16S扩增子分析流程：vsearch、usearch和R语言

于 2023-10-10 04:05:11 发布
阅读量489 收藏 1
点赞数
文章标签： r语言 开发语言 Workflow
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/TeVisual_Basic/article/details/133729065
版权
Workflow 专栏收录该内容
20 篇文章 3 订阅 ¥59.90 ¥99.00
订阅专栏
本文详细介绍了16S扩增子数据分析流程，涉及vsearch和usearch的预处理、OTU聚类及序列注释，以及R语言在数据分析和可视化的应用，包括群落结构分析和物种多样性计算。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在16S扩增子分析中，vsearch、usearch和R语言是常用的工具和编程语言。本文将介绍一个基本的分析流程，涵盖了使用这些工具和语言进行16S扩增子数据处理和分析的步骤。

  1. 数据预处理
    首先，我们需要对原始的16S扩增子测序数据进行预处理，包括去除低质量的序列、去除引物和连接器序列以及合并重叠的序列。vsearch和usearch是两个常用的工具，可以完成这些任务。下面是一个使用vsearch进行数据预处理的示例命令：
vsearch --fastq_filter input.fastq --fastq_maxee 1 --fastq_trunclen 250 --fastaout output.fasta
  1. OTU聚类
    接下来，我们需要对预处理后的序列进行聚类，将相似的序列归类为操作税单元（Operational Taxonomic
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文
TeVisual_Basic
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
专栏目录
订阅专栏
使用vsearch进行16s扩增子高通量序列分析步骤
zrc_xiaoguo的博客
10-08 787
VSEARCH是一个开源免费的64位，无内存限制的扩增子数据处理分析软件。（点到为止，其他的建议大家参考原文献和网站)最新文献：Edgar RC (2016)bioRxiv。
clustMD r语言_使用vsearch,usearch和R语言进行16s扩增子分析
weixin_31869579的博客
01-13 1202
以下教程中vsearch和usearch部分的操作在虚拟机中的ubuntu18系统下进行。1. 示例数据的下载czh@ubuntu:~/Desktop$ curl -O https://AstrobioMike.github.io/tutorial_files/amplicon_example_workflow.tar.gz% Total % Received % Xferd Averag...
Vsearch免费替代收费版的usearch
周欣的博客
11-02 3295
  本文首先发布于“宏基因组”公众号原创。 作者：舟行天下 编辑：metagenome 前言 用usearch，這个usearch在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等序列操作有非常重要的作用。它由大神Robert Edgar开发，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介 usearch这个软件的安装以及使用都非常方便，简直就是扩增子测序分析的神器！进入官网USEARCH我们可以看到作...
vsearch:用于微生物组分析的多功能开源工具
04-28
VSEARCH 介绍 该项目的目的是创建由Robert C. Edgar（2010）开发的工具的替代方案。 新工具应： 具有适当的开源许可证的开源代码 免费，免费 采用64位设计，可以处理非常大的数据库和超过4GB的内存 与usearch一样准确或更准确 比usearch快或快 我们已经实现了一个称为VSEARCH的工具，该工具支持基于从头和参考的嵌合体检测，聚类，全长和前缀去重复，重复复制，反向互补，掩蔽，全对全成对全局比对，精确和全局比对搜索，混排，二次抽样和排序。 它还支持FASTQ文件分析，过滤，转换和合并成对的末端读取。 VSEARCH代表矢量化搜索，因为该工具利用SIMD矢量化形式的并行性以及多个线程来高速执行精确对齐。 与默认情况下使用启发式种子和扩展对齐器的USEARCH相比，VSEARCH使用了最佳的全局对齐器（完全动态编程Needleman-Wunsch）。 这通常
MPB：遗传发育所刘永鑫等-易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程...
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-05 8204
为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量，本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后，采用公众号推送方式分享全文，任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题，建议电脑端点击文末阅...
16S聚类OTU
rojyang的博客
08-06 2099
QIIME+USearch 组合定制的16S分析流程 ## 1 转换 USearch的要求的格式 # Usearch要求的格式 ### >sample_num;barcodelabel=sample >BA2_1;barcodelabel=BA2 CCTGTTCGATACCCGCACTTTCGTGC ## 1 转换 QIIME的要求的格式 ##QIIME...
16S扩增子测序分析流程.pdf
10-26
扩增子序列分析流程通常包括样品准备、DNA提取、PCR扩增、高通量测序、数据分析和结果解读等步骤。样品准备涉及将微生物样本收集并进行预处理，以便提取纯化的DNA。在DNA提取之后，会对微生物的16S rDNA区域进行特异...
Illumina_16S_pre-processing:使用 Usearch for Illumina 16S 扩增子读取预处理的 R 函数
06-11
使用 Usearch v8 进行 Illumina 16S 扩增子读取预处理的 R 函数 见 埃德加 RC。 搜索和聚类比 BLAST 快几个数量级。 生物信息学。 2010 年 10 月 1 日；26(19):2460-1。 doi：10.1093/生物信息学/btq461。
16S 扩增子分析工具：Swarm 聚类OTU流程介绍
砂之家
06-18 2713
前段时间为了写资料而搜寻 swarm 相关内容无果，在谷歌学术翻到一篇 swarm 的学术论文（严格来说就是 swarm 的论文），在学习过程中主要对 swarm 的工作流程做了了解。想写一篇总结，但写着写着差点变成了文献翻译，不知道现在算不算解读。整理出的内容适合入行不久，想了解 de novo OTU聚类方法的情况（主要是swarm）（虽然现在OTU已经out，已经有了更好的 denoise 方法，但作为新人多学习还是没有坏处的），如果想引用这篇学术论文： Cite this as Mahé F,
扩增子分析流程 —— 数据处理（vsearch）
卢严砖的博客
06-01 1万+
在扩增子分析流程中，使用vsearch工具进行前期数据处理的方法
16S流程知多少？
zd200572的博客
06-06 928
除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力单挑学术界）和mothur（用的人越来越少的感觉），最近又发现了一两个流程，一并分享给大家。 一、lotus:http://psbweb05.psb.ugent.be/lotus/ 一个引用量刚刚突破一百的流程，难得的是还在继续更新中，同样的先进的去噪代替聚类，哪天也测试下效果。最初知道这个流程是hybyrid-denovo流程提到了它也可以使用未成功拼接的序列进行分析。以下内容基本翻译自其官网: LotuS提供完整的轻量级16
【生信】联合使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据
小哲的博客
03-01 4254
使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据 上文说到，使用Vsearch、Usearch、QIIME均可以处理双端测序数据。这里为了充分利用每个工具的优点，开发了一个使用vsearch、usearch11和QIIME1.9的16S rRNA数据处理工具。输入双端测序数据，最终得到OTU丰度表以及相关的系统发育树。 #!/bin/bash ### 使用 vsear...
vsearch2.8.1使用和命令简介——中文帮助文档(免费64位版usearch)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
08-06 1万+
简介 主要功能和命令行格式 嵌合体检测 聚类 去冗余 序列操作 屏蔽序列 两两比对 搜索 重排与排序 抽样 物种分类 处理UDB数据库索引 描述 输入 参数 通用参数 嵌合体检测参数 聚类参数 序列去冗余 屏蔽序列选项 成对比对选项 搜索选项 洗牌参数 排序参数 抽样参数 P29 物种分类 索引格式UDB P31 刻意改变 使用示例 引文 猜你喜欢 写在后面 简介...
扩增子分析解读2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物
热门推荐
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
08-08 2万+
本网对Markdown排版支持较差，请跳转“宏基因组”公众号阅读；写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信很多朋友都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的初衷是写给本领域刚进实验室的学生读，加速大家对同行文章的解读能力。如果连同行的结果都看不懂，何谈对数据的理解，对科学问题的解释。希望刚入行的小伙伴多读高水平文章，配合我的解读，定能让理解上升一个层次。《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分
VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH！
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-09 2047
前言前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器！该软件依靠大神Robert Ed...
微生物组——扩增子分析专题培训开课啦！！！
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
07-27 1399
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年9月14-16日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大...
微生物组16S rRNA数据分析
Jinyang_csdn的博客
03-13 1万+
原文链接：https://www.jianshu.com/p/920a5ce3a7a0 微生物组16sRNA 数据分析常规流程：划分OTU ， 构造距离矩阵，分析物种多样性指数，构建序列的进化树及物种注释信息。 可以使用USEARCH、VSearch、Qiime来进行分析。 1、划分OTU OTU为操作分类单元，基于序列相似度高于97%，将每个sample划分成不同OTU，每个OTU用一条...
利用vsearch配合usearch合成OTU表，并用mothur软件做后续分析
weixin_42480153的博客
12-03 4681
下载RDP训练集 https://www.mothur.org/wiki/RDP_reference_files#Version_14 训练集小写转成大写 cat trainset16_022016.pds.fasta | tr a-z A-Z >trainset16.fasta 安装vsearch\usearch\mothur 解压序列文件 gzip -d *.gz 重命名fq文件...
扩增子分析神器USEARCH简介
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-09 7121
本文中引用统计采用Google学术，统计日期截止2017年10月9日。Usearch简介主页：http://www.drive5.com/usearch/ 1. Usearch是什么？ 它是超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域广泛应用。在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎，单人发文至Nature Method，而且目前已经集成了全部扩增子分析流程。截止2017年10月9日，Goog
16s扩增子分析流程
最新发布
09-04
16s扩增子分析是一种用于研究微生物多样性的常见分析方法。该方法基于16s rRNA基因，通过扩增目标片段并进行高通量测序来获得微生物群落的组成信息。以下是16s扩增子分析的流程： 1. DNA提取：从样品中提取总DNA，例如土壤、水、粪便等。DNA提取的目的是将微生物细胞中的DNA分离并纯化，为后续的扩增和测序做准备。 2. 16s rRNA扩增：使用特定引物对16s rRNA基因的V3-V4区域进行扩增。这个区域具有足够的变异性，可以用于区分不同的微生物类群。 3. 准备文库：将扩增产物进行处理，如加上barcode，接上测序引物等。文库的准备是为了后续的高通量测序。 4. 高通量测序：将准备好的文库送入高通量测序仪中进行测序。现在常用的测序平台有Illumina MiSeq和Ion Torrent PGM等。 5. 数据分析：对测序得到的数据进行丰度和多样性分析。使用生物信息学的工具和数据库，如QIIME、mothur、MG-RAST等，可以对序列进行质量控制、聚类、分类等处理，从而得到微生物群落的组成和多样性信息。 6. 结果解读：根据数据分析的结果，可以了解微生物群落的组成和相对丰度，了解其多样性指标，如物种多样性指数、丰富度指数和均匀度指数等。这些结果可以用于比较不同样品间的差异，探索微生物生态系统的变化规律。 总之，16s扩增子分析是一种通过扩增和测序16s rRNA基因来研究微生物多样性的方法。通过该方法，可以揭示微生物群落的组成和结构，为进一步的微生物生态学研究和应用提供重要的信息。
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值