医疗图像
冰菓(笑)
希望写一些有质量的东西
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DICOM 数据处理 SimpleITK
1.读取文件读取DICOM序列医学图像中一个CT序列包含很多张图片,即一个case包含许多slice,使用SimpleITK可以直接读取一个序列,并方便地得到各种参数,将图像数据转换成numpy Array:import SimpleITK as sitkimport numpy as npreader = sitk.ImageSeriesReader()dicom_names = reader....转载 2018-05-18 20:02:08 · 6620 阅读 · 7 评论 -
转载:医疗图像处理
本文为自用文章 请去原文查看论文原文地址:http://shartoo.github.io/medical_image_process/一 数据格式1.1 dicomDICOM是医学图像中标准文件,这些文件包含了诸多的元数据信息(比如像素尺寸,每个维度的一像素代表真实世界里的长度)。此处以kaggle Data Science Bowl 数据集为例。data-science-bowl-2017。...转载 2018-05-18 20:07:48 · 1831 阅读 · 2 评论 -
U-Net: Convolutional Networks for Biomedical Image Segmentation kears实现
这篇论文在实现上有三个问题:1.下采样和上采样上使用了没有边界补充的卷积,这导致了需要进行分割卷积层才能够在前层和后面的层进行拼接操作时需要裁剪前面的层。2.当输入图像不能够被16整除时会出现左边是单数而上采样后是双数的图像大小。3.由于每次卷积导致了大小的变化,输入的图片大小和输出的图片大小不一致。所以实现时进行如下操作:1.使用边界补充的卷积2.对图像进行预处理,将...原创 2018-07-24 09:17:59 · 639 阅读 · 2 评论 -
DenseNet keras
import kerasfrom keras.layers.normalization import BatchNormalizationfrom keras.models import Sequentialfrom keras.layers import Dense, Dropout, Activation, Flattenfrom keras.layers import *fr...原创 2018-07-24 09:51:03 · 2241 阅读 · 1 评论 -
Dice's coefficient 实现
Dice's coefficient 公式如下:X:原图 Y:预测图smooth = 1.def dice_coef(y_true, y_pred): y_true_f = K.flatten(y_true) y_pred_f = K.flatten(y_pred) intersection = K.sum(y_true_f * y_pred_f) ...原创 2018-07-24 09:59:58 · 12289 阅读 · 33 评论 -
pytorch: DiceLoss MulticlassDiceLoss
pytorch的自定义多类dice_loss 和单类dice_lossimport torchimport torch.nn as nnclass DiceLoss(nn.Module): def __init__(self): super(DiceLoss, self).__init__() def forward(self, input, target): N = t...原创 2018-07-26 19:54:40 · 13644 阅读 · 41 评论 -
读取tif文件 并且分别保存
import osimport numpy as npimport globimport cv2from keras.preprocessing.image import ImageDataGenerator, array_to_img, img_to_array, load_imgfrom libtiff import TIFFfrom scipy import misc...原创 2018-10-08 16:44:37 · 2617 阅读 · 0 评论