【科研笔记】关于使用openslide切图的下采样倍数

背景

医学图像是非常巨大的，我们将整张图称作是WSI，也就是whole slide image。在实际处理的时候我们肯定不能用这么大的图，所以我们使用的一般是一个个小patch，这些patch就是从原图中切下来的。

为了方便叙述，我们假定有一个(h, w)的大图。

level是什么

切图的时候首先就涉及到一个level的问题。如果是level 0，那么我们就直接在这个(h, w)的图片上进行切图。如果是level 1，那么我们就是在(h/downsample_factor, w/downsample_factor)这个图上切，换言之就是大图首先被缩小了。如果是level 2，那图的大小就变成了[h/(downsample_factor^2), w/(downsample_factor^2)]，也就是进一步缩小。也就是说这个图在切图之前会被首先调整为[h/(downsample_factor^level), w/(downsample_factor^level)]。

好了，那么level和downsample_factor是什么关系呢？我们不妨这样来查看。读取医学图像一般使用的是openslide这个包，代码如下。

slide = openslide.open_slide(str