System command ‘R‘ failed, exit status: 1, stdout & stderr were printed

博主在尝试安装R包monocle3时遇到leidenbase依赖包的安装错误。由于缺少FORTRAN编译器,博主按照官方文档安装了FORTRAN,并解决了Mac上安装leidenbase的问题。提醒读者,monocle3的安装过程可能充满挑战,建议做好准备。

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这里记录下我是怎么遇到并解决这个问题的。

我想要安装monocle3, 按照官方文档进行这一步安装时:

(这里请容许我稍稍吐槽下github上下载R包是真的不友好)

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')

R一直报错:

后面我直接检索leidenbase,阅读他的官方文档(README)后发现,这个包在安装前是需要有3个依赖包的:

  我用的是Mac,C和C++不用说肯定是有的,关键是这个 FORTRAN ,原谅我,这是我第一次看到这个东西,查阅后发现这是个“很古老”的编程方式。于是,安装FORTRAN ,详见:Releases · fxcoudert/gfortran-for-macOS · GitHub

最后,成功安装leidenbase和monocle3。

另:monocle3 的安装真的是一步一个坑,大家谨慎入坑吧。

(我在安装fortran时发现有帖子说Mac中是有这个的,但是,本人比较小白,不知道怎么调用Mac自带的那个,所以当作完全没有重新装的。) 

 

 

 

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