python 使用卡方检验

什么是卡方分析

卡方分析有两个常见的应用——适合度分析和独立性分析。这个笔记着重于适合度分析。从我目前的经验来看，这也是应用十分广泛的一种统计分析方式。那么什么是卡方适合度分析呢？且听我慢慢道来。

现象1 现象2 现象3
观测值 a b c
预期值 A B C
常见的适合度分析的结构如下，一般有两组数据，一组是你统计或者观察到的值，另一组是理论上的预期值。如果这两组值十分接近，证明观测到的结果很“合适”，如果差距较大，则证明观测到的数据不够“合适”，这就是“适合度分析”名字的含义。

这种统计分析在科学研究中是十分常用的，因为科学家经常按照理论预期来推测试验结果，而实际上由于各种误差的存在，实验数据不可能和理论预期完全一致，这时卡方检验就能很好地检验理论的正确性。

举个栗子

某科学家预言抛一个色子，各面向上的几率都相同。为了验证自己理论的正确性，该科学家抛了600次硬币，结果为一点102次，二点102次，三点96次，四点105次，五点95次，六点100次。显然这个结果和理论预期并不完全一样，那么，科学家的理论有错吗？我们就用Python来验证一下。

from scipy import stats
obs = [102, 102, 96, 105, 95, 100]
exp = [100, 100, 100, 100, 100, 100]
stats.chisquare(obs, f_exp = exp)
输出
(0.73999999999999999, 0.98070147251964801)

从结果来看，p 值为0.98，可以认为观测到的值和预期值是相近即“合适”的。科学家的理论没有错，观测值和理论值的不同是由偶然误差造成的。（一般 p 值大于0.95即可）

解释一下

Python中进行卡方分析的函数chisquare()位于scipy的stats模块中。注意：stats在Python2.7的环境下使用是十分正常的，但是在Python3中使用就会报错。说来惭愧，笔者之前试着在Py3下运行，结果折腾了大半天都没成功，换到Py2.7下，一点问题都没了。如果用Python进行数据分析，个人感觉还是Py2.7好使，很多模块都没有稳定的Py3版啊。当然之前的栗子也要求在Py2.7下运行。

scipy.stats.chisquare(f_obs, f_exp=None, ddof=0, axis=0)

参数解释如下：
f_obs : 观测值，为一个数列
f_exp : 理论值，为一个数列。如果不赋值，默认为所有情况出现的可能相等。所以栗子中可以不赋值

 >>>stats.chisquare(obs)
(0.73999999999999999, 0.98070147251964801)

ddof : 即自由度， df = C - 1，数值上等于所有可能的情况数-1。可以不用赋值，只要obs和exp没问题，程序可以自己算出来。

输出的结果是：
chisq： 即k值
p : p 值，大于0.95即统计显著。

作者：ironbeak_owl
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來源：简书
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