SOAPfuse是一款由华大基因开发的用于鉴定融合转录本的工具，适用于64位Linux系统。它依赖Perl语言，以高效的融合事件数据库构建和过滤策略，适用于人类和其他物种的RNA-Seq数据。在使用SOAPfuse之前，需要准备RNA-Seq数据、样本列表、配置文件和数据库构建所需的各种文件，包括全基因组参考序列、基因注释、染色体核型信息等。通过这个软件，可以进行融合转录本的高效检测、断点预测和结果可视化。
SOAPfuse：利用双末端RNA-Seq数据鉴定融合转录本
SOAPfuse是华大开发的从 paired-end RNA-Seq 数据全基因组范围内探测融合转录本的开放性工具，其以perl语言为基础，应用一种改进的部分穷举法，构建一个用于探测融合事件的数据库，通过层层过滤，来鉴定融合转录本，以方便对人类RNA-Seq数据的分析。通过对数据库的合理构建，SOAPfuse也能用于其他物种RNA-Seq数据的分析。相比于目前开发出来的其他20个用于探测融合转录本的工具，SOAPfuse有以下优点：
- 检测效率高
- 节省计算资源
- 精细过滤
- 高效检测融合转录本
- 融合断点预测
- 结果可视化
软件本身是为人类RNA-Seq数据分析所用，但在我的研究中想将其用于黄瓜(Cucumis sativus L.)转录组的分析，故本文中将以人类及黄瓜两个物种对SOAPfuse的使用进行介绍。
安装
目前SOAPfuse软件已经更新到1.27版本，软件的下载地址可以从官网 SOAP :: Short Oligonucleotide Analysis Package找到，或者直接点击SOAPfse Download下载。
SOAPfuse软件只能在64位的Linux系统下操作，并需要至少5.8.5版本的Perl支持。
下载完成后，直接在Linux系统终端下解压缩即可，
$ tar -xzf /PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_TARBALL/SOAPfuse-vX.X.tar.gz
$ cd /PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_TARBALL/SOAPfuse-vX.X/
运行准备
由于SOAPfuse特殊的比对与过滤方法，在正式运行软件进行融合转录本的探测前，需要准备如下文件：
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