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原创 Generate the Theoretical Spectrum of a Cyclic Peptide
这道题的坑点让人很难想到,首先针对原序列分离出来的肽链如果重复出现,则结果要重复输出,但是循环肽链产生子序列如果与原序列中冲突,需要将其移除,即不进行输出。 python 源码:def kmer(s, k): mer = {} for i in range(len(s) - k + 1): if s[i:i + k] not in mer.keys():
2018-01-04 21:33:54 482 3
原创 Implement PatternToNumber
这道题只要试出来转换的规则就成功了一大半,题目坑就坑在有很多规则都可以和样例匹配如1011 二进制规则和023四进制规则,正确规则应该为四进制,即A表示0,C表示1,G表示2,T表示3。 python源码:dna=input() dna_re=dna[::-1]#将dna片段反转,利于结果计算 result=0 i=0 while i<len(dna): if dna_re[i]=='A'
2017-12-09 17:24:06 455
原创 Find Frequent Words with Mismatches and Reverse Complements
对于这道题的解法 和上一道题是类似的,只要先找出指定大小的kmer,然后判断满足汉明距离小于d而且其反响互补链的汉明距离也要小于d,满足这两个条件这两个链的相似kmer之和最多的链,结果肯定是成对出现的, python代码:def hanming(a, b): ham = 0 for i in range(len(a)): if a[i] != b[i]:
2017-12-07 18:22:51 751
原创 Locating Restriction Sites
对于这道题,测试样例有一个坑,就是它没有类似于’GCGCGC'这种子串,对于’GCGCGC‘这种子串不仅要返回1,6 而且要返回1,4 一旦明白这个问题之后,那么这道题就十分容易解决了,以下是python源码: dna=input() dna_com='' for i in dna: if i=='A': dna_com+='T' elif i=='C':
2017-12-04 13:28:07 344
原创 cs231n 作业1_KNN用于图片分类以及交叉验证
# -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sun Dec 3 17:22:49 2017 @author: Jiancheng """ import numpy as np from data_utils import load_CIFAR10 class KNN(object): def __init__(self): pass
2017-12-04 11:38:58 719
原创 Find Patterns Forming Clumps in a String
解决这种问题首先要理解题目的意思,这道题的意思就是说首先将给定的字符串每L长度为一个字串,然后在这个子串中查找k-mer,k-mer在该子串出现的次数要大于等于t次,输出结果的时候,再将每个L长度的子串中重复的项去掉就可以了。 代码:@author YJC dna = input() data = list(map(int, input().split())) k, L, t = data[0],
2017-11-29 21:59:55 686
原创 Find a Position in a Genome Minimizing the Skew
a=input() d={} c,g,m=0,0,0 for i in range(len(a)): if a[i]=='C': c+=1 elif a[i]=='G': g+=1 d[i]=g-c if d[i]<m: m=d[i] for key in d.keys(): if d[key]==m:
2017-11-29 13:00:24 439
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