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RSS订阅原创 miRDeep2软件安装注意事项
非常感谢一篇优秀的帖子http://blog.sina.com.cn/s/blog_7cffd1400101m3i3.html，讲的很细节很具体，但是在我的操作中还是有些问题，主要集中在.bashrc文件配置当中，原文这一部分内容稍稍简略，显然是linux老手。我在这里不厌其烦的重新把这些被省略的细节加进来。说明：我是在实验室的集群上使用，作为一名用户需要设置.bashrc文件，注意不
2014-03-12 10:27:39
2043
原创 C++中同时使用Eigen和CLAPACK
最近因为在写算法较慢的软件，其中用到矩阵运算，所以最后选择同时使用Eigen和CLAPACK(lapack的C实现)，并且在windows下和linux下都成功使用。下边分系统说明两个库在两个操作系统下的安装和使用，最后说一下如何利用Eigen的易用性和CLAPACK的速度同时结合，其实也蛮简单的。1.linux在Redhat系统中确定可用。(1)下载在http://www.net
2013-11-02 13:38:34
1096
转载 一个将string转换为char*和const char*的帖子
http://stackoverflow.com/questions/347949/convert-stdstring-to-const-char-or-char
2013-10-28 21:59:52
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原创 构建基因网络的工具
1. 通过文献Agilent literature search是一个很好用的工具，可以通过控制所搜索文章的数目来构建针对某个gene/gene set的网络。工具的一个条件：利用需要寻找的文章数目来控制寻找的gene network的规模。因为不能超过1000篇文章，所以通过调节maximum search engines的数量，来控制。最后会形成一个网络，精度要求待确定。
2013-09-16 15:11:57
1036
转载 R中字符串匹配
R中的grep、grepl、sub、gsub、regexpr、gregexpr等函数都使用正则表达式的规则进行匹配。默认是egrep的规则，也可以选用Perl语言的规则。在这里，我们以R中的sub函数为例（因为该函数可以返回替换字符串后的具体内容）介绍正则表达式的用法。 对该函数的逻辑参数都使用默认值（ignore.case = FALSE，表示大小写敏感；extended = TRUE
2013-04-17 20:00:53
5046
原创 R语言学习札记一 与C++对比
平时只对C++比较熟悉，在bioinformatics这行，不用R也不是不行，但是开发软件的难度要高一些。学习R，总感觉有点无从下手，于是想从R与C的对比开始学起。C中内建型别有四种，int; double(float); bool以及char类型。在R中，类型大概有哪些呢？R中也分内建型别，或者叫做元素，也叫基础类型。为了方便，我们将R中的向量 vec 那么大概可以分成, num
2013-03-24 20:05:51
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转载 vs2010 error LNK2001: 无法解析的外部符号
转自 http://hi.baidu.com/aldrich_sunny/item/701868160ff65837b93180d2学习VC＋＋时经常会遇到链接错误LNK2001，该错误非常讨厌，因为对于 编程者来说，最好改的错误莫过于编译错误，而一般说来发生连接错误时， 编译都已通过。产生连接错误的原因非常多，尤其LNK2001错误，常常使人不 明其所以然。如果不深入地学习和理解VC＋＋，要
2013-03-20 20:40:40
1189
转载 遍历map时元素删除的问题
#include #include using namespace std;int main(){ map map1; map::iterator mapit; map::iterator saveit; map1[1] = 2; map1[2] = 3; map1[3] = 4; map1[4] = 5
2013-03-15 16:35:11
704
转载 C++中如何对map的value排序
转自http://buptdtt.blog.51cto.com/2369962/806720typedef pair PAIR; int cmp(const PAIR& x, const PAIR& y) { return x.second > y.second; } map m; vector vec; for (map::iterator cur
2013-03-09 16:13:29
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转载 C/C++数组赋值方式
转自http://www.myexception.cn/c/323819.htmlC语言数组赋值问题，为什么会报错？int a[4];a[4]={1,2,3,4};为什么会报错？------解决方案--------------------------------------------------------C/C++ codeint a[4] = {1
2013-03-03 18:21:15
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转载 C++中二维数组new方法
转自：http://www.cnblogs.com/beyondstorm/archive/2008/08/26/1276278.html二维数组new小结 1. A (*ga)[n] = new A[m][n]; ... delete []ga; 缺点：n必须是已知 优点：调用直观，连续储存，程序简洁(经过测试，析构函数能正确调用) 2. A**
2013-03-03 16:09:03
460
原创 最近使用lapack和clapack的总结
首先不得不说为了发布一个软件，使用解 Ax=b , eig(A),还特么得跟lapack和Clapack， 不知道这个软件发布出来得多大。。。用Clapack的话，得用其中的静态库， 这个相对来说好用一点，如果使用的是C/C++。这里有一个网址，http://www.netlib.org/clapack/LIB_WINDOWS/prebuilt_libraries_windows.html
2013-03-02 23:46:22
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原创 C++使用Matlab函数
有如下网址需要注意http://blog.csdn.net/sworder_001/article/details/1438918http://www.360doc.com/content/12/0414/10/7562873_203478570.shtmlhttp://yangkaiwei0603.blog.163.com/blog/static/94981452200911
2013-03-02 10:00:12
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转载 g++初级使用
转自http://www.cnblogs.com/killkill/archive/2008/11/09/1330200.html
2013-02-27 09:29:03
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原创 安装lapack
使用linux的同学更方便一些，有一篇帖子非常好用，鉴定有效。点击打开链接我按照其中的方法安装了lapack,并且希望从C++中调用，但是一直没有成功。所以希望找一篇在ubuntu下编译安装lapack并，并且在C++中调用函数的帖子，倒是真有一篇点击打开链接有一个很简略的帖子http://blog.sina.com.cn/s/blog_7f5285bf0100u9zn.html
2013-02-25 23:05:27
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转载 UltraEdit 中 符号替换
摘自http://zhidao.baidu.com/question/203318480.html换行符 (回车/换行) 可以用于搜索和替换。要指定换行符，在对话框中输入“^p”字符表示 回车/换行。UltraEdit文本编辑并不是很实用，而16进制编辑是非常实用的！编程方面也还算可以！UE编辑器的设置非常全面，可以设置字体、间距、背景色、特殊字背景色、特殊字符！特殊字符摘要
2013-02-21 17:12:32
698
原创 泛型指针和一般指针，以及当指针被定义const
文中提到的两个问题，其实我自己也没怎么完全弄明白，希望大家能指出我的错误，并解答这个问题。谢谢！ 泛型指针,比如定义个vector svec; svec.begin()就是个泛型指针。然后一般的指针，比如int *pi; pi就是一个一般指针。两种指针在函数调用时注意不能相互代替的。 一般指针的使用也很奇怪，const和非const之间还不能直接使用。就连返回都不行。在
2013-02-19 21:29:32
426
原创 有关头文件的总结
这几天又重新学习C++，在面向过程的编程风格中，稍稍总结一下头文件的注意问题。这里不涉及头文件设计的风格，比如你想做成界面性头文件。头文件中一般有常量的定义，inline的定义，函数模板的定义，一般函数的声明。如果有一些变量也定义了，需要在前加extern, 因为extern关键字的作用是以标示变量或者函数的定义在别的文件中。标准库的头文件包含用尖括号，自定义的头文
2013-02-19 13:42:48
355
转载 函数模板(function template)的声明和定义
摘自：http://hi.baidu.com/swet123/item/0cf87ac6e4d4d53099b498eec++模板类/模板函数的声明与定义应该放在头文件里，不要分开来写类中函数的声明与定义（比如在.H文件里声明某个成员函数，在.CPP文件里定义该成员函数），这样会导致连接错误。所应该将模板类/模板函数的定义与声明写在一个.h文件里。
2013-02-19 12:01:20
775
转载 C++ 作用域
1.函数作用域 其作用域始于函数头“{”结束于“}” 2.函数原型作用域 函数原型中的参数，其作用域始于“（”结束于“）” 如下函数原型声明语句 double Area(double radius); radius的作用域仅限于括号内，不能用于其它地方，因而可有可无； 3.语句块作用域 在块中声明的标识符，其作用域自声明处起，限于块中 4.类作用域 类作用域
2013-02-18 23:07:58
355
转载 默认参数的声明和定义问题
摘自http://kingphp.blog.163.com/blog/static/20042324420129172598651/函数的默认参数可以在声明或定义中指定，但注意：1.只能在声明或定义两者中的一个指定。即声明中指定了默认参数，定义中就不能指定了，为的是防止默认参数不一致的情况2.同一函数同一个作用域中不能重复声明同一形参的默认参数3.同一函数在不同作用域中可重复声
2013-02-18 23:06:50
664
转载 函数形参中的const引用
摘自http://hi.baidu.com/weipatty/item/c474bcec84de9ae4fa42baf3这里将C++ Primer中函数形参章节有关const和引用的问题简单小结如下：一、非const非引用形参这个是一个平庸的情形。函数参数通过复制对应的实参实现初始化，函数本身对形参的修改不会影响到实参。传递给这类函数的实参可以是一个const型的对象，也可以是非con
2013-02-18 13:37:21
535
转载 【zz】ubuntu中配置latex中文的方法
这段时间每次看完论文都会总结一下，英文论文也就没所谓直接英文了。不过今天刚看了老板写的一个brief review，蛋疼的是一篇中文，所以还是中文方便一点吧。转载文章出处如下链接。http://blog.sinzy.net/1/entry/19944转载内容：sudo apt-get install latex-cjk-all安装好之后，在源文件里添加类似如下的代码，就
2012-10-21 18:27:04
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转载 【zz】linux上重要文件，转载在这里，下回再需要就不用搜索了
今儿下午得给工作站的关键文件进行一次备份，很多文件虽然知道，然是不是很系统，搜到以下内容，好帖子，顶原作者。http://snailwong.iteye.com/blog/308448启动引导程序配置文件LILO /etc/lilo.confGRUB /boot/grub/menu.lst 系统启动文件核脚本主启动控制文件 /etc/inittabSys
2012-10-05 16:35:14
256
原创 ubuntu当中解决RMA Express的安装
今天忙活这个RMA Expression的安装实在是有够受的了。开始想用R直接处理，发现需要安装MySQL，RMySQL，然后Bioconductor。。。唉系统刚换连R都没装。。折腾了半天至少解决了安装MySQL和RMySQL的方法，详见上一篇日志。不过在最后安装rma-1.0-3.tar.gz时候无论我怎么弄都是装不上，十分郁闷。突然发现在linux当中RMA也有GUI，选择安装该
2012-05-08 00:08:58
525
原创 ubuntu当中解决RMySQL安装问题
对于一个非计算机出身，而在科研中又需要使用linux的人来说，各种软件的安装都是问题。在安装RMySQL时，首先发现系统当中没有安装MySQL: sudo apt-get install mysql-server才行，其他的包都不行。之后依然不成功，可以用如下命令：sudo apt-get install libdbd-mysql libmysqlclient16-dev到这里
2012-05-07 16:42:21
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转载 ibus拼音启动和更换词库
ibus拼音问题，有两个，默认不起动问题还有安装搜狗词库的问题首先说安装搜狗词库http://code.google.com/p/hslinuxextra/downloads/list到这里下载android.db这个数据文件然后覆盖掉/usr/share/ibus-pinyin/db里边的android.db文件重启ibus就可以了然后是开机启动问题System >>
2012-03-08 17:11:08
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转载 linux常用命令【zz】
基于Qt在Linux上的运行效果，进行Meego开发的首推平台理所当然地是Linux。但目前主流的操作系统仍为图形化的Windows，于是很多刚刚切换到Linux的用户出现了非常不适应其命令行的操作方式的情况。在此我就介绍几条比较基础的Linux命令帮助大家入门。1. man 对你熟悉或不熟悉的命令提供帮助解释eg:man ls 就可以查看ls相关的用法注：按q键或者ctrl+
2011-10-15 23:32:07
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原创 ubuntu中软件安装及卸载总结
离开windows开始使用ubuntu的新手们的碰到的第一个问题就是软件安装问题。通过网上搜索，发现有人说linux安装软件是安装到各个文件夹中的，这是根据其中每个文件夹的作用来确定的。比如/opt,（/bin）等。这个我目前还不是很清楚。这几天我又查了一下书，二进制文件确实是散落在各个文件夹下，如/usr/bin,/usr/local/bin还有/bin。我目前认为这是系统自带命令的所在
2011-10-14 20:48:49
7197
转载 在ubuntu下使用utorrent
这里不是使用wine来运行win下的ut，而是一种迷你ut具体如下前utorrnet发布的linux版还没有GUI界面，同时在ubuntu的软件包里也没有这款软件，因此需要一些步骤才能使用。1.首先，到官网上http://www.utorrent.com/intl/z
2011-05-13 13:48:00
784
空空如也
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