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原创 生信学习笔记(六)

bind_rows()函数,相当于base包里的cbind函数,需要两个数据框列数相同;使用library和require两个函数都可以,一般最常用的是library,而且加载R包也可以检查R包是否安装成功。比如输入:browseVignettes("dplyr"),你的默认浏览器会弹出来,但不是每个R包都有,可以自行探索。输入代码安装R包,常用的有两种方法(代码如下),安装过程中可能会问你要不要更新R包,一般选No,安装完成之后可以在旁边的Packages窗口搜索检查一下有没有安装好。

2025-12-29 13:44:19 533

原创 生信学习笔记(五)

再输入:z <- 1:11,表示向量z由1-11的整数组成。最后,保存一下代码,点击下图圈中的叉,然后save,保存到自己的工作目录中,命个名,比如My_first_code.R,R语言的脚本文件就是.R为后缀。(1)我们在工作目录下先新建一个txt文件(不知道工作目录看上一个学习笔记),自己可以命名,比如For_data_analysis.txt,然后按照下图输入,注意逗号是英文格式的。需要注意的是,每次输入“z <- ”时,这次的赋值会覆盖上一次的赋值,所有我们在实际分析中会对不同的赋值取不同的名字。

2025-12-27 15:48:24 769

原创 生信学习笔记(四)

我上千问查了一下,boxplot()是绘图函数,表示绘制箱线图,iris是R内置的一个鸢尾花相关的数据集,用来做示例用的,Sepal.Length代表鸢尾花萼片长度,Species表示鸢尾花种类,所以前面的内容就表示:画一个箱线图用来展示。就是说,不做改变的话,默认工作目录就在C盘,这肯定不行,所以得自己设置一下,比较麻烦的做法就是输入setwd("F:/R_data/02.Breast_cancer"),需要注意的是,这个目录必须是已经建好的才能设置,否则就要报错(我以前就用这种方法,不知道麻烦)。

2025-12-26 12:05:02 716

原创 生信学习笔记(三)

# 一、了解conda可以这么说,conda就是Linux的应用商店,90%以上的软件都能在其中搜到并一键安装。而我们的生信分析则使用Miniconda就可以。# 二、下载conda使用miniconda,在谷歌/必应搜索“miniconda 清华”,点击进入。进去之后下拉页面,找到Miniconda,右键点击下面的网址进入。找到最新的Linux版本的Miniconda,按照电脑的配置下载64位版本(x86_64)或32位版本(x86),右键复制下载链接。将conda下载到服务器上。打开xshell,进去之

2025-12-25 23:29:20 937

原创 生信学习笔记(二)

(6)vi New_data.txt 新建脚本或文本文档(vi是Linux中的文本编辑器),输入回车之后进入了文本编辑界面,电脑切换到英文输入法,点击i键,就可以开始编辑文本,编辑好了之后按Esc键退出编辑模式,在左下角输入“:x”(有的电脑可能要按住shift键才能输入),这样就保存文档并退出了。(8)cp New_data.txt Old_data.txt 意思是复制New_data.txt命名为Old_data.txt。(7)cat New_data.txt 查看并直接将文档内容输出到屏幕。

2025-12-23 23:23:19 326

原创 生信学习笔记(一)

02、找AI借力,写代码最好claude,综合实力看chatgpt,国产用deepseek,最近很火的阿里千问也可以用来试试,但尚未评测,先放在这里。01、清理windows电脑C盘空间:设置-搜索临时文件-删除文件(我释放了20G的空间)。

2025-12-04 20:56:50 237

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