agpjs0257的博客

转载 bam文件测序深度统计-bamdst

　　最近接触的数据都是靶向测序，或者全外测序的数据。对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环。　　以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后，用perl来进行深度及捕获效率的计算。今天无意中看到了bamdst（https://github.com/shiquan/bamdst）这个软件，用起来也很方便，参考GitHub，在此记录使用方法。...