拟合SIR模型参数的实用指南
什么是SIR模型?
SIR模型是一种用于研究传染病扩散过程的模型。该模型将人群分为三类:易感染者(Susceptible)、感染者(Infected)和康复者(Recovered)。其中,易感染者可以被感染者传染,感染者可以通过接触易感染者传染病毒,康复者则不再对病毒具有传染性。通过建立SIR模型,我们可以研究疾病在人群中的传播方式,推断出传染性疾病的传播规律和预测疫情走势。
如何拟合SIR模型参数?
拟合SIR模型参数需要用到数学模型和统计学方法。常见的统计学方法有最小二乘法、最大似然估计法等。这两种方法都可以用来拟合SIR模型参数,其中最大似然估计法更为常用。
最小二乘法
最小二乘法是数学上一种常用的参数估计方法,该方法通过对最小化残差平方和,寻找一种最佳拟合函数,使得对于给定的一组数据,该函数与原数据的误差最小。
最大似然估计法
最大似然估计法是一种优化方法,其基本思想是在给定一定的数据前提下,找到最符合该数据的模型参数。在拟合SIR模型参数时,最大似然估计法常用于最大化似然函数值,进而求出参数的最优估计值。
Python拟合SIR模型参数的实现
Python是一种广泛使用于科学计算与数据分析领域的编程语言,其强大的数据处理及可视化能力,使其成为拟合SIR模型参数的常见工具。下面将介绍在Python中如何拟合SIR模型参数。
数据准备
在拟合SIR模型参数前,我们需要准备一组关于被感染人数、康复人数和易感染人数的数据。在这里,我们使用COVID-19的数据作为例子。首先,我们需要使用pandas库读取数据:
import pandas as pd
data = pd.read_csv('covid_data.csv')
数据的格式如下所示:
Date | Confirmed | Recovered | Deaths | Active |
---|---|---|---|---|
2020/1/22 | 555 | 28 | 17 | 510 |
2020/1/23 | 653 | 30 | 18 | 605 |
… | … | … | … | … |
2021/3/22 | 123456 | 78900 | 2345 | 42511 |
其中,Confirmed表示被感染人数,Recovered表示康复人数,Deaths表示死亡人数,Active表示当前活跃