python实现：DNA翻译和凯撒密码

1、函数实现读文件操作和对文件内容进行处理的操作

def read_seq(inputfile):
    """Reads and returns the input sequence with special characters removed."""
    # your code here
    file = open(inputfile,"r")
    seq = file.read()
    seq = seq.replace("\n","")
    seq = seq.replace("\r","")
    return seq

2、利用python中的字典实现翻译函数：

即：将含有核苷酸序列的字符串翻译成含有相应氨基酸序列的字符串。

使用表格字典将核苷酸翻译成三联体;每个氨基酸用长度为1的字符串编码。

 #step 1：检查序列的长度是否可被3整除
＃step 2：循环表中的每个3个字母的字符串并存储结果
＃step 3：继续循环，直到到达序列结束

def translate(seq):
    """Translate a string containing a nucleotide sequence
    into a string containing the corresponding sequence of
    amino acids. Nucleotides are translated in triplets using
    the table dictionary; each amino acid is encoded with
    a string of length 1."""
    table = {
    'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',
    'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
    'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
    'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
    'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
    'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
    'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
    'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
    'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',
    'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
    'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',
    'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
    'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',
    'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
    'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',
    'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'
    }
    # check that the sequence length is divisible by 3
    # loop over the sequence, extract a single codon
    # loop up the codon and store the result
    protein = ""        
    # your code here
    for i in range(0,len(seq),3):
        protein += table[seq[i:i+3]]
    return protein

3、实现encode_dict(encryption_key)函数

＃参数为encryption_key;
＃该函数创建一个名为encoding的字典
＃键是字母表中的字符
#values是0-26之间的数字，移位整数encryption_key。

＃ 例如：
＃键'a'应具有值encryption_key，键'b'应具有值encryption_key + 1，依此类推。

＃如果此添加的任何结果小于0或大于26，则可以使用结果％27确保结果保持在0-26之内。

def encode_dict(encryption_key):
    # your code is here
    alphabet = string.ascii_lowercase + " "

    encoding = {}
    j = encryption_key%27
    for item in alphabet:
        encoding[item] = j%27
        j += 1
    return encoding

4、实现caesar(message,encryption_key)函数，即凯撒密码加密函数

使用两个参数message和encryption_key编写一个名为caesar的函数，用Caesar密码对消息进行编码。
＃使用您的代码查找消息中每个字母的编码值。
＃将这些值用作字典字母中的键，以确定消息中每个字母的编码字母。
＃您的函数应返回由这些编码字母组成的字符串。

def caesar(message,encryption_key):
    # return the encoded message as a single string!
    encoded_message = ''
    # use the function in Step 2 to get the encoding dictionary
    encoding = encode_dict(encryption_key)
    # your code is here
    # for each letter in message, get the encoded letter
    alphabet = string.ascii_lowercase + " "
    letters = {}
    j = 0
    for item in alphabet:
        letters[j] = item
        j += 1
    
    for item in message:
         encoded_message += letters[encoding[item]]
        
    return encoded_message  

结果如下：

（1）、加密：

message = "hi my name is caesar"
encryption_key = 3
encoded_message = caesar(message,encryption_key)
print(encoded_message)

 

（2）、解密

decoded_message = caesar(encoded_message,-3)
print(decoded_message)

 

总结：

我发现根据键求字典中的值比较容易，但是其实也可以根据值来去求得键，有以下3种方法：

1.print([k for k,v in dict.items() if v==200])

 

2.b=list(dict.keys())[list(dict.values()).index(200)]

将字典的值变列表，找目标下标，将键变成列表，根据刚才的下标求得值

 

3.new_dict={v:k for k,v in dict.items()}

print(new_dict)

print(new_dict[200])