187. Repeated DNA Sequences

题目：

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA.

Write a function to find all the 10-letter-long sequences (substrings) that occur more than once in a DNA molecule.

For example,

Given s = "AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT",

Return:
["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA"].

题意：

所有的DNA都是由一系列缩写为A、C、G、T的核苷酸组成。标识出重复的序列对于研究DNA是非常有用的。写一个功能在一个DNA分子中找到所有的10字符长且出现不只一次的序列（子字符串）。

思路：

DNA序列中只存在A、C、G、T四中字符，四种字符所对应的ASCII码分别为：65、67、71、84，二进制表示为 1000001, 1000011, 1000111, 1010100，八进制表示为0101、0103、0107、0124，可以看到只需要3位就可以区分这四个字母。则10个字符只需要30位来表示即可，之后将30位转化为int型作为map的key存储在map中。map的值为该种10字符长的子串所对应出现的次数。之后对map的值（出现的次数）进行判断即可得出重复的10字符子串。

代码：C++版：100ms

class Solution {
public:
    vector<string> findRepeatedDnaSequences(string s) {
        
        vector<string> result;
        unordered_map<int, int> map;
        int substr = 0;
        int i = 0;
        int n = s.size();
        while(i<9){ //获取字符串前十个字符组成的子串
            substr = substr<<3 | s[i++]&7;
        }
        while(i<n){ //依次将后面的每个字符加入到前子串中组成新子串，查看map中是否有重复的，没有就新加，有就加1
            if(map[substr = substr<<3 & 0x3FFFFFFF | s[i++]&7]++ == 1){
                result.push_back(s.substr(i-10, 10));
            }
        }
        return result;
    }
};

java版：67ms

public class Solution {
    public List<String> findRepeatedDnaSequences(String s) {
        
        List<String> res = new ArrayList<String>();
        Map<Integer, Integer> map = new HashMap<Integer, Integer>();
        int substr = 0;
        for(int i=0; i<s.length(); i++){ //对字符串中每个字符进行轮训
            substr = ((substr<<3) | (s.charAt(i)&0x7)) & 0x3fffffff;  //保存10字符长的子串
            if(i<9) continue; //前十个字符不做后面的操作
            if(map.get(substr)==null){ //map中不存在，则保存
                map.put(substr, 1);
            }else if(map.get(substr)==1){ //map中存在则将子串放入结果集，并加1
                res.add(s.substring(i-9, i+1));
                map.put(substr, 2);
            }
        }
        return res;
    }
}

思路二：

利用两个Set集合来判定子串是否出现一次以上，因为一共就26个字符，所以新建一个大小为26的数组来映射四个字符，之后只需要两位就能区分出四个字符。

代码：java版：36ms

public class Solution {
    public List<String> findRepeatedDnaSequences(String s) {
        
        Set<Integer> words = new HashSet<>();
        Set<Integer> doubleWords = new HashSet<>();
        List<String> res = new ArrayList<>();
        char[] map = new char[26];
        //map['A'-'A'] = 0; 将字符转换为数字映射
        map['C'-'A'] = 1;
        map['G'-'A'] = 2;
        map['T'-'A'] = 3;
        
        for(int i=0; i<s.length()-9; i++){
            int str = 0;
            for(int j=i; j<i+10; j++){  //找到当前十个字符的子串
                str <<= 2;
                str |= map[s.charAt(j)-'A'];
            }
            if(!words.add(str) && doubleWords.add(str)){ //子串出现次数大于一次时，将子串保存进结果集
                res.add(s.substring(i, i+10));
            }
        }
        return res;
    }
}