2018年05月_ElminsterAumar

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原创 MXNet/Gluon 中网络和参数的存取方式

Gluon是MXNet的高层封装，网络设计简单易用，与Keras类似。随着深度学习技术的普及，类似于Gluon这种，高层封装的深度学习框架，被越来越多的开发者接受和使用。在开发深度学习算法时，必然会涉及到网络（symbol）和参数（params）的存储与加载，Gluon模型的存取接口，与MXNet略有不同。在MXNet体系中，网络与参数是分离的，这样的设计，有利于迁移学习（Transfer...

2018-05-29 11:30:38 7686

原创 LabelImg 图片标注工具 for Mac

图片标注是物体检测等工作的基础，就是将图片中的物体，使用矩形框画出来，并且指定合适的标签。目前，比较常用的标注工具就是LabelImg，LabelImg提供可视化的画框操作界面，将图片的标注信息写入同名的XML文件中。在LabelImg工程的主页，有一行对于操作系统的说明：即目前的可执行文件，仅支持Windows和Linux，macOS需要从源码构建应用。那么，如何在Mac中构建L...

2018-05-24 15:31:08 4803

原创 MXNet 网络的 load_params 错误

当训练MXNet网络时，由服务器端GPU训练出模型：在本地Mac端CPU中，无法调用load_params()加载模型；在服务器端GPU中，可以调用成功；错误如下：AssertionError: Parameter conv0_weight is missing in file xxx.paramsWhy？尝试1参考关于使用load_params出现的错误 ...

2018-05-21 13:39:30 2081

原创 MXNet/Gluon 中 Triplet Loss 算法

Triplet Loss，即三元组损失，用于训练差异性较小的数据集，数据集中标签较多，标签的样本较少。输入数据包括锚（Anchor）示例⚓️、正（Positive）示例和负（Negative）示例，通过优化模型，使得锚示例与正示例的距离小于锚示例与负示例的距离，实现样本的相似性计算。其中锚示例是样本集中随机选取的一个样本，正示例与锚示例属于同一类的样本，而负示例与锚示例属于不同类的样本。在...

2018-05-18 12:46:00 3002

原创深度框架 MXNet/Gluon 初体验

MXNet: A flexible and efficient library for deep learning.这是MXNet的官网介绍，“MXNet是灵活且高效的深度学习库”。MXNet是主流的三大深度学习框架之一：TensorFlow：Google支持，其简化版是Keras；PyTorch：Facebook支持，其工业版是Caffe2；MXNet：中立，Apach...

2018-05-17 14:26:27 17889 4

药物设计相关数据库.xmind

药物设计相关数据库是专门收集、整理和提供药物候选分子、生物靶标信息、药物化学结构、生物活性数据以及药物设计工具的电子资源。

2024-07-02

官网源码：https://github.com/soedinglab/MMseqs2 MMseqs2 可执行文件，根据源码编译，需要安装插件运行，支持 MPI 功能。 apt-get install libatomic1 性能测试，参考文章：https://spike.blog.csdn.net/article/details/131966061 MMseq2 是非常强大和高效的生物信息学软件，可以在极短的时间内对大规模的核苷酸和蛋白质序列进行搜索和聚类。主要特点有： - 使用一种新颖的序列比对算法，可以在保持高灵敏度的同时，大幅提高搜索速度。它可以比 BLAST 快 10000 倍，比 PSI-BLAST 快 400 倍。 - 可以处理多种序列格式，包括 FASTA, FASTQ, A3M, Stockholm 等，还可以直接从 NCBI 下载序列数据，或者从 UniProt, Pfam, InterPro 等数据库中获取预构建的序列集。

2023-07-27

DrugChat测试模型

使用开源数据，未训练充分，仅用于测试。

2023-06-26

冷冻电镜的低通滤波算法

优化版本的冷冻电镜的低通滤波算法v1.1，目标，将冷冻电镜图像，通过低通滤波算法降噪，输入冷冻电镜图像，输出信息集中的降噪图像。参考文章：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/126127817?spm=1001.2014.3001.5502

2022-08-02