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原创 TCGA新版数据count的下载及转换为tpm

我以前是直接下载小洁老师存在网盘中的tpm的Rdata，然后我发现我分析的LAML数据总共是151例样本，但是小洁老师不知道为什么漏了一例，只有150例。强迫病犯了，少一例不能忍，所以就自己下载TCGA官网的数据，并进行count到tpm的数据转换。总共是60660行基因，和我们TCGA下载的表达矩阵的的基因是一一对应的，如果数量不对，那后面的所有结果都会有偏差，因为tpm的计算涉及样本测序深度的标准化，需要用到样本所有基因count数求和进行标化。最近想重新进行免疫浸润计算，用的是TCGA的数据。

2023-07-18 17:15:53 3318 13

原创利用KEGGREST包提取所有代谢相关的基因

KEGG上的基因数量和通路数量都是不断更新的，所以KEGGREST包能提取的基因数量也在不断变化。我去年运行的时候总基因8192个，现在已经有8443个了，以后也会不断增加。KEGG官网上也有少量的代谢通路不以00开头，以01开头。数量太少，且不是重要的通路，所以我省略了。想要提取更全的基因基的朋友可以自己加上。写笔记主要是为了自己进步，也是方便自己查看。R语言新手，如有不对请指正。

2023-05-19 18:31:59 2091 6

原创 ggplot2绘制分组小提琴图并添加统计学显著性标识

ggplot2绘制分组小提琴图并添加统计学显著性标识

2022-12-20 23:34:28 4927 1

原创 CIBERSORT计算免疫细胞丰度

利用R语言，cibersort工具计算22种免疫细胞丰度

2022-12-19 20:58:41 2229

原创多个表达矩阵文件合并

多个表达矩阵文件合并

2022-11-30 17:23:22 1230 4

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TCGA新版数据count的下载及转换为tpm
2401_85751739: 2401_85751739 2401_85751739 回复 IWDET 1 秒前回复点赞更新了，有的数据集没有FPKM和tpm了
TCGA新版数据count的下载及转换为tpm
2401_85751739: 更新了，有的数据集没有FPKM和tpm了
多个表达矩阵文件合并
2401_84290535: 你好，博主。我想请问一下，如果geo数据集里raw中的count文件列数很多，列名是碱基对，行名是基因名，请问这个该怎么处理呀？
利用KEGGREST包提取所有代谢相关的基因
weixin_44335331: 使用了这个代码下载，与linux语言下载的结果相比，还是少了一定数量的基因。分享下载的代码：[code=plain] #下载kegg物种列表 # 获取species文件的第二列的第一个值 wget -c "http://rest.kegg.jp/list/organism" -O species d=$(awk '{print $2}' species | head -n 1) echo $d mkdir $d wget "http://rest.kegg.jp/list/pathway/$d" -O ./$d/map_pathway wget "http://rest.kegg.jp/list/$d" -O ./$d/gene_symbol wget "http://rest.kegg.jp/link/pathway/$d" -O ./$d/gene_map wget "http://rest.kegg.jp/link/pathway/$d" -O ./$d/gene_entrezid wget "https://www.genome.jp/kegg-bin/download_htext?htext=${d}00001.keg&format=htext&filedir=" -O ./$d/00001.keg | perl -e 'while(<>){chomp;if(/^D\s+(\w+)\s.*\t(\w+)\s+.*/){$g=$1;$ [/code]
利用KEGGREST包提取所有代谢相关的基因
weixin_44335331: 官网上可以爬取每个功能下的hsa编号

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