生信笔记
ccArtermices
生物科学专业但是热爱编程
展开
-
生信学习笔记:用gmap将dna的片段mapping到基因组上
gmap是一款可以用于将DNA片段mapping到基因组上的软件,相对于bowie和bwa有其优点,同学们可以比较下。1. 下载gmap:http://research-pub.gene.com/gmap/从上面的下载地址中下载最新版,如果要下载比较旧的版本,可以选择“Previously released versions”,本人选择的是gmap-gsnap-2019-06-10.t...原创 2019-09-07 16:09:39 · 5979 阅读 · 0 评论 -
生信学习笔记:利用GATK call SNP
生信学习笔记:利用GATK call SNPSNP是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入。SNP在基因组中分布相当广泛,近来的研究表明在很多物种基因组中每300bp就出现一次。大量存在的SNP位点,使人们有机会发现与各种疾病,包括肿瘤相关的基因组突变。既然SNP那么广泛存在,获得SNP就变成一项重要的任务。在经历了样本收集、测序、质控和mapping后,我们输出了bam格式...原创 2019-09-19 15:02:10 · 17079 阅读 · 1 评论