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RSS订阅转载 mac安装docker
Docker是一个跨平台的轻量级虚拟机，可移植性非常高，一次部署，终生可用。Docker可以在Linux,Windows,MacOS等平台上安装使用。我们都知道Linux有很多不同 的版本，例如Ubuntu，AIX，CentOS，Debian，Fedora，Oracle Linux，Red Hat Enterprise Linux，openSUSE and SUSE Linux Ente...
2018-11-14 14:57:00
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转载 Falcon安装
1 安装需要准备：(1)Python2.7.9下载地址：https://docs.continuum.io/anaconda/install(2)pypeFLOWhttps://github.com/pb-jchin/pypeFLOW(3)DAZZ_DBhttps://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git(4...
2018-01-09 19:04:00
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转载 Python 使用pymongo操作mongodb库
1，安装python3.5如果python还没有安装，可以直接用yum安装，[python]view plaincopy#不过安装的是2.6versionyuminstall-ypython源码安装3.5[python]view plaincopy...
2017-11-04 20:55:00
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转载 Linux下使用 virtualenv 虚拟独立 Python 环境
简介在开发不同的应用时，我们可能需要不同的 Python 版本，同时可能还需要处理包的依赖、版本和间接权限问题。在同系统中，要解决这些问题往往非常棘手。在 Python 的开发环境中，为解决这样的问题最常用的方法是使用virtualenv包。 Virtualenv 是一个用来创建独立的 Python 环境的包，就类似于一个沙箱，将开发运行环境与系统隔离开来。用 Virtual...
2017-10-11 17:21:00
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转载 falcon安装
简单的方法（在新目录中）：请确保您的默认python版本是2.7.9。export GIT_SYM_CACHE_DIR=~/.git-sym-cache # to speed things upgit clone git://github.com/PacificBiosciences/FALCON-integrate.gitcd FALCON-integrategit...
2017-10-09 16:15:00
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转载 bs4
1. Beautiful Soup的简介简单来说，Beautiful Soup是python的一个库，最主要的功能是从网页抓取数据。官方解释如下：Beautiful Soup提供一些简单的、python式的函数用来处理导航、搜索、修改分析树等功能。它是一个工具箱，通过解析文档为用户提供需要抓取的数据，因为简单，所以不需要多少代码就可以写出一个完整的应用程序。Beautif...
2017-10-04 20:28:00
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转载 drmaa 包
用于DRM作业提交和控制的python包。该软件包是DRMAA 1.0 Python语言绑定规范（http://www.ogf.org/documents/GFD.143.pdf）的实现。源托管在GitHub上：https://github.com/pygridtools/drmaa-python发行版的一封来自PyPI：https://pypi.python.org/pypi...
2017-09-30 15:13:00
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转载 非root用户安装rpm
能这样实现真的是天才啊，一直纠结怎么能用非root安装呢在centos下，普通用户是无法使用yum进行安装软件的。不过我们可以使用别的方法来安装centos仓库里大量经过测试的好软件第一步 从仓库里面下载rpm包，比如安装ctags ，通过命令yumdownloader ctags然后ctags的包文件就下载下来了，但是你用RPM命令同样无法把该包安装到系...
2017-09-28 10:26:00
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转载 BioNano生物纳米分子的“原始数据到完成装配和组装分析”管线与基于序列的基因组FASTA映射...
生物纳米分子的“原始数据到完成装配和组装分析”管线与基于序列的基因组FASTA映射您完成本实验以及示例数据集所需的所有脚本将按照以下说明复制到计算机。您应该按照以下说明，将米色代码块中的文本键入或粘贴到终端中。如果你不习惯命令行，用真实数据练习是最好的学习方式之一。注意：此管道旨在运行在具有576个内核（48x12核心Intel Xeon CPU），256GB RAM和Lin...
2017-09-23 17:08:00
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转载 BioNano数据的管道
BioNano数据的管道K-INBRE生物信息学核心为BioNano分子图或预组装的BioNano基因组图谱创建了易于使用的管道，用于多次常规的组装和/或对准实验。所有管道都有样本数据集和教程。管道从您从测绘设施收到的原始数据或汇编的基因组图谱中完成分析。在使用这些脚本之前，不需要命令行的体验。生物纳米分子的“原始数据到完成装配和组装分析”管线与基于序列的基因组FAS...
2017-09-23 17:06:00
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转载 web前端中文教程库
印记中文：https://www.docschina.org转载于:https://www.cnblogs.com/RandomRand/p/7418113.html
2017-08-23 14:48:00
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转载 三代基因组拼接软件--Falcon篇
Falcon是PacBio开发的一款用于三代基因组devono拼接软件，该软件支持PBS,SLURM,SGE,TORQE,LSF作业调度系统。大体的工作原理是将长reads分隔成指定大小模块，这些模块彼此间再相互比对，进行自我纠错以及查找重叠信息，然后再用olc算法进一步拼接生成contigs。原理简介：1.Raw sub-reads overlapping for er...
2017-08-23 11:09:00
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转载 使用ThreadPoolExecutor并行执行独立的单线程任务
Java SE 5.0中引入了任务执行框架，这是简化多线程程序设计开发的一大进步。使用这个框架可以方便地管理任务：管理任务的生命周期以及执行策略。在这篇文章中，我们通过一个简单的例子来展现这个框架所带来的灵活与简单。基础执行框架引入了Executor接口来管理任务的执行。Executor是一个用来提交Runnable任务的接口。这个接口将任务提交与任务执行隔离起来：拥有不同执...
2017-08-22 10:41:00
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转载 python中的计时器：timeit
timeit通常在一段程序的前后都用上time.time(),然后进行相减就可以得到一段程序的运行时间，不过python提供了更强大的计时库：timeit#导入timeit.timeitfrom timeit import timeit #看执行1000000次x=1的时间：timeit('x=1')#看x=1的执行时间，执行1次(num...
2017-08-22 10:24:00
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转载 Python教程
非常详细的教程https://www.w3cschool.cn/python/转载于:https://www.cnblogs.com/RandomRand/p/7405857.html
2017-08-21 17:55:00
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转载 三代测序组拼接组装工具Falcon
基因组装配工具Falcon工作流程1 Falcon简介Falcon (Fast Alignment and CONsensus)，是由PacBio(太平洋生物科技公司)新开发的二倍体基因组从头拼接组装工具，由HGAP（Hierarchical Genome Assembly Process）扩展而来，但拥有更快的拼接组装效率。Falcon的正常运行，需要DAZZ_DB模块用来构建序列...
2017-08-21 17:37:00
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转载 Falcon：三代reads比对组装工具箱
主页：github: PacificBiosciences/FALCON简介Falcon是一组通过快速比对长reads，从而来consensus和组装的工具。Falcon工具包是一组简单的代码集合，我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。为了提高计算速度，它有一些后台代码是使用C来实现的，为了方便一些简单的前端是用Python编写的。Falcon不...
2017-08-21 17:35:00
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转载 Linux中正则表达式与文件格式化处理命令(awk/grep/sed)
一.正则表达式1.1国际字符模式匹配或匹配模式的类名[:alnum:] : 0-9,A-Z,a-z[:alpha:] : A-Z,a-z[:upper:] : A-Z[:lower:] : a-z[:digit:] : 0-9[:space:] : 空格或tab键1.2基础正则表达式^word：待查找的字符串在行首。word$：待查找的字符串在行尾。.：代表一定有一个任...
2017-08-21 13:30:00
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转载 linux下的find文件查找命令与grep文件内容查找命令
在使用linux时，经常需要进行文件查找。其中查找的命令主要有find和grep。两个命令是有区的。 区别：(1)find命令是根据文件的属性进行查找，如文件名，文件大小，所有者，所属组，是否为空，访问时间，修改时间等。 (2)grep是根据文件的内容进行查找，会对文件的每一行按照给定的模式(patter)进行匹配查找。 一.find命令...
2017-08-21 13:28:00
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转载 Linux之awk命令详解
简介awk是一个强大的文本分析工具，相对于grep的查找，sed的编辑，awk在其对数据分析并生成报告时，显得尤为强大。简单来说awk就是把文件逐行的读入，以空格为默认分隔符将每行切片，切开的部分再进行各种分析处理。awk有3个不同版本: awk、nawk和gawk，未作特别说明，一般指gawk，gawk 是 AWK 的 GNU 版本。awk其名称得自于它的创始人 Alfre...
2017-08-21 13:28:00
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转载 linux sed命令详解
简介sed 是一种在线编辑器，它一次处理一行内容。处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”（pattern space），接着用sed命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。文件内容并没有 改变，除非你使用重定向存储输出。Sed主要用来自动编辑一个或多个文件；简化对文件的反复操作；编写转换程序等。...
2017-08-21 13:26:00
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转载 Linux执行.sh文件,提示No such file or directory的问题的解决方法
Linux执行.sh文件，提示No such file or directory的问题在window平台下，写好shell脚本文件，迁移到linux平台，赋过可执行权限，执行该sh文件，却提示No such file or directory。ls 了下，确实有该文件，怎么会事呢,难道是文件格式兼容性问题？用vim打开该sh文件，输入：[plain]:set ff回车，显示filefo...
2017-08-21 11:52:00
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转载 Shell脚本中计算字符串长度的5种方法及从文本获取某一行
有时在Linux操作系统中需要计算某个字符串的长度，通过查询资料整理了下目前Shell中获取字符串的长度的多种方法，在这里分享给大家，方法如下：方法1: 使用wc -L命令wc -L可以获取到当前行的长度，因此对于单独行的字符串可以用这个简单的方法获取，另外wc -l则是获取当前字符串内容的行数。代码如下:echo "abc" |wc -L方法2: expr len...
2017-08-21 11:04:00
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转载 fastq文件转化成fasta格式文件
方法1 awk'{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}'fastq>fasta方法2： awk'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}'fastq ...
2017-08-20 17:48:00
2229
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