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RSS订阅原创 蛋白质配体复合物-分子动力学模拟Gromacs
前言本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。蛋白质-配体模拟一般过程：获取蛋白质结构文件、分子对接后的配体结构文件→ 准备蛋白质拓扑 → 选择力场 → 手动小分子拓扑→ 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 能量最小化 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果软件：gromacs2021目录1.准备蛋白质结构文件、分子对接后的配体结构文件2.准备拓扑、选择力场3.手动小分子拓扑4.添加盒子、溶剂5.添加离子6.能量最小化7.温度、压.......
2022-06-15 09:21:30
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原创 分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）
本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。模拟一般过程：获取蛋白质结构文件 → 准备拓扑 → 选择力场 → 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 最小化能量 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果软件：gromacs2021目录1.准备蛋白质结构文件2.准备拓扑、选择力场3.添加盒子、溶剂4.添加离子5.最小化能量6.温度、压力平衡7.开始模拟8.分析结果开始1.准备蛋白质结构文件蛋白质结构文件（.pdb）可以从PDB.....
2022-02-23 14:27:20
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空空如也
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