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原创 私人必备知识

Docker学习

2014-09-18 15:37:24 597

转载 printf格式

http://zhidao.baidu.com/question/241084677.html

2012-07-03 17:06:50 603

原创 过客的心

人生就像一班长途列车,自己是列车上的乘客。面对那样的没有,有时近在眼前,让人心动不已,转身却发现自己只是个过客;有时驶的太快,甚至没有好好体会的机会;有时黑暗让你错过。。。过客的伤,谁来理解

2012-05-14 17:25:52 560

转载 vmvare 配置

原创作品,允许转载,转载时请务必以超链接形式标明文章 原始出处 、作者信息和本声明。否则将追究法律责任。http://deidara.blog.51cto.com/400447/97948    相信有不少在linux下玩vmware的朋友遇到了,安装的linux系统时间过慢的问题吧,我在虚拟机下安装的是ubuntu运行了几天发现时间居然慢了那么多,第一想到的是用ntpdate每5分钟更新一次时间,后来想想,应该vmware有解决问题的办法吧,然后就去他官方晃荡了

2010-12-03 10:15:00 977

转载 配置文件列表

<br />配置文件是Red Hat Linux管理的一个主要内容.为特定计算机进行的设置,包括用户帐号,网络地址或GUI属性,都保存在纯文本中.<br />  一般情况下,Red Hat Linux系统的配置文件被保存在几个地方,下面是几个主要的地方:<br /><br />  1.$HOME:所有的用户都把信息保存在他们的主目录下,该目录可指导他们的登录帐号操作.大多数的配置文件都用圆点(.)开始,因次使用标准的ls 命令(需要键入ls -a查看它), 配置文件不出现在用户的目录中.有定义用户shell

2010-11-05 11:07:00 1247

转载 clustalw算法

CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice.<br />Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins* and Toby J. Gibson** <br /> European Molecular

2010-09-08 15:52:00 5196

转载 clustalw算法

CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice.<br />Julie D. Thompson, Desmond G. Higgins* and Toby J. Gibson** <br /> European Molecular

2010-09-08 15:51:00 1784

转载 vi配置

配置文件路径:/etc/vim/vimrc  syn on                    ;语法高亮  set tabstop=4             ;tab宽度  set shiftwidth=4          ;换行缩进宽度  set backspace=2           ;设置退格可用  set incsearch             ;搜索自动补全  set ai!                   ;设置自动缩进  set nu!                  

2010-08-12 14:20:00 805

转载 awk 手册

<br />什么是awk? <br /><br />你可能对UNIX比较熟悉,但你可能对awk很陌生,这一点也不奇怪,的确,与其优秀的功能相比,awk还远没达到它应有的知名度。awk是什么?与其它大多数UNIX命令不同的是,从名字上看,我们不可能知道awk的功能:它既不是具有独立意义的英文单词,也不是几个相关单词的缩写。事实上,awk是三个人名的缩写,他们是:Aho、(Peter)Weinberg和(Brain)Kernighan。正是这三个人创造了awk---一个优秀的样式扫描与处理工具。 <br /><

2010-08-12 12:03:00 891

转载 shell 特殊变量

<br />表格 B-1. 特殊的shell变量<br />变量含义$0脚本名字$1位置参数 #1$2 - $9位置参数 #2 - #9${10}位置参数 #10$#位置参数的个数"$*"所有的位置参数(作为单个字符串) *"$@"所有的位置参数(每个都作为独立的字符串)${#*}传递到脚本中的命令行参数的个数${#@}传递到脚本中的命令行参数的个数$?返回值$$脚本的进程ID(PID)$-传递到脚本中的标志(使用set)$_之前命令的最后一个参数$!运行在后台的最后一个作业的进程ID(PID)<br />

2010-08-12 11:09:00 8771 2

转载 通常使用的 rc 和 .(点)文件

<br />  ~/.bash_login<br /><br />  请参考“man bash”。如果 ~/.bash_profile 不存在,bash 则将 ~/.bash_login 作为 ~/.bash_profile 处理。<br /><br />  ~/.bash_logout<br /><br />  请参考“man bash”。在退出时由 bash 登录 shell 引用。<br /><br />  ~/.bash_profile<br /><br />  由 bash 登录 shell 引用

2010-08-10 14:53:00 906

转载 环境变量

Linux是一个多用户的操作系统。每个用户登录系统后,都会有一个专用的运行环境。通常每个用户默认的环境都是相同的,这个默认环境实际上就是一组环境变量的定义。用户可以对自己的运行环境进行定制,其方法就是修改相应的系统环境变量。 常见的环境变量 对于PATH和HOME等环境变量大家都不陌生。除此之外,还有下面一些常见环境变量。 ◆ HISTSIZE是指保存历史命令记录的条数。 ◆ LOGNAME是指当前用户的登录名。 ◆ HOSTNAME是指主机的名称,许多应用程序如果要

2010-08-10 14:40:00 688

转载 shell 特殊变量

<br />Bash shell中的位置参数$#,$*,$@,$0,$1,$2...及特殊参数$?,$-等的含义<br />在Bash shell中经常会见到一些比较特殊的符号,本人现收集与此,以供查阅:<br />位置参数:<br />详见ABS(Advanced Bash Shell)中文翻译版103页第9章第一节内部变量,当然英文版ABS都一样啦<br />$0, $1, $2,等等...<br />位置参数,从命令行传递给脚本,或者是传递给函数.或者赋职给一个变量.<br />(具体见Example

2010-07-27 10:00:00 791

原创 maq格式

map格式:       read name,       chromosome,       position,        strand,        insert size from the outer coorniates of a pair,        paired flag,        mapping quality,        single-end mapping quality,        alternative mapping quality,        numbe

2010-07-14 18:10:00 1389

原创 网址地址收藏

<br />linux 常用c函数:http://net.pku.edu.cn/~yhf/linux_c/<br />perl 教程:http://www.itlearner.com/code/perl/index.htm

2010-07-06 12:25:00 1669

原创 sv

Structural variants (SVs) in the human genome (Iafrate et al. 2004; Sebat et al. 2004; Feuk et al. 2006a), including copy number variants (CNVs) and balanced rearrangements such as inversions and translocations, play an important role in the genetics of co

2010-07-05 09:42:00 840

转载 rsync

rsync参数详解2007/06/02 7:22 A.M.选项说明<br /><br />-v, --verbose 详细模式输出 <br />-q, --quiet 精简输出模式 <br />-c, --checksum 打开校验开关,强制对文件传输进行校验 <br />-a, --archive 归档模式,表示以递归方式传输文件,并保持所有文件属性,等于-rlptgoD <br />-r, --recursive 对子目录以递归模式处理 <br />-R, --relative 使用相对路径信息<br

2010-06-24 16:16:00 675 1

转载 tar

 用  $gunzip -dc file.tar.gz | tar tf -  可以看包里面的文件  然后用  $gunzip -dc file.tar.gz | tar xf - file1 file2  其中file1 file2是你要解出来的文件。这个方法因为用的是stdout和pipe, 不需要占用多少的临时磁盘空间

2010-06-23 16:35:00 557

原创 查找与替换

:1,   $   s/aa/kk/g     全局替换从第一行到最后一行 :1,   10   s/aa/kk/g   全局替换从第一行到第10行

2010-05-30 19:45:00 750

转载 后台运行

在Linux中,如果要让进程在后台运行,一般情况下,我们在命令后面加上&即可,实际上,这样是将命令放入到一个作业队列中了: $ ./test.sh & [1] 17208 $ jobs -l [1]+ 17208 Running ./test.sh & 对于已经在前台执行的命令,也可以重新放到后台执行,首先按ctrl+z暂停已经运行的进程,然后使用bg命令将停止的作业放到后台运行:

2010-05-05 20:35:00 654

转载 gff

gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,比如序列的那里到那里是基因,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多软件都支持输入或者输出gff格式。目前格式定义的最新版本是版本3。原始定义见SONG websitegff是存文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明:Column 1: “seqid”序

2010-04-27 14:07:00 4759

转载 LINUX各种压缩

解压其中某个文件:  gunzip -dc ***.tar.gz | tar xf - file1 file2对于刚刚接触Linux的人来说,一定会给Linux下一大堆各式各样的文件名给搞晕。别个不说,单单就压缩文件为例,我们知道在Windows下最常见的压缩文件就只有两种,一是,zip,另一个是.rar。可是Linux就不同了,它有.gz、.tar.gz、tgz、bz

2010-04-27 09:02:00 683

转载 linux bzip2 命令详解

功能说明:.bz2文件的压缩程序。语  法:bzip2 [-cdfhkLstvVz][--repetitive-best][--repetitive-fast][- 压缩等级][要压缩的文件]补充说明:bzip2采用新的压缩演算法,压缩效果比传统的LZ77/LZ78压缩演算法来得好。若没有加上任何参数,bzip2压缩完文件后会产生.bz2的压缩文件,并删除原始的文件。参  数: -c或--stdo

2010-04-27 08:46:00 915

原创 perl位操作

另外就是位操作符了,和c一摸一样。  位与:& 位或:| 位非:~ 位异或:^ 左移:$x > 2   注:不要将&用于负整数,因为PERL将会把它们转化为无符号数。

2010-04-21 11:17:00 4339 1

原创 perl的有用内置模块

 下面是库中最有用的一些模块:               integer使用整数运算Diagnostics   输出较多的诊断信息(警告)English允许英文名用作系统变量的别名Env导入环境变量的Perl模块POSIXPOSIX标准(IEEE 1003.1)的Perl接口   Socket

2010-04-20 15:56:00 1215

原创 perl的特殊用法

一:$line连接:              $line .="F_1";$line .="F_2";$line .="F_3";#那么$line就是三者的联合二:后台运行程序。             perl   mytest.pl   &                &符号就表示此命令在后台执行。

2010-04-19 12:50:00 660

转载 ls参数大全

只列出目录下的目录:ls -F | grep "/"不显示目录下的子项:ls -d -a 列出目录下的所有文件,包括以 . 开头的隐含文件。  -b 把文件名中不可输出的字符用反斜杠加字符编号(就象在C语言里一样)的形式列出。  -c 输出文件的 i 节点的修改时间,并以此排序。  -d 将目录象文件一样显示,而不是显示其下的文件。  -e 输出时间的全部信息,而不是输出简略信息。  

2010-04-10 15:37:00 697

转载 Perl特殊变量 收藏

     1   $-($FORMAT_NAME)   当前页可打印的行数,属于Perl格式系统的一部分   2   $!     根据上下文内容返回错误号或者错误串   3   $”($LIST_SEPAPATOR)  列表分隔符   4   $#     打印数字时默认的数字输出格式   5   $$     Perl解释器的进程ID   6   $%($FORMAT_

2010-04-07 10:40:00 601

原创 文件读写常用操作

**************************************1.如果有目录必须先建目录,然后open文件二:指定读写权限    打开一个既可读又可写的文件方法是在文件名前加上"+>",如下:     open (READWRITE, "+>file1");    此语句打开既可读又可写的文件file1,即可以重写其中的内容。文件读写操作最好与库函数seek和tell一起使用,这

2010-04-06 09:40:00 571

原创 函数

********************************************1。改变字符大小写  uc:大些所有字符。ex:uc("liumm");/U和/E:  例如:"jkj/Uljsjkjsjf/Edlsjf";将中间/U和/E间的字符  lc:小写字符串/L和/E:  例如:"jkj/LSDFSAFA/Edlsjf";将中间/U和/E间的字符小写

2010-04-05 16:41:00 580

原创 控制流程

last:跳出循环next:跳到下一条redo:跳到本次循环开始处,重新执行  if():unless():与if相反while()until():与while相反 

2010-04-05 16:20:00 490

原创 perl特殊变量(待续)

:标准输入。$0:perl文件名称localtime:时间《星期 月 日 时:分:秒 年》@INC:默认的函数库搜索路径@ARGV:@_:  

2010-04-05 16:11:00 561

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