AI4S - 开源 OpenFold: 蛋白质结构预测的 HHSearch 搜索 Template 教程(12)

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/
本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/132888139

免责声明：本文来源于个人知识与开源资料，仅用于学术交流，不包含任何商业技术，欢迎相互学习，不支持转载。

---

HHsearch 是基于 HMM-HMM 比较的算法实现的搜索工具，可以用来检测蛋白质的远缘同源性，生成高质量的序列比对，用于同源建模和功能预测。优点是可以利用蛋白质序列的共进化信息，提高搜索的灵敏度和准确度。还可以使用多种结构域数据库进行搜索，包括PDB、SCOP、Pfam等，增加了搜索的覆盖度和多样性。

在 AlphaFold 中，HHsearch 用于模版搜索，搜索 PDB70 库。有时，仅有 MSA