题意:给定两个字符串,求它们对齐匹配的最大值
要求:可以两个字符匹配,也可以一个字符和‘-’匹配,
但是不能两个‘-’匹配,例如:
AGTGATG
GTTAG
这两个字符串可以看成是
AGTGATG
-GTTA-G
也可以看成是
AGTGAT-G
-GT--TAG
分析:这是一个变形的最长公共子序列,最优解:
1.取字符i-1和j-1的时候dp[i][j]=dp[i-1][j-1]+a[s1[i-1]][s2[j-1]];
2.取字符i-1,不取j-1的时候dp[i][j]=dp[i-1][j]+a[s1[i-1]]['-'];
3.取字符j-1,不取i-1的时候dp[i][j]=dp[i][j-1]+a['-'][s2[j-1]];
而dp[i][j]取这三个值的最大值就可以了
当然初始化的时候dp[0][0]=0;
但是因为每个字符都要和一个字符对齐,当然不包括'-'和'-'两个字符对齐
所以当dp[0][i]的时候就代表s2[i-1]与'-'对齐,
所以dp[0][j]=dp[0][j-1]+a['-'][s2[j-1]];
同理dp[i][0]=dp[i-1][0]+a[s1[i-1]]['-'];
#include<stdio.h>
int dp[105][105],m,n;
char s1[105],s2[105];
int a[5][5]={5,-1,-2,-1,-3,-1,5,-3,-2,-4,-2,-3,5,-2,-2,-1,-2,-2,5,-1,-3,-4,-2,-1,0};
int getid(char c)
{
if(c=='A') return 0;
if(c=='C') return 1;
if(c=='G') return 2;
if(c=='T') return 3;
if(c=='-') return 4;
}
int max(int a,int b,int c)
{
int k=a;
if(b>k)
k=b;
if(c>k)
k=c;
return k;
}
void my_dp()
{
int i,j,dp1,dp2,dp3;
dp[0][0]=0;
for(i=1;i<=m;i++)
dp[i][0]=dp[i-1][0]+a[getid(s1[i-1])][getid('-')];
for(j=1;j<=n;j++)
dp[0][j]=dp[0][j-1]+a[getid('-')][getid(s2[j-1])];
for(i=1;i<=m;i++)
for(j=1;j<=n;j++){
dp1=dp[i-1][j-1]+a[getid(s1[i-1])][getid(s2[j-1])];
dp2=dp[i-1][j]+a[getid(s1[i-1])][getid('-')];
dp3=dp[i][j-1]+a[getid('-')][getid(s2[j-1])];
dp[i][j]=max(dp1,dp2,dp3);
}
}
int main()
{
int T;
scanf("%d",&T);
while(T--){
scanf("%d%s%d%s",&m,s1,&n,s2);
my_dp();
printf("%d\n",dp[m][n]);
}
return 0;
}