26、新型测序算法与RNA动力学分析方法

新型测序算法与RNA动力学分析方法

在生物信息学领域，肽段从头测序和RNA动力学分析是两个重要的研究方向。本文将介绍一种新的肽段从头测序算法DeNovoΔ及其拓展，以及一种用于分析RNA动力学的算法StreAM -Tg。

肽段从头测序算法

DeNovoΔ算法

DeNovoΔ是一种用于肽段从头测序的动态规划算法，其核心代码如下：

T[v, (a, b)] ←−∞ for all (a, b) ∈E and v ∈V
T[0, (0, 0)] ← 2
for v ∈V in ascending order do
    foreach (a, b) ∈E with T[v, (a, b)] ̸= −∞ in ascend. order of a and b do
        foreach (v, w) ∈E with w + b ≤M do
            if w ≤b then
                T[w, (a, b)] ← max{T[w, (a, b)], T[v, (a, b)]+gain((v, w), (a, b))}
            else
                T[b, (v, w)] ← max{T[b, (v, w)], T[v, (a, b)]+gain((v, w), (a, b))}
            end
        end
    end
end

该算法的时间复杂度为$O (|V | · |E| · d · p)$，其中$d$是图$G$中顶点的最大出度，$p$是边标