【福利】药物设计 线上专题 买一赠一

Rosetta是一套用于模拟大分子结构的综合软件，具有灵活、多用途的应用。包括蛋白质和核酸的结构预测、设计以及重塑。Rosetta的web服务器已经运行了数十亿的结构预测和蛋白质设计模拟，研究人员利用Rosetta可以更好地了解传染病、癌症和自身免疫性疾病的治疗方法，进一步应用于包括开发疫苗、新材料、靶向蛋白粘合剂和酶设计等。

分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使学术研究向着更高效、更经济、更有预见性的方向发展。可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性等。

近年来，利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用，计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创新药物研究的核心技术之一。随着医药大数据的积累和人工智能技术的发展，运用AI技术并结合大数据的精准药物设计也不断推动着创新药物的发展。

应新老客户的培训需求，特举办“计算机辅助药物设计及分子动力学技术与应用”系列专题培训班，本次培训主办方为北京软研国际信息技术研究院，承办方为互动派（北京）教育科技有限公司，具体相关事宜通知如下：

专题一（线下北京）	Rosetta从头蛋白抗体设计应用专题2023年7月28日-7月30日 （第1天报到，授课2天）
专题二（线上直播）	NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题2023 年 8月 04日-8月06日在线直播3天
专题三（线上直播）	AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题2023 年 7月 29日-7月30日2023 年 8 月05日-8月06日在线直播4天
专题四（线上直播）	CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接2023 年 8月 11日-8月13日2023 年 8 月18日-8月20日在线直播6天
专题五（超值录播）	代谢组学及网络药理学研究技术与实践不限时间 不限地点 即报即学

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培训大纲

专题一 Rosetta从头蛋白抗体设计应用专题

第一天
时间	课时内容
上午	教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
一、从蛋白质折叠到蛋白质设计1.蛋白质折叠与结构预测简介1.1 主链二面角与二级结构1.2 侧链堆积与三级结构2.蛋白质设计简介蛋白质设计的分类及应用
教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
二、 Rosetta基础三、蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础3、Pose/mover/scorefunction4、LINUX 入门命令4.1 用户属组及权限 目录文件属性4.2 LINUX基础命令 环境变量4.3 shell常用命令练习4.4 conda介绍
下午	教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）
四、结构扰动与结构优化五、序列设计PackRotamer和FastDesign 5、Minmover,MCMover,Fastrelax mover5.1 Movemap6、RosettaScript组成和要素6.1 FilterResidueSelectorTaskOperation6.2 DSSP/DisulfidizeMover
第二天
上午	教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
六、蛋白-蛋白对接基础7、Translat和rotation mover7.1 Low resolution的全局搜索7.2 High resolution的精细调整7.3 FoldTree
教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令
七、抗体设计8、抗体结构文件的处理8.1 PyIgClassify8.2 抗体抗原对接模型8.3 CDR区优化8.4 Framework区优化案例实践： SSD和MSD设计任务
下午	教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
八、CartisenDDG 突变扫描九、RosettaScript应用9 序列与结构设计9.1 Input和Output flags控制输入输出9.2 CleanAtom结构预处理9.3 ROSETTACLASH.LOG和RosettaCommons9.4 ResFile等辅助文件9.5 小改中改与大改9.6 练习答疑案例实践：Ø FastDesign设计任务

部分案例图示：：