序列比对-levenshtein distance

一、两个字符串A和B，将A变为B需要经过最少几次编辑（包括插入、删除、替换）？
解决问题，俄罗斯人levenshtein设计了一个算法，名为levenshtein距离，具体如下：
levenshtein的具体算法是：
1. 获取字符串Ａ的长度为n，获取字符串Ｂ的长度为m，如果m=0，返回n；如果n=0，返回m。
初始化一个二维数组D[m+1,n+1]，将第一行填充为0至n，将第一列填充为0至m。注意这里的填充不是0。
2. 循环比对A的每一个字符与B的每一个字符。对于字符Ai与Bj，如果A[i]==B[j]，那么cost为0，否则cost为1。这时比较二维数组D中的三个值：D[i-1,j]+1（左侧值＋1）, D[i,j-1]+1（顶部值＋1）, d[i-1,j-1]+cost（左上角＋cost）；这三个值分别代表删除，插入或者替换。取三个值中的最小值填充D[i,j]
3. 返回D数组最右下角D[m＋1,n＋1]的值就是levenshtein距离。
下面通过一个实例来进行说明：
求：atctg变为agct需要经过多少步骤？

1. 取得两个字符串的长度，分别为5和4，并且创建一个二维数组[5,6]
2. 开始比对：
   
   可知，a=a.故cost=0，对比其左上和正左边以及正上方三个值，会发现左上的最小，所以加其加0，做为此补充位置的distance，如此类推，第二列补充完毕将是这样的：
   
   。
   。
   。
   如此补充完毕，得到其结果为：
   
   所以，atctg变为agct需要经过两步，即1，把g换成t，在最后加上g。