蛋白质PDB文件解析+建图(biopython+DGL)
PDB文件设计得非常好,能够比较完整地记录实验测定数据从蛋白质结构来看,首先它会有多种不同的测定模型,然后每个模型中包含多条链,每条连上包含若干个残基,每个残基包含若干个原子在biopython.PDB包中可以找到这些概念对应的模块:model、chain、residue、atom首先用PDBParser读取文件,获得structurestruct内部的一层结构是model,我们只取第一个model然后就可以用循环遍历chains、residues、atoms。
原创
2024-05-03 21:01:13 ·
823 阅读 ·
0 评论