如何下载蛋白质pdb文件

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分类专栏： 学习笔记 文章标签： 经验分享 算法 生物 化学
于 2021-05-09 17:21:41 首次发布
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使用如下链接

https://files.rcsb.org/download/+文件名

比如你需要下载5P21的pdb文件，则在浏览器输入以下链接

https://files.rcsb.org/download/5P21.pdb

读懂蛋白质PDB文件

PDB之批量并行下载PDB文件
qqqqqrc的博客
04-19 234
批量并行下载PDB文件
下载PDB文件
ajin_97的博客
09-08 991
PDB文件下载
PDB数据库中蛋白质结构文件数据格式
qq_27390023的博客
09-21 2208
pdb和.cif文件都是PDB数据库中用于存储蛋白质三维结构的文件格式。.pdb文件是早期使用的格式，简单易读但有容量和精度的限制；而.cif文件是更现代的格式，能够存储更复杂和详细的数据。有些结构没有.pdb文件的原因主要是.pdb格式的局限性，如不能处理过大或高精度的结构，或者不能支持复杂的实验数据。因此，.cif文件逐渐成为蛋白质结构文件的标准。
蛋白质数据库pdb文件格式说明
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pdb蛋白质数据库中pdb文件格式介绍，把网站上的帮助文档做成了chm的电子书形式，方便观看。
Alphafold批量下载蛋白的pdb文件
qq_37440906的博客
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Alphafold批量下载蛋白的PDB文件
Biopython下载PDB文件
qq_27390023的博客
06-19 1655
【代码】Biopython下载PDB文件。
查看PDB文件
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PDB文件查看 PDB数据库查看
蛋白质PDB文件说明.doc
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蛋白质PDB文件说明 蛋白质PDB文件是一种通用的文件格式，用于存储和描述蛋白质结构信息。该文件格式由 Protein Data Bank（PDB）组织所定义和维护。PDB文件中所包含的信息可以分为 several 部分，包括 HEADER、...
[by-llma] 将Materials Studio中的pdb文件转化为LAMMPS需要的data坐标文件的小程序
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pdb文件是Protein Data Bank的标准格式，用于存储蛋白质、核酸等大分子的三维结构信息，常在Materials Studio中使用。而data文件是LAMMPS所用的内部格式，包含了系统中粒子的位置、类型、力场参数等信息。 该压缩...
Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件
09-21
本文介绍了一个实用的Python脚本，它可以高效地将pdb文件批量转换为dssp文件，适用于生物信息学领域的蛋白质结构分析。通过深入理解代码逻辑和注意事项，可以帮助开发者更好地应用于实际项目中。此外，还提供了一些...
pdb格式文件阅读器下载
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pdb阅读器，使用PDB快速打开.PDB文件进行浏览，给你学习增加助力，若有不明白的地方，请与我联系给你解答
不错的pdb文件哦
08-06
不错的pdb文件，一定要支持哦！加油加油下载！
pdb文件格式-最新版
10-13
蛋白质数据库格式，最新版，供大家参考 里面有详细的pdb数据库格式说明
大批量快速下载AlphaFold的PDB文件
m0_52137547的博客
06-04 1426
包含alphafold预测的所有uniprot的accession，具体内容说明参考。网上没看到有相关内容，就一个用爬虫下载的，对于百万以上量级来说太慢了。如果官网下载有点慢可以复制链接到fdm下载。根据网络情况多开些线程的话大概可以一秒百来个吧。首先到AlphaFold的ftp（
根据txt文件从数据库中批量下载指定pdb文件
a111o14的博客
09-04 1599
根据txt文件从数据库中批量下载指定pdb文件
下载 Qt 库 pdb 文件（Windows平台）
langshanglibie的专栏
04-25 3557
下载 Qt 库 pdb 文件（Windows平台） 进入 https://download.qt.io/online/qtsdkrepository/windows_x86/desktop/ 选择 Qt 的版本：如 5.15.2，则进入 qt5_5152/ 搜索包含 debug_info 的文件夹，选择对应的编译器版本、平台位数，点击进去 如下载 VS2019 x86，则点击进入 qt.qt5.5152.debug_info.win32_msvc2019/ 如下载 VS2019 x64，
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批量下载alphafold3蛋白质的pdb文件
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### 批量下载 AlphaFold3 预测的蛋白质结构 PDB 文件 为了实现批量下载 AlphaFold3 预测的蛋白质结构 PDB 文件，可以采用自动化脚本的方式。考虑到目标是从 Alphafold 数据库中获取大量文件并避免手动操作，下面介绍一种基于 Python 和命令行工具的方法。 #### 使用 Linux 命令行工具 `wget` 结合循环语句 对于已知 ID 列表的情况，可以直接利用 Linux 中强大的网络下载工具 `wget` 来完成这项工作。假设有一个包含所需蛋白质 ID 的文本文件（每行一个 ID），可以通过如下 shell 脚本来执行批量下载： ```bash #!/bin/bash while read p; do wget https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-${p}-F1-model_v3.pdb -O ${p}.pdb done < protein_ids.txt ``` 这段 Shell 脚本读取名为 `protein_ids.txt` 的文件中的每一行作为变量 `$p`，构建完整的 URL 并调用 `wget` 进行下载[^3]。 #### 通过编程语言如Python 实现更灵活控制 当面对更加复杂的需求时，比如动态获取最新版本链接或是处理错误重试等情况，则推荐使用 Python 编写专门程序来进行管理。这里给出一段简单的例子说明如何借助 requests 库来抓取网页内容以及保存远程文件至本地磁盘： ```python import os import requests def download_pdb(protein_id, output_dir='.'): url = f"https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-{protein_id}-F1-model_v3.pdb" response = requests.get(url) if not os.path.exists(output_dir): os.makedirs(output_dir) file_path = os.path.join(output_dir, f"{protein_id}.pdb") with open(file_path, 'wb') as pdb_file: pdb_file.write(response.content) with open('protein_ids.txt', 'r') as id_list: for line in id_list: prot_id = line.strip() try: download_pdb(prot_id, './pdbs') print(f'Successfully downloaded {prot_id}') except Exception as e: print(f'Failed to download {prot_id}: ', str(e)) ``` 此段代码实现了从给定的蛋白质 ID 文档中逐条读入 ID，并尝试将其对应的 PDB 文件存储于指定目录下。它还包含了基本异常捕获机制以应对可能出现的问题[^4]。
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