SOAPfuse:利用双末端RNA-Seq数据鉴定融合转录本
SOAPfuse是华大开发的从 paired-end RNA-Seq 数据全基因组范围内探测融合转录本的开放性工具,其以perl语言为基础,应用一种改进的部分穷举法,构建一个用于探测融合事件的数据库,通过层层过滤,来鉴定融合转录本,以方便对人类RNA-Seq数据的分析。通过对数据库的合理构建,SOAPfuse也能用于其他物种RNA-Seq数据的分析。相比于目前开发出来的其他20个用于探测融合转录本的工具,SOAPfuse有以下优点:
- 检测效率高
- 节省计算资源
- 精细过滤
- 高效检测融合转录本
- 融合断点预测
- 结果可视化
软件本身是为人类RNA-Seq数据分析所用,但在我的研究中想将其用于黄瓜(Cucumis sativus L.)转录组的分析,故本文中将以人类及黄瓜两个物种对SOAPfuse的使用进行介绍。
安装
目前SOAPfuse软件已经更新到1.27版本,软件的下载地址可以从官网 SOAP :: Short Oligonucleotide Analysis Package找到,或者直接点击SOAPfse Download下载。
SOAPfuse软件只能在64位的Linux系统下操作,并需要至少5.8.5版本的Perl支持。
下载完成后,直接在Linux系统终端下解压缩即可,
$ tar -xzf /PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_TARBALL/SOAPfuse-vX.X.tar.gz
$ cd /PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_TARBALL/SOAPfuse-vX.X/
运行准备
由于SOAPfuse特殊的比对与过滤方法,在正式运行软件进行融合转录本的探测前,需要准备如下文件: