snomed ct

SNOMED CT（Systematized Nomenclature of Medicine – Clinical Terms，医学系统命名法－临床术语，医学术语系统命名法－临床术语）

SNOMED CT包含四个主要核心组件：

SNOMED CT 中每个概念都存在唯一的标识，可以存在多种描述；同一概念的所有描述有关联。概念与概念之间通过层次关系彼此相连，同一概念可存在于多个层次中。关系还可应用于编码化的 SNOMED CT 数据的分组和归类。概念、关系和描述是 SNOMED CT 最基本的组成单元。


SNOMED CT是世界上最全面、多语言的临床医学术语产品，包含19个临床领域，超过32万个概念，在超过50个国家使用。SNOMED CT可以灵活支持不同的应用需求，SNOMED CT结构框架如下：

举个栗子：
概念有一个唯一的数字标识符（Concept ID），完全指定名称由概念名称和概念语义类型组成。Tuberculosis(disorder)----肺结核（紊乱）
（查一下在别的地方的意思）
关系：通过属性（关系）表达来源概念和目标概念之间的的关联关系。
主要讲解定义属性
（1）“|is a|关系”：174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |：116680003 | is a | = 80146002 | appendectomy | （腹腔镜阑尾紧急切除术是一种阑尾切除术）
（2）|概念模型属性|（Concept model attribute） ：|偏侧性|（Laterality） ，|操作部位|（Procedure site） ，|发现部位|（Finding site） ，|相关形态学|（Associated morphology）
“| Kidney disease | | is a | |Kidney finding| and | is a | |Disorder of abdomen | and | is a | |Disorder of body cavity | and | is a | |Disorder of kidney and/or ureter | and has | Finding site | |Kidney structure |” （肾疾病是一种肾脏临床表现、腹部疾病、体腔疾病、肾和（/或）输尿管疾病，其发生部位为肾脏）

每一种概念关系都通过特定的属性来表达， 形成 “概念 A+属性+概念 B” 的三元组结构。三元组结构不仅可以用来表达一个明确的临床事物，而且能够揭示出两个概念间语义关系的具体含义，三元组结构中的概念 B 实质是对概念 A 的属性进行赋值。

深挖概念

概念是否真的像我们之前讲的那样
当然是了，只不过概念内部更加复杂，需要我们深入的的挖掘
***概念***分为两个部分：先组概念和后组概念
为啥要那么复杂呢？？？？因为要保证临床事物能够被正确的描述呀！！！

既然后组概念那么好，那么他有没有什么表达规则？？
来了来了来了规则来了
具体表达规则如下：
（1）概念标识符是概念表达规则的基本组成单元。
（2）概念也可以用概念标识符联合概念名称的形式表达，概念名称首尾用“|”进行分隔。
（3）主体概念与关系概念之间用“： ”分隔。
（4）关系概念与客体概念之间用“=”分隔。
（5）主体概念可以来组配多个关系概念，关系概念与其他对应概念形成一个组合，各组合之间用“， ”分隔。
（6）关系概念划分为不同类型时，相同类型的关系概念以及其他对应的客体概念通过大括号“{}”来分隔。
（7）客体概念本身可通过后组概念来表达嵌套结构。
那么接下来来看看后组概念的具体作用吧~
1.表达相同含义的先组概念
例如“腹腔镜阑尾紧急切除术” （174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |）在 SNOMED CT 中为先组概
念，其包括阑尾切除、使用腹腔镜、紧急处理等方面，可通过定义属性描述其具体的含义：
174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |：116680003 | is a | = 80146002 | appendectomy | （腹腔镜阑尾紧急切除术是一种阑尾切除术）
174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |：260870009 | priority | = 25876001 | emergency | （腹腔镜阑尾紧急切除术适用于紧急情况）
174041007 | laparoscopic emergency appendectomy |：425391005 | using access device | = 86174004 | laparoscopic | （腹腔镜阑尾紧急切除术使用腹腔镜）
同时也可以通过其上位概念“阑尾切除术” （80146002 | appendectomy |）的后组合概念表达形式来等位表达：
80146002 | appendectomy | ：260870009 | priority | = 25876001 | emergency |， 425391005 | using access device | = 86174004 | laparoscopic | （紧急情况下进行的阑尾切除术&使用腹腔镜进行的阑尾切除术）
2.表达新概念
后组概念表达最主要的用途是标识 SNOMED CT 先组概念中不存在的概念，通过后组概念表达方式，就可以利用先组概念精确地表达含义更为具体得我概念。
举个栗子：SNOMED CT 没有先组概念“腹部腹腔镜拆除装置” （laparoscopic removal of device from abdomen） ，可采取后组概念表达方式。
通过先组概念“腹部拆除装置” （68526006 | removal of device from abdomen |）进行等价表达：
68526006 | removal of device from abdomen | ：425391005 | using access device | = 6174004 | laparoscope | （腹部拆除装置时使用腹腔镜）

数据下载

因为我们不是成员国俺也没有钱所以没有从官网下载，从伟大的凌老师那里得到SNOMED CT的数据
数据里面有什么？？
1.“Concept”文件，包含一组概念相关的文件；
2.“Relationship”文件，包含表示一组概念定义的分布范式推断视图的关系；
3.“Description”文件，包含一组描述，描述类型为同义词和完全指定的名称，这两种描述类型的最大字符长度都是 255 个字符；
4.“TextDefinition”文件，包含一组描述和描述类型，此描述类型的最大字符长度为 4096 个字符；
5.“StatedRelationship”文件，包含表示一组概念定义的声明视图的关系，这个文件很可能会被淘汰，取而代之的是一个包含更丰富的OWL 表示的概念定义的参考集；
6.“Identifier”文件，此文件不包含国际版中的任何数据行。

查看数据之前应该知道的事情
1.所有元数据概念都是顶层概念 “900000000000441003 | SNOMED CT Mode |（SNOMED CT 模型组件） ”的子类型后代。
2.在发表的文件中， 每个组件都有一个相关的 active 字段， 该字段可以接受 true （1） 或 false（0）的值。

概念、描述和关系的文件规范及处理

1. Concept表
该概念文件包含构成 SNOMED CT 的临床概念。概念由其完全指定的名称赋予含义，该名称在描述中包含。一个概念可以通过与关系中的其他概念相关联来区分或提炼。

SCTID：SNOMED CT Identifier，SNOMED CT 标识符

2. Description 表
描述包含描述 SNOMED CT 概念的描述。描述是用来给一个概念赋予意义，并当引用一个概念时，提供理解和标准的方式来。


3. Relationship 表
关系文件每行保存一个关系。每个关系都是特定类型的，并且有一个源概念和一个目标概念。
举个栗子：371883000 | Outpatient procedure | 116680003 | is a | 71388002 | Procedure |（门诊流程是一个程序） ，其中，371883000 | Outpatient procedure |（门诊流程）是源概念，116680003 | is a |是关系类型概念，71388002 | Procedure |是一个目标概念。


SNOMED CT 的 international 版本与 US 版本进行比较，可以发现，US 版本比international 版本多出了 7996 条概念和 19505 条术语。

4. 入库处理
以SNOMED CT 的international版本为例
dms_id：根据 concept表中的 effectiveTime 和 active 两列，筛选出最新的更新时间和 active 为 true（1）的作为所需要的主键
dms_ids：“dms_id”与 description 表中的 conceptId 列进行匹配，筛选出最新的更新时间和 active 为 true（1）description 的 id 列，将此 id 作为“dms_ids”中的除自身的 concept 外的另一 id 号
dms_name：在相同的 conceptId 号中，筛选 typeId 为 900000000000003001 | Fully specified name |（完全指定名称）的 term 作为“dms_name”
dms_synonym：typeId 为 900000000000013009 | synonym |（同义词）的 term 作“dms_synonym”
dms_ids_extend:“dms_ids_extend”与“dms_ids”一致
dms_synonym_extend:“dms_synonym_extend”与“dms_synonym”一致
relation:将 concept 与关系表中的 sourceId 列进行匹配，同样筛选出最新的更新时间和 active 为 true（1）的 destinationId 和 typeId。每一横行表示一种关系，将每一横行的这种关系分别列入“relation”中，标清 sourceId、destinationId 和typeId。
此外，由于| Is a |关系比较重要，我们将其再单独列出，存在“Is a”字段中。筛选出“relation”字段中 typeId 为 116680003 | is a |的 destinationId 存储于“Is a”字段中

鉴于“dms_ids”中存储的除“conceptId”外还包含有“descriptionId”，所以，将descriptionId 也作为一个“dms_id”进行录入。在“dms_ids”中把自身和对应的“conceptId”放进去，“dms_ids_extend”与“dms_ids”中内容一致。将此“descriptionId”对应的 term 存储在“dms_name”，“dms_synonym”和“dms_synonym_extend”中。
为了便于查看，在最后添加“concept”字段，将与录入的“descriptionId”对应的“conceptId”录入。

SNOMED CT应用领域

SNOMED CT通过提供语义丰富的临床术语来满足各种应用需求。
电子病历：SNOMED CT作为术语词典支持电子病历后结构化处理和存储、辅助医生医嘱录入、语义检索。
临床决策支持：辅助生成诊断方案、创建医疗警报，如药物过敏等供医生临床诊断。
医疗数据互操作：SNOMED CT作为编码系统应用于各医疗机构，促进医疗数据互操作。
统计分析：基于SNOMED CT语义丰富的临床概念及多层级结构提供更准确的统计分析报告。

SNOMED CT的受益对象

SNOMED CT在医疗领域的不同应用，医疗领域的各个参与者都是受益者。
患者：标准化并共享个人健康档案及电子病历，减少重复检查和治疗，提高个人诊疗效果。
民众：通过数据共享提高民众疾病监测水平及疾病预防能力。
临床医生：辅助医生临床诊断，减少误诊情况。
医疗机构：优化医疗机构资源分配。
政府及研究机构：基于SNOMED CT提供更精确统计分析报告及研究报告。