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RSS订阅原创 从基因到表型-使用群落建模方法解读微生物互作机制
微生物群落在多个领域（如医疗保健、生物技术和环境修复）中发挥着重要作用，了解微生物群落间相互作用机制对于充分发挥其潜力至关重要。基于基因组规模代谢模型（GEMs）的约束重建和分析（COBRA）方法已成为模拟微生物群落行为的最先进工具。在上一期的结尾中，我们提到一个基于代谢模型建模的案例，通过对两种细菌在特定条件下的模拟培养，可以快速地获取成员的生长速率、目标代谢产物产量、代谢产物的主要生产者、底物消耗情况等情况。对应到实际应用方向，就是代谢能力预测、代谢相互作用分析环境适应性分析生态系统功能分析疾病分析。
2024-04-09 16:43:12
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原创 工具篇|Python版Prodigal，性能最高提升100%！
Prodigal是一款编码蛋白基因（CDS）预测软件，专门用于原核生物的基因组或宏基因组。由于其容易上手的用法和优异的预测性能，截至目前已被引用5756次。最近在进行细菌的基因注释工作时，发现已有研究人员将起整合成为了python模块（pyrodigal），这项工作已发表在上。更强的性能：根据不同的序列而言，运行时间能节省1/3到一半的时间。单一依赖：直接作为Python包分发，不存在Prodigal二进制文件没有中间文件：操作均发生在内存中，序列可直接作为字符串传递更好的内存使用。
2024-03-28 22:45:31
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原创 工具篇|宏基因组MAG-物种注释最佳策略
宏基因组学作为一种获取环境样本中整个生物群落遗传物质的重要工具，在微生物、环境和生态学中受到广泛的应用。通过宏基因组的Binning组装和注释，我们可以快速地获取到样本中微生物的基因组信息（这些基因组我们称之为MAG，Metagenome-Assembled Genome）。然而，与微生物组16S/ITS面临的问题一样，宏基因组在处理MAG的物种注释上也没有统一的执行标准。对于MAG的物种注释，有两个因素影响比较大，一是注释原理差异，分为两类：1.基于系统发育的方法；2.基于分类器的数据库检索。
2024-03-25 18:03:28
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原创 评论篇|Nature中的这些撰写错误你也遇到过吗？
当今群体遗传学中的许多概念都是有问题的。库普对遗传祖先群体的雄辩批评只是一个例子。混合的概念也植根于种族主义，并依赖于不科学的纯度概念。考虑到这一点，我认为仅仅将 AoUR图2归入 Karl Broman 的最差图表列表是不够的。AoUR图2的众多含义，其中包括作者声称在种族上被认定为西班牙裔或拉丁裔的个人在基因上不是欧洲人，因此在种族上不是白人（请参阅上面关于血统分析的部分，了解为什么这是不正确的解释），都是科学种族主义。
2024-03-12 14:05:53
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原创 工具篇|一文入门Singularity
关于容器技术，在以往的文章中已介绍过一次。本文重点介绍Singularity的必需技术，以及如何构建一个属于自己的容器，在全文最后，附上一张构建容器的流程图供大家参考。首先以实际应用例子来说，借助于容器技术我们可以实现哪些操作？打包分析管道，使其在您的笔记本电脑、云端和高性能计算 (HPC) 环境中运行，以产生相同的结果。发表论文并包含指向包含您使用的所有数据和软件的容器的链接，以便其他人可以轻松重现您的结果。通过几次击键即可安装并运行需要复杂依赖关系堆栈的应用程序。
2024-03-07 14:44:19
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空空如也
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