Linux学习笔记（年初）

整理笔记将之前学习的linux笔记挪到这里来

                                    ###Linux基本操作###
                                      图形界面

applications相当于开始按钮，places下有目录，右侧是系统音量等等

CentOS中设置桌面快捷方式：1.place中的computer2.双击user目录3.搜索share 双击
                          4.双击applications 5.复制 copy 粘贴 paste到桌面
可在系统设置中改壁纸 添加外设等等

UbuntuOS：左侧dock栏，最上相当于开始按键，点击左键启动应用。最大最小按键需把鼠标移到应用最上面。

                                    Shell与脚本
  
  命令行模式：
在linux中叫做terminal，终端模拟器。  
[fuy@localhost ~]波浪线代表所在目录，~是home 目录
输入cd /bin   目录变为[fuy@localhost bin]
可调字体颜色 大小

  Shell：
用户和内核之间的接口，输入date通过shell转化为机器语言，计算机返回结果shell转化为人类能看懂的语言。

  脚本：

Sripts，直译为剧本。是一个命令合集，是计算机的剧本。 

例如：分析一个基因组测序原始数据
      数据质控
      数据过滤
      kemer分析
      序列拼接
      结果统计
      基因预测，基因功能注释。
可以把命令写到一个文件中，这就是一个脚本。脚本一般以字母开头以.sh结尾
如何运行脚本：敲sh 空格 加脚本文件名称。实现数据分析自动化

                                  命令行选项和参数

例：查看时间，界面交互，语音交互，命令行交互（40年历史）
cal：日历命令
who：显示已登陆的名单命令
id：显示用户id
uptime：显示系统已经运行的时间
last：显示最近登录用户命令
clear:清屏命令
常用linux命令:

1.完整单词命令 
find 查找
file 查找文件属性
diff 比较文件差异
mail 发邮件
exit 退出
cut 切分文件
join 连接文件
exit 退出服务器登录但仍在Xshell界面

2.单词简写
pwd 打印工作目录 print work directory
cp 拷贝文件 copy
mv 移动文件 move
rm 移除文件 remove
cd 进入目录 change directory
mkdir 创建文件夹 make directory

一个命令就是一个软件，一个软件有多种功能可以选择，用选项选择功能，参数是功能的具体属性。

命令行中选项和参数是两个概念：命令（软件）后面接选项是质的概念，参数表示选择的程度是量的概念。

例：word 文档中字体是一个选项，字体大小是参数

选项写在命令或软件后面，和命令之间要有空格存在

例：ls -l 和 ls-l 不加空格Shell无法解析

例：word  -B   -I   -S 5 "hello world"

字体调整 加粗 斜体 字号

选项参数选重点

常用选项：
 -i input
 -o output ==windows下ctrl+o把文件另存
 -h help
 -v version
 -u user 
 -q quiet
 -f file/force
 -p print/process
 -t type
 -r recursion
 -n number

                                        
                                            远程登录

1.服务器IP地址 mail.163.com
2.账户密码     
3.远程登录工具

工具PuTTY 为远程登陆小程序，在hostname中填写服务器IP地址，端口为22

linux中输入密码不显示位数，需一直退格

从一个服务器登录另一个服务器：ssh 用户名@对面服务器ip地址
                        密码：输入密码
     

                                          远程文件传输

测序得到数据传到服务器中，利用生物信息软件处理信息，最后将测序结果传给本地windows查看、写论文。
从服务器端现在数据

软件方式 ：FileZila、WinSCP
登录后左边是本地文件，右边是服务器端文件

利用FileZila下载基因组流程：点击文件 新标签/新建连接，  主机中输入ftp地址：ftp.ncbi.nlm.nih.gov 选择匿名

命令方式：scp命令，wget命令，rsync选择性更新数据库

从本地复制到远程：

从远端复制到本地
    
                                       图形查看工具display

需要生成图片后，打开看一下。

可用Winscp等把图片下载到本地打开，简单略微耗时

Xming+Xshell实现图形查看#
*******************************未实现，用命令eog 文件名.jpg实现，ego命令只能在图片目录下打开图片。

                                              ###目录结构###
最开始的斜线“/”是根目录，后面的“/”是目录分层

                                              ###cd与ls###

使用次数最多
cd change directory或者come directory

cd / 进入到根目录，根目录中有home等
cd ~ 进入到home目录，里面有图片 视频等等

Tab：可以补齐命令
输入cd /后点击    Tab会显示出在根目录/下的所有可选目录

目录只能从根向叶cd要从一个叶目录到另一个页目录需要找到最近的根目录。或者输入cd /目录名/

输入cd /usr/ 点击Tab会显示出usr下的所有可选目录

单纯的cd会返回到home目录，cd -会返回到刚刚操作的目录