day3--软件的安装与配置

1. conda

在官网下载即可
下载后使用以下代码进行安装

basn .sh
source ~/.bashrc
#也可以直接使用`.`代替
. ~/.bashrc

添加频道和环境配置

1. 添加频道

#channel
即下载的镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

2. 创建独立的环境

#env

conda create -n rnaseq
#创建名为rnaseq的conda小环境
#-n指定环境名称

conda activate rnaseq
#启动环境
conda deactivate
#退出环境

列出已经存在的小环境

conda env list
/
conda info --env

删除&重命名环境

conda remove -n rnaseq --all

3. 常用命令

软件管理

conda search fastqc
conda install fastqc
conda remove fastqc
conda update fastqc
conda list 

4. 进阶

conda install mamba 

除启动环境外，所有 conda 命令都可以用 mamba
搜索软件

mamba repoquery search fastqc

### 查看依赖关系
*我依靠谁*
`mamaba repoquery depends -t samtools`
*谁依靠我*
`mamba repoquery whoneeds -t python`

2. 编译安装

基于C语言开发的软件

1. 在官网下载对于的安装包
2. 解压
3. 进入安装路径运行.configure
4. make 编译
5. make install安装
6. 添加环境变量：

vi ./bashrc #在文件中添加如下变量
export PATH="/../bin:PATH'

如果报错，运行第一步的时候在后面指定有权限的路径：

./configure --prefix=

基于JAVA的不需要进行编译，本身兼容