Teeladangao的博客

原创 转移H&E 染色图像划线到空间组数据上

近年来，空间转录组学技术迅速兴起，但其高昂成本和复杂实验流程让它难以普及。而且由于样本数量和质量问题，以及方法选取和方法本身原理的问题，自聚类结果不理想。而皮层分层（如新皮层的Ⅰ–Ⅵ层）的核心依据是“细胞体密度”与“细胞大小/形态”的梯度变化。HE染色恰好把细胞核（密度指标）和胞体轮廓（形态指标）同时高对比度地显示出来，肉眼即可分辨。可以说是是皮层分层的逻辑起点。那如何将H&E染色的图像和空间组数据结合起来呢，结合表达量信息同时结合解剖学信息。