基于CAT12的report数据做QC质量检查，排除离群点——IQR&欧拉数

前言

这段时间被质量检查QC折磨的很惨，各种检查，要检查提取的被试数据质量是否有问题，病人组和正常组中是否出现个别质量差别较大，还有两组被试的质量方面是否有差异，会不会影响我们之后的数据分析处理。这都是需要考虑的，还要检查自己的代码提取的数据是否跟cat12计算的是不是一样的，这样便可以不需要cat12的GUI界面也能提取所需的指标。脱离GUI还有个好处是可用服务器直接调用，便于操作。由于看到一篇文章，在做结构网络分析时，采用欧拉数来排除可能会影响结果的被试。根据这个，下面写了一个小函数来提取IQR和欧拉数，来排除一些离群点的被试，综合考虑排除被试。仅供参考！

指标

指标提取的基于Matlab相关代码（仅供参考）

注：代码仅供参考，有的被改动过，目的希望读者能自己学会，而不是直接copy，当然这对于代码大神们就小菜一碟喽，也不需要小编这样的笔记。所以此篇写出只是给自己存档，看自己的笔记也可以重新捋一捋思路。

catNC_folder = dir([catsub_path, '\cat_NC*.mat']); 
    for NCsi = 1:length(catNC_folder)
        cat_name = catNC_folder(NCsi).name;
        load(['',catsub_path,'\',cat_name,'']);
        for li=1:length(S.catlog)
            if ~isempty(strfind(S.catlog{li,1},'IQR'))==1
               IQR_NC(NCsi,1)=str2num(S.catlog{li,1}(isstrprop(S.catlog{li,1},'digit')))*0.0001;
            end
        end  
        Eulnum_NC(NCsi,1)=S.qualitymeasures.SurfaceEulerNumber;
    end
    
    catEP_folder = dir([catsub_path, '\cat_*.mat']);
    for EPsi = 1:length(catEP_folder)
        cat_name = catEP_folder(EPsi).name;
        load(['' catsub_path '\' cat_name '']);
        for li=1:length(S.catlog)
            if ~isempty(strfind(S.catlog{li,1},'IQR'))==1
               IQR_EP(EPsi,1)=str2num(S.catlog{li,1}(isstrprop(S.catlog{li,1},'digit')))*0.0001;
            end
        end  
        Eulnum_EP(EPsi,1)=S.qualitymeasures.SurfaceEulerNumber;
    end
    
    cat_folder = dir([catsub_path, '\cat_*.mat']); 
    for si = 1:length(cat_folder)
        cat_name = cat_folder(si).name;
        load(['' catsub_path '\' cat_name '']);
        for li=1:length(S.catlog)
            if ~isempty(strfind(S.catlog{li,1},'IQR'))==1
               IQR_*(si,1)=str2num(S.catlog{li,1}(isstrprop(S.catlog{li,1},'digit')))*0.0001;
            end
        end  
        Eulnum_*(si,1)=S.qualitymeasures.SurfaceEulerNumber;
    end
    [h1,p1,ci1,stats1] = ttest2(IQR_NC(1:25,1),IQR_NC);
    [h2,p2,ci2,stats2] = ttest2(IQR_NC(25:99,1),IQR);
    [h3,p3,ci3,stats3] = ttest2(Eulnum_NC(1:25,1),Eulnum_*);
    [h4,p4,ci4,stats4] = ttest2(Eulnum_NC(25:99,1),Eulnum_*);
    
    figure('color','w')
    subplot(2,2,1);
    g = [repmat(1,length(IQR_NC(1:25,1)),1);repmat(2,length(IQR_EP),1)];
    IQR1 = [IQR_NC(1:25,1);IQR_EP];
    pos = ['NC';'EP'];
    boxplot(IQR1,g, 'labels', pos)

    
    subplot(2,2,2);
    g = [repmat(1,length(IQR_NC(26:99,1)),1);repmat(2,length(IQR_*),1)];
    IQR2 = [IQR_NC(26:99,1);IQR_*];
    boxplot(IQR2,g, 'labels', pos)

    subplot(2,2,3);
    g = [repmat(1,length(Eulnum_NC(1:25,1)),1);repmat(2,length(Eulnum_EP),1)];
    Eulnum1 = [Eulnum_NC(1:25,1);Eulnum_EP];
    boxplot(Eulnum1,g, 'labels', pos)

    subplot(2,2,4);
    g = [repmat(1,length(Eulnum_NC(26:99,1)),1);repmat(2,length(Eulnum_*),1)];
    Eulnum2 = [Eulnum_NC(26:99,1);Eulnum_*];
    boxplot(Eulnum2,g, 'labels', pos)

结果

下图为IQR的提取结果：

下图为欧拉数的提取结果：

最后的问题就是要不要去除这些离群点呢？待之后的数据分析结果考虑。
很久没写笔记了，写了一篇可能也没啥用的笔记，哈哈哈，刷刷存在感吗？下篇认真写吧，应该是写FDR和FWE的操作吧！给自己定的计划和小目标，期待一下。