神经元swc文件读取

文件格式

Index	Type	X	Y	Z	Radius	Parent
1	1	0.0	0.0	0.0	1.0	-1
2	3	0.1	0.2	0.3	1.0	1
int	int	float	float	float	float	int
…	…	…	…	…	…	…

基本结构定义

节点定义

每个节点表示swc文件中的一行，包含了一行中的所有信息，如Index，Type，坐标，半径，父节点

class Point:
    def __init__(self,point):
        self.parentIndex=-1
        self.children=[]
        self.parent=None
        self.index=int(point[0])
        self.type=int(point[1])
        self.x=point[2]
        self.y=point[3]
        self.z=point[4]
        self.ratio=point[5]
        self.parentIndex=int(point[6])
        self.children=[]
        self.xyz=[np.float32(point[2]),np.float32(point[3]),np.float32(point[4])]
    def __str__(self):
        return str(self.index)+","+str(self.type)+","+str(self.x)+","+\
        str(self.y)+","+str(self.z)+","+str(self.ratio)+","+str(self.parentIndex)
        

边/分支定义

每个边/分支包含上图中多个顶点，如节点12和14构成一个小分支，节点12和13也构成一个小分支，节点2、3、4也构成一个稍长一点的分支。这些分支中需要定义的属性主要是点的信息，以及parent-父节点，children-子节点，同时为了方便后续分析等，可以增加一些其他属性如长度、角度、order等信息。

class Edge:
    def __init__(self,point=None):
        if point is None:
            self.data=[]
        else:
            self.data=[point]
        self.order=-1
        self.angle=0
        self.maxDepth=-1
        self.maxLength=-1
        self.children=[]
        self.parent=None
        self.len=0
    def addPoint(self,point):
        self.data.append(point)
    def getLength(self):
        if self.len==0:
            for i in range(len(self.data)-1):
                self.len+=np.linalg.norm(np.array(self.data[i].xyz)-np.array(self.data[i+1].xyz))
        return self.len
        

树结构定义

树结构定义了神经元层面的基本信息如所有分支、所有点、所有terminal等属