善木科研-CSDN博客

原创用一张图，理清肿瘤转移机制

肿瘤转移（tumor metastasis）是指肿瘤细胞脱离原发生长部位，通过各种途径的转运，在机体内远离原发部分的器官/组织继续增殖生长，形成同样性质肿瘤（转移瘤）的过程。在原发部位生长的肿瘤称为原发瘤（primary tumor），在远隔部位生长的肿瘤成为转移瘤（matastatic tumor）。

2024-08-14 17:01:25 250

原创高分生信套路，免疫预后模型结合临床样本验证

喵学姐又来啦，今天带大家来看一篇肿瘤生信常规的免疫相关预测模型套路（虽然文章比较早了）。这篇文章使用从5个数据库收集的乳腺癌患者的数据构建免疫评分模型，并评估了免疫评分模型与预后，化疗和临床特征之间的关系。

2024-08-14 11:42:59 754

原创 IF5.6分,哈尔滨医科大学团队生信文章：代谢相关基因预测指标预测预后卵巢癌的免疫治疗反应和候选药物

纯生信不好发了？那是你不够卷了。今天喵学姐就带大家看看这篇1月份的生信文章，通过代谢相关基因，用常规分析套路构建预后模型，就发到了一区5分+（共一还是本科生）

2024-06-27 10:53:21 849 1

对医生来说，临床太忙，每天在医院里连轴转，没法做实验，也没有时间收集临床数据，又想发与自己科室相关、临床研究类的sci。为什么有些医生的sci发得那么顺利？其实，发表论文并不难，手握多篇sci的临床医生，发表论文也有诀窍：充分利用临床数据库。利用公共数据库写论文，已经成为毕业、升职称、年度绩效考核的重要方法。现在有很多国际权威的临床数据库，这些平台的数据都是鼓励科研人员去挖掘数据、做科学研究的。这些数据库的数据来源可靠，样本量大。

2024-04-02 17:18:55 1682 1

原创 IF4.5分，南京医科大学利用NHANES数据库构建中风风险预测模型，太好发文了！

经常有小伙伴私信说在临床上收集数据难，没有文章又没办法毕业/晋升。其实想发文章并不是一定要自己收集数据呀。现在有很多国际权威的临床数据库，这些平台的数据都是鼓励科研人员去挖掘数据、做科学研究的。近两年，NHANES数据库越来越热门，利用NHANES数据库发表的文章也越来越多：

2024-03-29 17:40:41 1041 1

原创如何查询基因和通路的相关性，确定研究思路

那如果我们后续要做一些富集分析，可以把相关系数阈值灵活调整，如设置为0.4，筛出8000多个基因，我们可以选取前100个基因进行后续的富集分析。通过这些方法，大家会发现要了解基因和通路的关系也并不复杂，除了看文献，花点时间在数据库查询，也能获得不少有价值的数据，更为后续的分析、实验设计做了基础。很多小伙伴私信喵学姐，说设计课题、设计实验的时候，找不到思路，有目标基因但是又无法确定相关的通路。在我们获得基因之后，就可以看一下他们之间的互作关系，我们可以把获得的所有基因以及目标基因，统一

2024-03-13 17:38:11 2315

原创 7.3分生信，胶质母细胞瘤+铜死亡热点+分型结合实验验证，构建铜死亡相关预后模型

胶质母细胞瘤(Glioblastoma, GBM)：根据传统的组织病理学特征，胶质瘤可被分为WHOⅠ-Ⅳ型。GBM属于胶质瘤中WHOⅣ型，其是最具侵袭性的胶质瘤。铜死亡(Cuproptosis)是一种新型的程序性细胞死亡形式，其不同于细胞凋亡、焦亡和铁死亡。有研究表明，在铜凋亡过程中，Cu2+与线粒体呼吸链中三羧酸循环的硫辛酰化组分结合，导致硫辛酰化蛋白聚集和铁硫簇蛋白下调，随后发生蛋白毒性应激和细胞死亡。

2024-02-29 17:19:49 710

原创通过4个步骤，入门生物信息学分析

二十一世纪是生物的世纪，该观点已提出多年。甚至有人提出，这句话的真正含义应该是“二十一世纪在各行各业都能找到曾经学生物的人”。对此，我们不再做进一步推敲。但可以看出的是，越来越多人已经投身于生物相关研究了。还不问问自己，是不是快成了那个掉队宝宝啦？

2024-01-05 20:30:00 4393

原创差异基因分析怎么做？最简单的火山图做法，一秒学会

火山图（Volcano plot）是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p-value）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（代谢物等）。是一种单变量统计分析方法，常应用于研究基因组、转录组、代谢组、蛋白质组等数据分析。

2024-01-04 17:16:08 4818 2

原创超级全能的生信分析数据库——GSCA

GSCA（Gene Set Cancer Analysis）是一个涵盖单基因分析、多基因分析、免疫浸润分析、突变分析以及药物敏感性分析的交叉式综合性癌症分析数据库，其中包含了涵盖了来自TCGA和GDSC的33种不同类型的癌症数据。除此之外，该网站还将基因数据与临床信息和750多种小分子药物密切结合，这为挖掘候选生物标志物和有潜在价值的小分子药物提供了重要支持，有助于更好地设计实验并为进一步的临床试验提供指导。

2024-01-03 14:05:25 1384

原创保姆级NHANES数据库使用教程

National Health and Nutrition Examination Survey （NHANES数据库，网址：https://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm），收集了有关美国家庭人口健康和营养信息，是一项基于人群的横断面调查。该数据库开始于80年代，生物样本包含了参与者的血清，血浆，尿液等，涉及多种测量指标。此外，还包含了大量的调查问卷数据，调查问卷涉及广泛，包括人口统计学、社会经济学、饮食和健康相关问题，体检部分包括生理测量、实验室检查等内容。

2023-12-20 18:30:00 9325 1

SAM_biotech的博客