如何批量把影像数据DICOM转化为nii.gz

批量把影像数据DICOM转化为nii.gz

准备

1.安装SimpleITK
ITK是一个功能很强大的医学图像处理公开库,这里直接pip install
2.文件夹存放格式
命名一个主文件夹，记住路径
第一层子文件夹为你需要转换的病例文件夹，第二层就直接是你的DIOCO M图像啦，如下所示：

代码如下

去博客设置页面，选择一款你喜欢的代码片高亮样式，下面展示同样高亮的 代码片.

// An highlighted block
import SimpleITK as sitk
import os

Path = '/home/deeplearning/PCA/' #DICOM存放的文件夹
for i in range(101):
	#文件个数，我这里是100个
    # "文件"+
    # os.path.exists(path) 判断文件是否存在 固定语法，记住就行
    # 定义一个变量判断文件是否存在,path指代路径,str(i)指代文件夹的名字
    # name+str(i+1)为拼接名称
    # str(i+1)1，2，3，...
    folderPath = os.path.join(Path+str(i+1))
    for folder in os.listdir(folderPath):
        imagePath = os.path.join(folderPath,folder) #dicom图片所在文件夹
        reader = sitk.ImageSeriesReader()
        dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(imagePath)
        reader.SetFileNames(dicom_names)
        image = reader.Execute()  #获取到文件
        sitk.WriteImage(image, folderPath + folder + '_image.nii.gz')
    print("完成")
 

谢谢

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