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RSS订阅原创 Cell Ranger
Cell Ranger可处理Chromium single-cell RNA-seq 的输出：（1）align reads,（2）generate feature-barcode matrices（3）perform clustering and gene expression analysis其包括四个与单细胞基因表达实验相关的pipelines。cellranger mkfastqcellranger mkfastq将Illumina sequencer生成的raw base call (B
2020-06-29 18:29:18
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原创 sc-RNA seq与Illumina测序
课程笔记10X genomics10X genomics技术：文献在10X官网中的publications。对单个细胞做RNA表达情况的定量分析。基于油包水乳浊液酶反应原理的分子生物学分析系统。可以（1）做一群细胞当中，每个单细胞的RNA表达情况的定量分析。（2）染色体的单倍体长片段的组装。一张芯片一次可以处理8个样本，每一列孔对应于一个样本。原理：（一）微珠上DNA引物的设计：灰色的为凝胶微珠（gel beads），每个微珠上种上特定DNA片段。每个DNA序列分几段：（1）10X b
2020-06-15 23:56:08
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原创 读书笔记（8）降维
Chapter 8 - Distance and Dimension ReductionDistance in High Dimensions下面是结果是相同的// A code blockvar foo = 'bar';// An highlighted blockvar foo = 'bar';
2020-06-09 23:07:04
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原创 Biological Id转换（富集分析时）
第一种方法mapIds(x, keys, column, keytype, …, multiVals)参数：x——the AnnotationDb objectkeys——the keys to select records for from the databasecolumn——the column to search on (for mapIds)keytype——the keytype that matches the keys usedlibrary(AnnotationDbi)g
2020-06-07 19:53:39
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原创 clusterProfiler R package
clusterProfiler : universal enrichment tool for functional and comparative study介绍对于clusterProfiler包中文件的学习。Gene Ontology (GO)从下面三个方面来介绍基因功能。MF: Molecular Function ，基因产物的分子活性；CC: Cellular Component，基因产物活跃的地方；BP: Biological Process，由基因产物组成的pathways a
2020-06-06 19:09:08
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空空如也
空空如也
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