深度学习之10分钟入门h5py

最新推荐文章于 2022-06-02 14:47:45 发布

我是管小亮

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分类专栏： # DeepLearning❤️ 文章标签： h5py 超分辨率 SRCNN h5py.File 深度学习

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0、前言

在这里插入图片描述
最近在看SRCNN代码的时候碰到了h5py，就查询了一下这个函数h5py.File，了解了一下这种读取图像的方式，发现它相比于其他读取方式，速度、内存占用和压缩程度都更强。下面跟我一起简单地入门h5py 😃

1、HDF5 简介

HDF（Hierarchical Data Format）指一种为存储和处理大容量科学数据设计的文件格式及相应库文件。最早由美国国家超级计算应用中心 NCSA 研究开发，目前在非盈利组织HDF Group维护下继续发展。HDF支持多种商业及非商业的软件平台，包括MATLAB、Java、Python、R 和 Julia 等等，现在也提供了 Spark ，其版本包括了 HDF4 和 HDF5 。

当前流行的版本是 HDF5。HDF5 拥有一系列的优异特性，使其特别适合进行大量科学数据的存储和操作，如它支持非常多的数据类型，灵活，通用，跨平台，可扩展，高效的 I/O 性能，支持几乎无限量（高达 EB）的单文件存储等，详见其官方介绍：https://support.hdfgroup.org/HDF5/ 。

Python 中有一系列的工具可以操作和使用 HDF5 数据，其中最常用的是 h5py 和 PyTables，我们只说今天的主角 h5py。

2、h5py 安装

官方教程：http://docs.h5py.org/en/latest/build.html#install

使用 Anaconda 或 Miniconda：

conda install h5py

用 Enthought Canopy，可以使用 GUI 安装包安装或者：

enpkg h5py

或者使用pip 直接安装：

pip install h5py

3、h5py 简介

一个HDF5文件就是一个容器，用于储存两类对象：

数据集(dataset)，类似于数组的数据集合，和 numpy 的数组差不多；
组(group)，类似于文件夹的容器，它好比 python 中的字典，有键(key)和值(value)。

group 中可以存放 dataset 或者其他的 group。”键”就是组成员的名称，”值”就是组成员对象本身(组或者数据集)，下面来看下如何创建组和数据集。

3.1 打开和创建 h5py 文件

HDF5 文件通常像标准 Python 文件对象一样工作。它们支持 r / w / a 等标准模式，并且在不再使用时应关闭。但是，显然没有“text”与“binary”模式的概念。

import h5py

f = h5py.File("myh5py.hdf5", "w")

文件名可以是字节字符串或 unicode 字符串。有效mode是：

mode	说明
r	只读，文件必须存在
r+	读 / 写，文件必须存在
w	创建文件，已经存在的文件会被覆盖掉
w- / x	创建文件，文件如果已经存在则出错
a	打开已经存在的文件进行读 / 写，如果不存在则创建一个新文件读 / 写（默认）

在当前目录下会生成一个 myh5py.hdf5 文件
在这里插入图片描述

3.2 创建数据集

使用 Group.create_dataset() 或创建新数据集 Group.require_dataset() 。应使用组索引语法（）检索现有数据集。dset = group[“name”]

要创建一个空数据集，我们所要做的就是指定名称，形状和可选的数据类型（默认为’f’）：

import h5py

f = h5py.File("myh5py.hdf5", "w")
# deset1是数据集的name，(100,)代表数据集的shape，i代表的是数据集的元素类型
dset = f.create_dataset("deset1", (100,), 'i')

for key in f.keys():
    print(key)
    print(f[key].name)
    print(f[key].shape)
    print(f[key].value)

# deset1
# /deset1
# (100,)
# [0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
#  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
#  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
#  0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0. 0.
#  0. 0. 0. 0.]

如何给数据集赋值，有两种方法：

import h5py
import numpy as np

f = h5py.File("myh5py.hdf5", "w")

# 第一种方法：重新创建一个空数据集并赋值
d = f.create_dataset("dset1", (100,), 'i')
d[...] = np.arange(100)

# 第二种方法：直接创建一个数据集并赋值
f["dset2"] = np.arange(100)

for key in f.keys():
    print(f[key].name)
    print(f[key].value)

# /dset1
# [ 0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
#  24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
#  48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71
#  72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95
#  96 97 98 99]
# /dset2
# [ 0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
#  24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
#  48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71
#  72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95
#  96 97 98 99]

如果有现成的 NumPy 数组，那么可以在创建数据集的时候将数据集初始化为现有的 NumPy 数组，这样就不必指定数据的类型和形状了，只需要把数组名传给参数 data：

import h5py
import numpy as np

f = h5py.File("myh5py.hdf5", "w")

arr = np.arange(100)
dset = f.create_dataset("dset", data=arr)

for key in f.keys():
    print(f[key].name)
    print(f[key].value)

# /dset
# [ 0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
#  24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
#  48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71
#  72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95
#  96 97 98 99]

3.3 创建组

组是 HDF5 文件组织的容器机制。从 Python 的角度来看，它们的运作方式有点像词典。在这种情况下，“keys”是组成员的名称，“values”是成员本身（Group 和 Dataset）对象。

import h5py
import numpy as np

f = h5py.File("myh5py.hdf5", "w")

# 创建一个名字为bar的组
g = f.create_group("bar")

# 在bar这个组里面分别创建name为dset1, dset2的数据集并赋值
g["dset1"] = np.arange(100)
g["dset2"] = np.arange(100).reshape((10, 10))

for key in g.keys():
    print(g[key].name)
    print(g[key].value)

# /bar/dset1
# [ 0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
#  24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47
#  48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71
#  72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95
#  96 97 98 99]

# /bar/dset2
# [[ 0  1  2  3  4  5  6  7  8  9]
#  [10 11 12 13 14 15 16 17 18 19]
#  [20 21 22 23 24 25 26 27 28 29]
#  [30 31 32 33 34 35 36 37 38 39]
#  [40 41 42 43 44 45 46 47 48 49]
#  [50 51 52 53 54 55 56 57 58 59]
#  [60 61 62 63 64 65 66 67 68 69]
#  [70 71 72 73 74 75 76 77 78 79]
#  [80 81 82 83 84 85 86 87 88 89]
#  [90 91 92 93 94 95 96 97 98 99]]

注意观察，数据集 dset1 和 dset2 的名字和前面的不一样。

如果是直接创建的数据集，不在任何组里面，那么它的名字就是/+名字，比如：/dset；现在这两个数据集都在bar这个组里面，名字就变成了/bar+/名字，比如：/bar/dset2，有点文件夹的感觉。

import h5py

f=h5py.File("myh5py.hdf5","w")
print(f.name)
# /
print(f.keys())
# <KeysViewHDF5 []>

文件中所有对象的名称都是文本字符串（unicode 在 Py2 上，str 在 Py3 上）。这些将在传递到 HDF5 C 库之前使用 HDF5 批准的 UTF-8 编码进行编码。也可以使用字节字符串检索对象，字节字符串将按原样传递给 HDF5 。

新组很容易创建：

import h5py

f=h5py.File("myh5py.hdf5","w")

g = f.create_group("bar")
print(g.name)
# /bar
subgrp = g.create_group("baz")
print(subgrp.name)
# /bar/baz

也可以隐式创建多个中间组：

import h5py

f=h5py.File("myh5py.hdf5","w")

g2 = f.create_group("/some/long/path")
print(g2.name)
# /some/long/path
g3 = f['/some/long']
print(g3.name)
# /some/long

再来看一个例子：

import h5py
import numpy as np

f = h5py.File("myh5py.hdf5", "w")

# 创建组bar1,组bar2，数据集dset
g1 = f.create_group("bar1")
g2 = f.create_group("bar2")
d = f.create_dataset("dset", data=np.arange(10))

# 在bar1组里面创建一个组car1和一个数据集dset1。
c1 = g1.create_group("car1")
d1 = g1.create_dataset("dset1", data=np.arange(10))

# 在bar2组里面创建一个组car2和一个数据集dset2
c2 = g2.create_group("car2")
d2 = g2.create_dataset("dset2", data=np.arange(10))

# 根目录下的组和数据集
print(".............")
for key in f.keys():
    print(f[key].name)

# bar1这个组下面的组和数据集
print(".............")
for key in g1.keys():
    print(g1[key].name)

# bar2这个组下面的组和数据集
print(".............")
for key in g2.keys():
    print(g2[key].name)

# 顺便看下car1组和car2组下面都有什么，估计你都猜到了为空。
print(".............")
print(c1.keys())
print(c2.keys())

# .............
# /bar1
# /bar2
# /dset
# .............
# /bar1/car1
# /bar1/dset1
# .............
# /bar2/car2
# /bar2/dset2
# .............
# <KeysViewHDF5 []>
# <KeysViewHDF5 []>

3.4 属性

属性是使 HDF5 成为“self-describing”格式的关键部分。HDF5 的最好特征之一就是你可以在描述的数据后储存元数据（metadata）。所有的 groups 和 datasets 都支持几个数据位的附属命名，称为属性。Group和 Dataset 对象是在 HDF5 中存储元数据的官方方式。

属性具有以下属性：

它们可以从任何标量或 NumPy 数组创建
每个属性应该很小（通常 < 64k）
没有部分 I / O（即切片）; 必须读取整个属性。

.attrs代理对象属于下面的 attributeManager 类。此类支持字典样式的接口。

属性可以通过 attrs 这个代理对象来获取，这会再一次执行字典接口：

import h5py

f = h5py.File("myh5py.hdf5", "w")

dset = f.create_dataset("mydataset", (100,), dtype='i')

dset.attrs['number'] = 100
print(dset.attrs['number'])
print('number' in dset.attrs)

# 100
# True

更多的内容，请参考官方文档——HDF5 for Python

如果想要更多的资源，欢迎关注 @我是管小亮，文字强迫症MAX~

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在这里插入图片描述

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