【生信学习笔记】差异分析如何解决DESeq中

先来观察一下完整流程

library(DESeq2)
DESeq2group<-c(data[,3])
#DESeq2group<-c(rep("Control",15),rep("AD",10))

#或者
colData<-data.frame(row.names =names(testing),
                    condition=factor(DESeq2group,levels = c("Control","AD")))
dds<-DESeqDataSetFromMatrix(countData =sapply(test,as.integer),colData = colData,design=~condition)

dds<-dds[rowSums(counts(dds))>1,]

dds<-DESeq(dds)

res2<-results(dds)

res2<-as.data.frame(res2)

#test=as.data.frame(testing)

#先as.data.frame, 直接numeric会将数据降维

#dda<-DESeqDataSetFromMatrix(countData =sapply(test,as.integer),colData = colData,design=~condition)

#sapply和as.integer用来解决数据类型问题

如有错误请大佬多多指正