命名空间大约来说,命名空间就是一个容器,其中包含的是映射到不同对象的名称。你可能已经听说过了,Python中的一切——...

2017-11-10 17:06:46

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python之字符串格式化(format)用法说明

用法:  它通过{}和:来代替传统%方式1、使用位置参数要点:从以下例子可以看出位置参数不受顺序约束,且可以为{},只要format里有相对应的参数值即可,参数索引从0开,传入位置参数列表可用*列表

2017-11-09 16:40:10

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欢迎使用CSDN-markdown编辑器

欢迎使用Markdown编辑器写博客本Markdown编辑器使用StackEdit修改而来,用它写博客,将会带来全新的体验哦: Markdown和扩展Markdown简洁的语法 代码块高亮 图片链接和图片上传 LaTex数学公式 UML序列图和流程图 离线写博客 导入导出Markdown文件 丰富...

2017-11-09 16:13:55

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