蓝桥杯 2012 4 DNA比对

最新推荐文章于 2021-05-18 17:05:35 发布

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本文链接：https://blog.csdn.net/YYecust/article/details/55000135

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该编程题涉及DNA的比对，要求计算两个DNA串之间的距离，即最少需要多少次错误转换。这是一个典型的编辑距离问题，可以通过动态规划求解。用户输入DNA串对，程序输出它们的距离。编辑距离算法可参考链接中的详细解释。

摘要由CSDN通过智能技术生成

【编程题】(满分27分)
脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。
DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA… 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。
为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现的偏差是（理论上，对每个碱基被复制时，都可能出现偏差）：
　　1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为：AGT
2. 错码，例如把 AGGT 复制成了：AGCT
3. 重码，例如把 AGGT 复制成了：AAGGT
如果某DNA串a，最少要经过 n 次出错，才能变为DNA串b，则称这两个DNA串的距离为 n。
例如：AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2
你的任务是：编写程序，找到两个DNA串的距离。
【输入、输出格式要求】
用户先输入整数n(n<100)，表示接下来有2n行数据。
接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。（每行数据长度<10000）
程序则输出n行，表示这n组DNA的距离。
例如：用户输入：
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT
则程序应输出：
1
1
2

经典的字符串编辑距离问题
具体可看 http://www.geeksforgeeks.org/dynamic-programming-set-5-edit-distance/
同时还有练习 http://www.practice.geeksforgeeks.org/problem-page.php?pid=164

下面简要说明
DP[i][j]表示 s0[1…i] 和 s1[1…j]的最小编辑距离
注意这里表述的字符串下标从1开始但是代码中的字符串下标从0开始
那么如果s0[i] == s1[j] 那么 dp[i][j] = dp[i-1][j-1]
如果不想等那么就可以用上面的三种方法
1.增先让s0[1…i]和 s1[1…j-1]相同, 然后 s0[1…i]再加上s1[j],这样就s0[1…i]和s2[1…j]相同了
2.删先让s0[1…i-1]和 s1[1…j]相同然后删掉s0[i]
3.改先让s0[1…i-1]和 s1[1…j-1]相同然后修改s0[i]
这样就可以的到状态转移方程

#include <bits/stdc++.h>
using namespace std;
void solve()
{
	string s[2];
	cin >> s[0] >> s[1];
	int n = s[0].size(), m = s[1].size();
	vector< vector<int> > dp;
	dp.resize(n + 1);
	for (int i = 0; i <= n; i++) {
		dp[i].resize(m + 1);
		for (int j = 0; j <= m; j++) {
			if (i == 0) dp[i][j] = j; else
			if (j == 0) dp[i][j] = i; else
			if (s[0