读取三维TIFF

前言

      Matlab用来读取图像的函数是imread（），顾名思义image read，同样的道理写图片的函数是imwrite（）；

      但是imread（）函数可以用来读取二维的图像，例如jpg、png、bmp格式以及二维的tiff图像，对于三维的Tiff图像，却无法读取整张图像，如果直接使用imread，那么被读取的是三维数据中的第一帧。

      那么如何读取三维的TIFF图像呢？

 

读取三维TIFF

    1.  获取图像信息

1. clear all

2. clc;

3.  

4. filepath='test.tif'; %%图像名称与路径

5. Info=imfinfo(filepath); %%获取图片信息并判断是否为tif

 

首先，我们来看Info中存储着那些信息；

    

 

其中存储着图像的基本信息，比如整个图像的大小FileSize，存储了单张图像的尺寸Width与Height，存储了图像有多少张字段，以及图像的位深 BitDepth等信息。

     获得这些信息后，我们就可以准备读入图像了。

1. tif='tif';

2. format=Info.Format;

3. if (strcmp(format ,tif)==0)

4. disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据'); %%确保载入的图像是tiff图像

5. end

6.  

7. Slice=size(Info,1); %%获取图片z向帧数

8. Width=Info.Width;

9. Height=Info.Height;

 2. 准备数组

       我们已经获得了图像的信息，在这之后，我们需要声明一个三维的数组，然后一层一层的读入图像就可以了；

1. Image=zeros(Height,Width,Slice);

2.  

3. for i=1:Slice

4. Image(:,:,i)=imread(filepath,i); %%一层一层的读入图像

5. end

     至此，我们读入图像的过程就已经结束，Image这个数组就是我们所获得的三维图像，后续我们只需要对这个数组进行操作即可。

 

写三维TIFF图像

        写图像我们就用imwrite（）函数就好，但是在使用的过程中，总是出现问题，不得不说matlab对于三位TIFF图像的支持不够。所以，我都是现将图像的每一帧进行输出最后利用其它软件进行合并，例如Fiji。      

1. for i=1:Slice

2. J=uint8(Image(:,:,i)); %%一层一层写出图像

3.  

4. %%imwrite(J,[dir,'.tif'],'WriteMode','Append');

5. imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']);

6. end

       以上代码中，被注释掉的就是直接写TIFF的代码，当TIFF图像帧数不多时，可以尝试用该方法，就是加上一个Append的写出模式，这种模式下，不可以使用parobj，否则图像是乱序的。      在这里需要提醒大家，在写出图像的时候，要保证图像序号的一致性，比如，100张图像，序号应该是0001-0100.tif，而不是1-100.tif，后者的话，Fiji等软件时无法将其读入同一个图像栈的，也就无法保存。

    方法一：

num2str(i,'%04d')

     方法二：

sprintf（'%04d',i） 

完整的代码如下

灰度tiff读写代码

1. clear all

2. clc;

3.  

4. filepath='test.tif'; %%图像名称与路径

5. Info=imfinfo(filepath); %%获取图片信息并判断是否为tif

6.  

7. tif='tif';

8. format=Info.Format;

9. if (strcmp(format ,tif)==0)

10. disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据'); %%确保载入的图像是tiff图像

11. end

12.  

13. Slice=size(Info,1); %%获取图片z向帧数

14. Width=Info.Width;

15. Height=Info.Height;

16.  

17. %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

18. Image=zeros(Height,Width,Slice);

19.  

20. for i=1:Slice

21. Image(:,:,i)=imread(filepath,i); %%一层一层的读入图像

22. end

23.  

24. %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

25. for i=1:Slice

26. J=uint8(Image(:,:,i)); %%一层一层写出图像

27. %%imwrite(J,[num2str(i,'%4d'),'.tif'],'WriteMode','Append');

28. imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']);

29. end

彩色tiff图像读写代码（注意，这是彩色图像的代码，灰度图像的代码在上方）

1. clear all

2. clc;

3.  

4. filepath='test.tif'; %%图像名称与路径

5. Info=imfinfo(filepath); %%获取图片信息并判断是否为tif

6.  

7. tif='tif';

8. format=Info.Format;

9. if (strcmp(format ,tif)==0)

10. disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据'); %%确保载入的图像是tiff图像

11. end

12.  

13. Slice=size(Info,1); %%获取图片z向帧数

14. Width=Info.Width;

15. Height=Info.Height;

16.  

17. Image=zeros(Height,Width,Slice*3);

18.  

19. for i=1:Slice

20. Image(:,:,(i-1)*3+1:i*3)=imread(filepath,i); %%一层一层的读入彩色图像

21. end

22. %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

23. 图像处理操作

24. %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

25. for i=1:Slice

26. J=uint8(Image(:,:,(i-1)*3+1:i*3)); %%一层一层写出图像

27. %%imwrite(J,[num2str(i,'%4d'),'.tif'],'WriteMode','Append');

28. imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']);

29. end

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