憨八龟的博客

原创 批量修改NCBI下载fastq数据文件名

NCBI下载的数据的文件名都是以SRR1234_1.fastq.gz的形式呈现，在后续分析过程中识别度差，我是个python的初学者，尝试自己编写了一个python脚本，可以批量修改SRRid，给刚入门生物信息学的同学们参考。可以看到，只有在list中给出的个体才会被重命名，如果数据是其他格式（例如公司测序返回的fastq文件），简单对脚本做一些修改也能使用。这个脚本要求构建一个原文件id和新id对应的输入文件。