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原创 过客的心
人生就像一班长途列车，自己是列车上的乘客。面对那样的没有，有时近在眼前，让人心动不已，转身却发现自己只是个过客；有时驶的太快，甚至没有好好体会的机会；有时黑暗让你错过。。。过客的伤，谁来理解
2012-05-14 17:25:52
560
转载 vmvare 配置
原创作品，允许转载，转载时请务必以超链接形式标明文章 原始出处 、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。http://deidara.blog.51cto.com/400447/97948 相信有不少在linux下玩vmware的朋友遇到了，安装的linux系统时间过慢的问题吧，我在虚拟机下安装的是ubuntu运行了几天发现时间居然慢了那么多，第一想到的是用ntpdate每5分钟更新一次时间，后来想想，应该vmware有解决问题的办法吧，然后就去他官方晃荡了
2010-12-03 10:15:00
977
转载 配置文件列表
<br />配置文件是Red Hat Linux管理的一个主要内容.为特定计算机进行的设置,包括用户帐号,网络地址或GUI属性,都保存在纯文本中.<br /> 一般情况下,Red Hat Linux系统的配置文件被保存在几个地方,下面是几个主要的地方:<br /><br /> 1.$HOME:所有的用户都把信息保存在他们的主目录下,该目录可指导他们的登录帐号操作.大多数的配置文件都用圆点(.)开始,因次使用标准的ls 命令(需要键入ls -a查看它), 配置文件不出现在用户的目录中.有定义用户shell
2010-11-05 11:07:00
1247
转载 clustalw算法
CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice.<br />Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins* and Toby J. Gibson** <br /> European Molecular
2010-09-08 15:52:00
5196
转载 clustalw算法
CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice.<br />Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins* and Toby J. Gibson** <br /> European Molecular
2010-09-08 15:51:00
1784
转载 vi配置
配置文件路径：/etc/vim/vimrc syn on ;语法高亮 set tabstop=4 ;tab宽度 set shiftwidth=4 ;换行缩进宽度 set backspace=2 ;设置退格可用 set incsearch ;搜索自动补全 set ai! ;设置自动缩进 set nu!
2010-08-12 14:20:00
805
转载 awk 手册
<br />什么是awk? <br /><br />你可能对UNIX比较熟悉，但你可能对awk很陌生，这一点也不奇怪，的确，与其优秀的功能相比，awk还远没达到它应有的知名度。awk是什么？与其它大多数UNIX命令不同的是，从名字上看，我们不可能知道awk的功能：它既不是具有独立意义的英文单词，也不是几个相关单词的缩写。事实上，awk是三个人名的缩写，他们是：Aho、(Peter)Weinberg和(Brain)Kernighan。正是这三个人创造了awk---一个优秀的样式扫描与处理工具。 <br /><
2010-08-12 12:03:00
891
转载 shell 特殊变量
<br />表格 B-1. 特殊的shell变量<br />变量含义$0脚本名字$1位置参数 #1$2 - $9位置参数 #2 - #9${10}位置参数 #10$#位置参数的个数"$*"所有的位置参数(作为单个字符串) *"$@"所有的位置参数(每个都作为独立的字符串)${#*}传递到脚本中的命令行参数的个数${#@}传递到脚本中的命令行参数的个数$?返回值$$脚本的进程ID(PID)$-传递到脚本中的标志(使用set)$_之前命令的最后一个参数$!运行在后台的最后一个作业的进程ID(PID)<br />
2010-08-12 11:09:00
8771
2
转载 通常使用的 rc 和 .（点）文件
<br /> ~/.bash_login<br /><br /> 请参考“man bash”。如果 ~/.bash_profile 不存在，bash 则将 ~/.bash_login 作为 ~/.bash_profile 处理。<br /><br /> ~/.bash_logout<br /><br /> 请参考“man bash”。在退出时由 bash 登录 shell 引用。<br /><br /> ~/.bash_profile<br /><br /> 由 bash 登录 shell 引用
2010-08-10 14:53:00
906
转载 环境变量
Linux是一个多用户的操作系统。每个用户登录系统后，都会有一个专用的运行环境。通常每个用户默认的环境都是相同的，这个默认环境实际上就是一组环境变量的定义。用户可以对自己的运行环境进行定制，其方法就是修改相应的系统环境变量。 常见的环境变量 对于PATH和HOME等环境变量大家都不陌生。除此之外，还有下面一些常见环境变量。 ◆ HISTSIZE是指保存历史命令记录的条数。 ◆ LOGNAME是指当前用户的登录名。 ◆ HOSTNAME是指主机的名称，许多应用程序如果要
2010-08-10 14:40:00
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转载 shell 特殊变量
<br />Bash shell中的位置参数$#,$*,$@,$0,$1,$2...及特殊参数$?,$-等的含义<br />在Bash shell中经常会见到一些比较特殊的符号，本人现收集与此，以供查阅：<br />位置参数：<br />详见ABS(Advanced Bash Shell)中文翻译版103页第9章第一节内部变量，当然英文版ABS都一样啦<br />$0, $1, $2,等等...<br />位置参数,从命令行传递给脚本,或者是传递给函数.或者赋职给一个变量.<br />(具体见Example
2010-07-27 10:00:00
791
原创 maq格式
map格式： read name, chromosome, position, strand, insert size from the outer coorniates of a pair, paired flag, mapping quality, single-end mapping quality, alternative mapping quality, numbe
2010-07-14 18:10:00
1389
原创 网址地址收藏
<br />linux 常用c函数：http://net.pku.edu.cn/~yhf/linux_c/<br />perl 教程：http://www.itlearner.com/code/perl/index.htm
2010-07-06 12:25:00
1669
原创 sv
Structural variants (SVs) in the human genome (Iafrate et al. 2004; Sebat et al. 2004; Feuk et al. 2006a), including copy number variants (CNVs) and balanced rearrangements such as inversions and translocations, play an important role in the genetics of co
2010-07-05 09:42:00
840
转载 rsync
rsync参数详解2007/06/02 7:22 A.M.选项说明<br /><br />-v, --verbose 详细模式输出 <br />-q, --quiet 精简输出模式 <br />-c, --checksum 打开校验开关，强制对文件传输进行校验 <br />-a, --archive 归档模式，表示以递归方式传输文件，并保持所有文件属性，等于-rlptgoD <br />-r, --recursive 对子目录以递归模式处理 <br />-R, --relative 使用相对路径信息<br
2010-06-24 16:16:00
675
1
转载 tar
用 $gunzip -dc file.tar.gz | tar tf - 可以看包里面的文件 然后用 $gunzip -dc file.tar.gz | tar xf - file1 file2 其中file1 file2是你要解出来的文件。这个方法因为用的是stdout和pipe, 不需要占用多少的临时磁盘空间
2010-06-23 16:35:00
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转载 后台运行
在Linux中，如果要让进程在后台运行，一般情况下，我们在命令后面加上&即可，实际上，这样是将命令放入到一个作业队列中了： $ ./test.sh & [1] 17208 $ jobs -l [1]+ 17208 Running ./test.sh & 对于已经在前台执行的命令，也可以重新放到后台执行，首先按ctrl+z暂停已经运行的进程，然后使用bg命令将停止的作业放到后台运行：
2010-05-05 20:35:00
654
转载 gff
gff格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，比如序列的那里到那里是基因，已经成为序列注释的通用格式，比如基因组的基因预测，许多软件都支持输入或者输出gff格式。目前格式定义的最新版本是版本3。原始定义见SONG websitegff是存文本文件，由tab键隔开的9列组成，以下是各列的说明：Column 1: “seqid”序
2010-04-27 14:07:00
4759
转载 LINUX各种压缩
解压其中某个文件： gunzip -dc ***.tar.gz | tar xf - file1 file2对于刚刚接触Linux的人来说，一定会给Linux下一大堆各式各样的文件名给搞晕。别个不说，单单就压缩文件为例，我们知道在Windows下最常见的压缩文件就只有两种，一是,zip，另一个是.rar。可是Linux就不同了，它有.gz、.tar.gz、tgz、bz
2010-04-27 09:02:00
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转载 linux bzip2 命令详解
功能说明：.bz2文件的压缩程序。语 法：bzip2 [-cdfhkLstvVz][--repetitive-best][--repetitive-fast][- 压缩等级][要压缩的文件]补充说明：bzip2采用新的压缩演算法，压缩效果比传统的LZ77/LZ78压缩演算法来得好。若没有加上任何参数，bzip2压缩完文件后会产生.bz2的压缩文件，并删除原始的文件。参 数： -c或--stdo
2010-04-27 08:46:00
915
原创 perl位操作
另外就是位操作符了，和c一摸一样。 位与：& 位或：| 位非：~ 位异或：^ 左移：$x > 2 注：不要将&用于负整数，因为PERL将会把它们转化为无符号数。
2010-04-21 11:17:00
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原创 perl的有用内置模块
下面是库中最有用的一些模块： integer使用整数运算Diagnostics 输出较多的诊断信息（警告）English允许英文名用作系统变量的别名Env导入环境变量的Perl模块POSIXPOSIX标准（IEEE 1003.1）的Perl接口 Socket
2010-04-20 15:56:00
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原创 perl的特殊用法
一：$line连接： $line .="F_1";$line .="F_2";$line .="F_3";#那么$line就是三者的联合二：后台运行程序。 perl mytest.pl & &符号就表示此命令在后台执行。
2010-04-19 12:50:00
660
转载 ls参数大全
只列出目录下的目录：ls -F | grep "/"不显示目录下的子项：ls -d -a 列出目录下的所有文件，包括以 . 开头的隐含文件。 -b 把文件名中不可输出的字符用反斜杠加字符编号(就象在C语言里一样)的形式列出。 -c 输出文件的 i 节点的修改时间，并以此排序。 -d 将目录象文件一样显示，而不是显示其下的文件。 -e 输出时间的全部信息，而不是输出简略信息。
2010-04-10 15:37:00
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转载 Perl特殊变量 收藏
1 $-（$FORMAT_NAME） 当前页可打印的行数,属于Perl格式系统的一部分 2 $! 根据上下文内容返回错误号或者错误串 3 $”($LIST_SEPAPATOR) 列表分隔符 4 $# 打印数字时默认的数字输出格式 5 $$ Perl解释器的进程ID 6 $%（$FORMAT_
2010-04-07 10:40:00
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原创 文件读写常用操作
**************************************1.如果有目录必须先建目录，然后open文件二：指定读写权限 打开一个既可读又可写的文件方法是在文件名前加上"+>"，如下： open (READWRITE, "+>file1"); 此语句打开既可读又可写的文件file1，即可以重写其中的内容。文件读写操作最好与库函数seek和tell一起使用，这
2010-04-06 09:40:00
571
原创 函数
********************************************1。改变字符大小写 uc：大些所有字符。ex：uc（"liumm"）；/U和/E: 例如："jkj/Uljsjkjsjf/Edlsjf";将中间/U和/E间的字符 lc：小写字符串/L和/E: 例如："jkj/LSDFSAFA/Edlsjf";将中间/U和/E间的字符小写
2010-04-05 16:41:00
580
原创 控制流程
last：跳出循环next：跳到下一条redo：跳到本次循环开始处，重新执行 if():unless()：与if相反while()until()：与while相反
2010-04-05 16:20:00
490
原创 perl特殊变量（待续）
:标准输入。$0:perl文件名称localtime:时间《星期 月 日 时：分：秒 年》@INC：默认的函数库搜索路径@ARGV：@_：
2010-04-05 16:11:00
561
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