Python 读取mgf文件

最新推荐文章于 2024-07-19 09:08:21 发布

Z_shoushow

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分类专栏： Python 文章标签： mgf python

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在初始尝试读取mgf文件时，因为不知道python有一个mgf的包可以使用，因此费了一番功夫，但是后来发现python中有一个可用于读取mgf文件的包，十分方便，该包会将mgf文件输出为一个字典

使用前引入模块

from pyteomics import mgf

下载：命令行输入 “pip install pyteomics”

Example

例test.mgf文件如下：

BEGIN IONS
TITLE=id=PXD003709;F001262.dat-pride.xml;spectrum=3670
PEPMASS=475.24009
CHARGE=2+
TAXONOMY=9606
SEQ=KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER
USER03=0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894
140.1069	4619000.0
241.1545	1140000.0
335.1347	142900.0
375.1968	70430.0
537.2758	67600.0
652.3079	71560.0
709.3286	1936000.0
END IONS

调用pyteomics包

from pyteomics import mgf

for spectrum in mgf.read("test.mgf"):
    print (spectrum)
    params = spectrum.get('params')
    key = list(params)[3]
    print(key)
    title = params.get('title')
    seq = params.get('seq')

print (params)
print (title)
print (seq)

输出结果

{'params': {'title': 'id=PXD003709;F001262.dat-pride.xml;spectrum=3670', 'pepmass': (475.24009, None), 'charge': [2], 'taxonomy': '9606', 'seq': 'KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER', 'user03': '0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894'}, 'm/z array': array([140.1069, 241.1545, 335.1347, 375.1968, 537.2758, 652.3079,
       709.3286]), 'intensity array': array([4619000., 1140000.,  142900.,   70430.,   67600.,   71560.,
       1936000.]), 'charge array': masked_array(data=[--, --, --, --, --, --, --],
             mask=[ True,  True,  True,  True,  True,  True,  True],
       fill_value=0,
            dtype=int32)}
taxonomy
{'title': 'id=PXD003709;F001262.dat-pride.xml;spectrum=3670', 'pepmass': (475.24009, None), 'charge': [2], 'taxonomy': '9606', 'seq': 'KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER', 'user03': '0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894|0-MOD:01894,1-MOD:01894'}
id=PXD003709;F001262.dat-pride.xml;spectrum=3670
KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER|KGNYAER

Process finished with exit code 0