R环境变量设置

系统环境说明：linux
详细信息参考：?Startup()

1 环境变量

1.1 安装路径

R_HOME地址是定义在启动文件/usr/bin/R中的，因此不同于一般的环境变量设置（通过在profile文件内设置export R_HOME= ...，这是没有用的），要修改R_HOME只能在这些初始化文件内修改（下文中列举）。一个R session一旦运行，就只能通过如下命令查看R_HOME。获取当前R session 的R_HOME地址，如下两个命令都可以。

R.home(component = 'home')
Sys.getenv('R_HOME')

同样级别的环境变量还有：‘R_SHARE_DIR’, 'R_INCLUDE_DIR’以及‘R_DOC_DIR’。

1.2 包路径

在一堆应用级别的环境变量中，大概只有这个环境变量是有修改的必要的。

• 包的存放路径，‘R_LIBS_SITE’(系统级包目录), ‘R_LIBS_USER’（用户级包目录）

2 相关文件

2.1 读取过程

在R的启动过程中，首先执行的是设置环境变量的环境文件，其中包含的是各种环境变量的设置；其次执行的是配置文件，其中包含的是R代码，用于设置各种预先执行的R命令。所有文件执行的顺序为：

1. ‘R_HOME/etc/Renviron’
2. 如果没有设置’R_ENVIRON’，则执行’R_HOME/etc/Renviron.site’(命令行--no-environ忽略此启动文件)
3. 如果没有设置’R_ENVIRON_USER’，则执行’~/.Renviron’(命令行--no-environ忽略此启动文件)
4. 如果没有设置’R_PROFILE’，则执行’R_HOME/etc/Rprofile.site’(命令行--no-site-files忽略此启动文件)
5. 如果没有设置’R_PROFILE_USER’，则执行’~/.Rprofile’(命令行--no-init-file忽略此启动文件)

2.2 配置说明

设置环境变量的文件有三类

• ‘R_HOME/etc/Renviron.site’，不用管
• ‘R_HOME/etc/Renviron’，包含了除去上文提到的R_HOME等四个主文件目录以外所有环境变量的列表，可自行根据需求修改，不过也没啥好改的。
• ‘~/.Renviron’，这个文件天生是不存在的，如果要设置 ‘R_LIBS_USER’，当然是新建文件然后进行配置。

配置文件有两类

• ‘R_HOME/etc/Rprofile.site’，系统级的配置。
• ‘~/.Rprofile’，一样不是天生存在的，作用等同于Rprofile.site，但仅作用于当前用户。这里存放的都是R代码，存放一些在启动R session时需要预先执行的命令，比如加载包比如修改设置，eg：vim ~/.Rprofile 添加 options(prompt = '>-||->')效果如下：