一文解决所有R包的安装

生信分析的有一些R包在服务器上或者本地安装或多或少都会出错，当然非生信的也应该能帮上忙，所有包都可以这样安装。耐心看完，一定能解决你的问题。这些包的来源无非三个：

第一个是R语言的CARN：这里的包都是比较基础的包

CRAN: Available Packages By Namehttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/web/packages/available_packages_by_name.html

也可以搜索R语言官网

这里选择源可以随便选，国内的就可以

按照发布日期和名字都可以，点进去ctrl+f搜索自己想要的包

搜索到想要的包，点击进去

packagesource 下载离线包，old source 保存的是之前版本的包，版本不匹配时可以进去下载其他版本的包。

下载后上传到服务器端，进入R环境，运行(替换为自己的路径，可以table补全)

conda activate R

R

install.packages("/root/autodl-tmp/sc2024/packages/brms_2.22.0.tar.gz",repos = NULL, type = "source")

第二个是bioconductor里面的包，这里的包都是生信分析比较高级的包

网址是在Bioconductor - HomeThe Bioconductor project aims to develop and share open source software for precise and repeatable analysis of biological data. We foster an inclusive and collaborative community of developers and data scientists.https://bioconductor.org/

进来之后先不要着急，这里的包和R语言的版本也是有对照的，点击about ，之后再点击 Release Annotation 可以查看到bioconductor和R语言版本的对应，我这里为R4.3，所以我选择3.18

记录下上面对应的版本号后(3.18)后，点击Packages,这里就可以看到有包出现了，但是是最新版本的包，需要修改为你自己的版本，这里改为3.18，（这里真的很坑，找了好久怎么切换）

你的网页的上面应该是这样的，只要把release替换为你自己的版本，这里就是替换为3.18

这样就好啦！后面就不需要考虑版本问题

介绍一下bioconductor的包的内容

左侧边框（将所有的包分为四个种类）红色箭头，绿色箭头指向的地方是搜索包的地方，这里的搜索只在一个种类里面搜索，这里就是只在software里面搜索，所以你在一个种类里面找不到的时候，可以切换为下一个种类去搜索，搜索到自己想要的包后，点击包名就可以进去了（黑色箭头）

 （这里以BioVersion为例）记载了包的论文来源以及在线安装方式，在线安装可以参考，离线安装需要继续下滑

到这里就可以了，一般直接下载source package上传到服务器就可以了，下面的old source我很少去下载 ，安装代码还是一样的

conda activate R

R

install.packages("/root/autodl-tmp/sc2024/packages/brms_2.22.0.tar.gz",repos = NULL, type = "source")

替换为自己的路径和包，记得table补全

第三个是github上面的R包，这些包一般都是论文集成的R包方法

这里我以copyKAT，区分肿瘤恶性与非恶心这个包作为例子。

在线安装方式很简单，不做介绍了

主要是离线，

我们进来页面后，点击code，download得到压缩包之后。

 将压缩包上传到服务器后，解压该压缩包得到copykat-master，这里不需要进入R语言环境，在外面就可以，进入copykat-master 

conda activate R

cd copykat-master

R CMD INSTALL .        (最后还有一个点. 不要忘记)

即可，这里会报错提示缺少依赖的安装，如果可以就在线安装这些依赖，如果不可以就使用前面的方法进行离线安装就好。

离线安装推荐在在线安装反复穿错的情况下使用，如果一个包的依赖比较多，使用离线安装任务量还是比较大的，但是它一定可以解决你的问题。