「Python数据分析」 社交网络：共现/合作网络（无向有权图） 生成邻接矩阵、共现矩阵

这里的共现矩阵矩阵就是对角线上是节点权重的邻接矩阵，我为了区分他们换个名字而已。
不过用矩阵存储网络空间利用率还是太低了，所以一般我还是把节点权重和节点存在一起，边的权重和边存在一起，再加上一个邻接表，就不生成邻接矩阵了，这篇文章只是对之前代码迭代过程的一个记录。不过如果以后遇到对数据格式有特殊要求的场景，我就得再去学学稀疏矩阵了…

以下是原文：

使用从数据库中导出的论文、专利数据，做作者/专利权人合作网络，实际上也就是共现网络。

存储网络的形式有很多种：邻接矩阵（matrix）、共现矩阵、节点列表（node list）、带权重的边列表（weighted edges）、边列表(edge list)、邻接表（adjacency list），主要还是根据自己后续的数据处理需求来选择存储结构。

其中节点列表、边列表可以作为G.add_nodes_from()、G.add_edges_from()的输入，带权重的边列表可以作为networkx中G.add_weighted_edges_from()方法的输入。节点列表、合作矩阵（邻接矩阵）、边列表、邻接表还可以作为各种网络绘制软件的输入数据，比如Ucinet、Gephi。

本文记录邻接矩阵、共现矩阵生成方式，其他方式可参考：
生成节点、边列表 、 生成边-权重列表、生成邻接表

使用的数据形式示例：

其中F列是作者信息，其他列包含其他信息。

合作网络构建

生成合作网络代码主函数：

if __name__ =='__main__' :

    co_list = [ ["AA | BB | CC | DD",2019],
                ["EE | BB | FF ",2018],
                ["AA | GG | FF | HH | KK",2019],
                ["CC | DD | FF | LL | AA",2020],
                ["AA | BB | FF ",2017],
                ["EE | BB | GG ",2018],
                ["DD | GG | LL | HH | EE",2019],
                ["AA | GG | CC | DD",2018]]

    # 1.获取节点列表
    author_list = get_nodes(co_list,0) 
    # 2.合作矩阵（类似于邻接矩阵）
    get_cooperate_matrix(author_list,0)

1. 提取出节点列表。

调用了自定义的函数get_nodes()。调用这两个函数之前要把原始数据提取到形如co_list的列表里。

函数实现如下：

获取节点列表：get_nodes()：

获取所有出现的节点列表。

def get_nodes(co_list,col):
	'''
        rows: 形如co_list的所有用来构建合作网络的数据行
        col: 作者信息所在列数-1
    '''
    nodes_list = []
    for authors in co_list:
        auths = authors[col].split(" | ") # 分隔符可换
        for auth in auths:
            if auth not in nodes_list: # 去重
                nodes_list.append(auth)
    return nodes_list

结果：

["AA","BB","CC","DD","EE","FF","GG","HH","KK","LL"]

2. 生成共现矩阵（对角线上是节点权重）

调用自定义的函数get_cooperate_matrix()，实现方法如下。

合作矩阵：1. 直接通过节点列表+原始数据构建

最开始实现的时候用了很多字典结构存储每个作者的合作关系，运行的时候发现内存开销异常的大（电脑内存不够的卑微），因此最后全部改回列表形式。其实这里没有涉及到大量数据搜索，所以使用字典的意义也不大，不能节省时间，反而增加内存占用。

def get_cooperate_matrix1(rows,nodes_list,col):
    '''
        rows: 形如co_list的所有用来构建合作网络的数据行
        nodes_list: 节点列表
        col: 节点共现信息所在列数-1
    '''

    length = len(nodes_list)
    cooperate_list = []
    # 遍历作者名,计数和各作者合作数(每次合作对自己也计数)
    for node in nodes_list:
        node_co = []
        node_co.append(node)
    # 合作列表：初始化为长度为节点个数的全零列表[name,0,0,0,...,0,0]
        for i in range(length):
            node_co.append(0) 
    # 遍历所有数据行,对作者字段进行匹配
        for row in rows:
            nodes = row[col].split(" | ") # 分隔符按数据结构选
    # 对包含当前节点的数据项,提取共现关系(合作列表对应位置+1)
            if node in nodes:
                for each_node in nodes:
                # 索引共现的节点编号,确定在合作列表中的位置
                    node_index = nodes_list.index(each_node)+1 
                # 对应位置+1
                    node_co[node_index] = node_co[node_index] + 1 
    # 添加到合作矩阵列表中
        cooperate_list.append(node_co)

    # 1. 生成合作矩阵：cooperate_mat
    cooperate_mat = []
    first_line = ['']
    first_line.extend(nodes_list)
    cooperate_mat.append(first_line) # 第一行,第一列为标题(出现的作者名)
    cooperate_mat.extend(cooperate_list)

    return cooperate_mat

写入操作这里就省略了，可以参照 csv文件写入。

共现矩阵：2. 通过节点列表+边列表构建

生成节点列表、边列表方法：get_nodes_edges()

def get_cooperate_matrix2(nodes_list,edge_list):
    '''
        nodes_list:节点列表
        edge_list: 边列表
    '''
    length = len(nodes_list)
    cooperate_list = []

    for node in nodes_list:
        node_co = []
        node_co.append(node)
    # 合作列表：初始化为长度为节点个数的全零列表[node,0,0,0,...,0,0]
        for i in range(length):
            node_co.append(0) 
    # 遍历所有边,对节点进行匹配
        for edge in edge_list: 
    # 对包含当前节点的边,提取共现关系(合作列表对应位置+1)。对角线上为当前节点总次数。
            if node in edge:
                for each_node in edge:
                # 索引节点编号,确定在合作列表中的位置
                    node_index = nodes_list.index(each_node)+1 
                # 对应位置+1
                    node_co[node_index] = node_co[node_index] + 1 
        cooperate_list.append(node_co)

    # 合并各节点数据，生成合作矩阵。
    cooperate_mat = []
    first_line = ['']
    first_line.extend(nodes_list)
    cooperate_mat.append(first_line)
    cooperate_mat.extend(cooperate_list)

    return cooperate_mat

结果

合作矩阵（类似邻接矩阵）：

对角线上是对应节点的总共出现次数，其他位置为共现次数（权重）。

3.生成邻接矩阵(对角线上为0)

生成“边-权重”列表方法： 生成边-权重列表

def get_adjacency_matrix(node_list,weighted_links):
    '''
        nodes_list:节点列表(sorted)
        edge_list: 边-权重列表
    '''
     # 初始化adjacency_mat为全零矩阵
    adjacency_mat = [[0 for val in range(len(node_list))] for val in range(len(node_list))]

    for x, y, val in weighted_links:
        i = node_list.index(x)
        j = node_list.index(y)
        adjacency_mat[i][j] = adjacency_mat[j][i] =  val
    return adjacency_mat

结果

除了对角线全为0，其它和共现矩阵一样。

合作/共现网络示例：

节点大小、边的粗细表示其权重。