HASHDB:一个简单的Key-value的存储系统原型

HASHDB:一个简单的Key-value的存储系统原型

来源：http://blog.csdn.net/liuben/article/details/6670841

1、HashDB是什么？
HashDB是一个简单的KeyValue存储系统原型，提供基本的<key, value>二元组的数据存储与读取功能，亦即当前被广为推崇的NoSQL存储系统。最初想到设计这个小系统，完全是出于偶然。本人维护着一个轻量级的开源重复数据删除小工具deduputil，它基于块级对文件目录进行数据去重并进行打包，支持定长和变长数据分块算法，并支持数据块压缩。deduputil使用hash数据指纹来区分和识别重复数据块，数据块指纹采用hashtable进行存储和查找，并完全置于内存中。假设，数据块平均大小为4KB，数据块对象属性描述约需40字节，则存储8TB数据的指纹大约需要80GB内存，如此庞大的内存需求使得deduputil很难工作于普通的PC或服务器。因此决定对deduputil进行重构，支持在内存有限的环境下进行大数据量的去重和打包，思想是让指纹数据在内存与磁盘之间进行交换。最初想直接采用类似Tokyo Cabinet的NoSQL系统，后来发现这些系统远远比deduputil复杂，使用它们真是大材小用，而且使得deduputil对第三方软件产生了依赖。于是产生了设计一个简单的KeyValue存储系统的念头，经过几个晚上的奋战，HashDB原型系统完成并成功应用于deduputil上，代码量不到1000行，非常非常轻量级。HashDB以较小的内存消耗达到支持超大hashtable，数据持久化存储于文件中，并在内存与文件之间进行交换。HashDB主要采用了hashtable, bloom filter, set-assocaite cache, file layout, btree等数据结构与算法，初步性能测试结果表明HashDB的性能基本还算不错，已经比较接近Tokyo Cabinet的性能。HashDB源码包含在deduputil中，可以从http://sourceforge.net/projects/deduputil/获得。 

2、基本原理

HashDB采用哈稀表数据结构组织数据，以文件形式对数据进行持久化存储，文件数据布局如下图所示，由header, bloom filter, bucket array, hash entries四个部分组成。Header记录HashDB的一些全局信息，比如总的记录数、hash桶数、缓存记录数以及它们在文件中的偏移位置。Header持久化存储在HashDB文件头部，加载时需要首先读取它，然后据此加载其他组成部分数据。Bloom filter是一个空间效率很高的数据结构，它由一个位数组和一组hash映射函数组成。Bloom filter可以用于检索一个元素是否在一个集合中，它的优点是空间效率和查询时间都远远超过一般的算法，缺点是有一定的误识别率和删除困难。这里主要利用bloom filter来快速判断给定Key是否存在于HashDB中，如果不存在则直接返回，存在则再进行文件I/O读写和Key精确查找，从而节省大量的I/O和检索开销。bloom filter长度由最大支持记录数决定，在创建HashDB时指定并保存在header中，一旦创建不可修改，下次启动时从header中读取并加载。

HashDB以hashtable方式组织数据，桶数组长度在创建时指定，同样以后不可修改。bucket array会远远小于记录总数，一般平均桶长在10以上。通常情况下，桶中以链表方式组织产生冲突的记录，查找时遍历链表，当桶较长时顺序查找效率较低。HashDB桶中的记录采用btree结合二次hash方法来组织，这点参考了Tokyo Cabinet。Btree实现简单，查找时间复杂度为log(h)，但可能会发生二叉树极度为平衡的情况，而平衡树（如RB, B*, B-, B+树）实现则较为复杂。二次hash方法，先比较hash值再比较关键字key，从而获得较为平衡的btree。实践表明，btree结合二次hash的方法非常有效，可以大大提高检索效率。Bucket array中记录中对应桶的btree根结点偏移，以它为Root可以遍历搜索整个hash桶。

Hash entries区域部分存储了所有的KeyValue记录，出于简化设计实现考虑，每个记录的大小固定，Key和Value都有最大长度限制，记录以Append方式增加，支持修改Key对应的Value值，目前没有支持删除操作。同一个桶中的记录以btree方式组织，入口地址保存在bucket array中对应桶节点中。HashDB设计了Cache系统来提升性能，缓存的记录数量通常约为总记录数的10%，这也是采纳了热点数据的常见比率。Cache管理算法采用类似计算机高速Cache的组相联（Set-associative）算法，以hash为基础进行记录的换入和换出，即同一个桶中的记录会被cache到相同的cache项中。

HashDB中，header, bloom filter, bucket array, hash entries四个部分持久化存储于文件中，运行时header, bloom filter, bucket array完全缓存在内存中，cache则仅在运行时存在，这部分内存空间消耗是可以估算的。假设，总记录数tnum=1000万，hash桶数bnum=100万，缓存记录数量cnum=100万，每条记录固定大小为1KB，则内存消耗=1000万/8 + 100万*8 + 100万*1KB = 1.25MB + 8MB + 1GB。HashDB加载时，header, bloom filter, bucket array将从文件中读取并载入内存，并读取每个hash桶的第一个记录对cache进行预热。HashDB关闭时，内存中的所有脏数据将被写回文件，记录数庞大时，这个过程会比较耗时。

HashDB目前还是一个很简单的原型系统，没有提供锁机制，只能应用于单进程/线程模式。HashDB也没有提供常驻系统服务（Daemon），仅提供如下几个API进行访问。详细信息请参考hashdb.h & hashdb.c，简单描述如下：
HASHDB *hashdb_new(uint64_t tnum, uint32_t bnum, uint32_t cnum, hashfunc_t hash_func1, hashfunc_t hash_func2);
创建一个新的HashDB对象，参数分别为总记录数、hash桶数、缓存记录数、两个hash函数。

int hashdb_open(HASHDB *db, const char *path);
使用HashDB对象打开文件，路径由path指定。如果HashDB文件已经存在，则将header, bloom filter, bucket array载入内存，然后预读记录进行cache预热；如果是新建HashDB，则根据hashdb_new输入参数计算header结构各项参数值，然后在文件中为header, bloom filter, bucket array预分配空间。 

int hashdb_close(HASHDB *db, int flash);
关闭HashDB，将缓存数据中的所有脏数据与加文件，并释放内存空间。

int hashdb_set(HASHDB *db, char *key, void *value, int vsize);
设置（写入或更新）KeyValue记录，参数分别为关键字、值以及value长度。pos = hash_func1(key) % cnum，计算出key对应的cache位置，如果该位置已经缓存记录但不是当前记录，则将该记录换出内存（缓存状态设置为未缓存）；如果没有缓存并bloom filter判断记录存在，则查找记录并换入内存。然后，设置缓存记录结构各项数据，对于新记录需要设置bloom filter位状态和缓存状态。

int hashdb_get(HASHDB *db, char *key, void *value, int *vsize);
读取KeyValue记录，参数分别为关键字、值缓冲区和值长度。pos = hash_func1(key) % cnum，计算出key对应的cache位置，如果bloom filter判断该记录不存在，则直接返回。如果该位置缓存记录但不是当前记录，则将该记录换出内存；如果没有缓存，则查找记录并换入内存，然后复制key对应的记录值和值长度。

3、核心数据结构与算法
HashDB的核心数据结构由HASHDB结构体来描述，这些信息完整描述如头文件hashdb.h所示。

[cpp]  view plain copy print ?

1. #ifndef _HASHDB_H  
2. #define _HASHDB_H  
3.   
4. #include <stdint.h>  
5. #include "bloom.h"  
6.   
7. #define HASHDB_KEY_MAX_SZ   256  
8. #define HASHDB_VALUE_MAX_SZ 256  
9. #define HASHDB_DEFAULT_TNUM 10000000  
10. #define HASHDB_DEFAULT_BNUM 10000000  
11. #define HASHDB_DEFAULT_CNUM 10000000  
12.   
13. typedef struct hash_entry {  
14.     uint8_t cached;     /* cached or not */  
15.     char *key;      /* key of <key, value> */  
16.     void *value;        /* value of <key, value> */  
17.     uint32_t ksize;     /* size of the key */  
18.     uint32_t vsize;     /* size of the value */  
19.     uint32_t tsize;     /* total size of the entry */  
20.     uint32_t hash;      /* second hash value */  
21.     uint64_t off;       /* offset of the entry */  
22.     uint64_t left;      /* offset of the left child */  
23.     uint64_t right;     /* offset of the right child */  
24. } HASH_ENTRY;  
25. #define HASH_ENTRY_SZ sizeof(HASH_ENTRY)  
26.   
27. typedef struct hash_bucket {  
28.     uint64_t off;       /* offset of the first entry in the bucket */  
29. } HASH_BUCKET;  
30. #define HASH_BUCKET_SZ sizeof(HASH_BUCKET)  
31.   
32. typedef struct hashdb_header {  
33.     uint32_t magic;     /* magic number */  
34.     uint32_t cnum;      /* number of cache items */  
35.     uint32_t bnum;      /* number of hash buckets */  
36.     uint64_t tnum;      /* number of total items */  
37.     uint64_t boff;      /* offset of bloom filter */  
38.     uint64_t hoff;      /* offset of hash buckets */  
39.     uint64_t voff;      /* offset of hash values */  
40. } HASHDB_HDR;  
41. #define HASHDB_HDR_SZ sizeof(HASHDB_HDR)  
42. #define HASHDB_MAGIC 20091209  
43.   
44. typedef uint32_t (*hashfunc_t)(const char *);  
45. typedef struct hashdb  
46. {  
47.     char *dbname;       /* hashdb filename */  
48.     int fd;         /* hashdb fd */  
49.     HASHDB_HDR header;  /* hashdb header */  
50.     BLOOM *bloom;       /* bloom filter */  
51.     HASH_BUCKET *bucket;    /* hash buckets */  
52.     HASH_ENTRY *cache;  /* hash item cache */  
53.     hashfunc_t hash_func1;  /* hash function for hash bucket */  
54.     hashfunc_t hash_func2;  /* hash function for btree in the hash bucket */  
55. } HASHDB;  
56. #define HASHDB_SZ  sizeof(HASHDB)  
57.   
58. HASHDB *hashdb_new(uint64_t tnum, uint32_t bnum, uint32_t cnum, \  
59.     hashfunc_t hash_func1, hashfunc_t hash_func2);  
60. int hashdb_open(HASHDB *db, const char *path);  
61. int hashdb_close(HASHDB *db, int flash);  
62. int hashdb_set(HASHDB *db, char *key, void *value, int vsize);  
63. int hashdb_get(HASHDB *db, char *key, void *value, int *vsize);  
64. int hashdb_unlink(HASHDB *db);  
65.   
66. #endif  

HASHDB核心算法主要包括缓存换出、缓存换入、记录设置、记录读取，分别对应hashdb.c源码中的函数hashdb_swapout(), hashdb_swapin(), hashdb_set(), hashdb_get()，详细算法描述如下。
hashdb_swapout算法
函数原型：int hashdb_swapout(HASHDB *db, uint32_t hash1, uint32_t hash2, HASH_ENTRY *he)
(1)如果he为空，或者he未缓存，直接返回0；
(2)如果he->off == 0，则he未曾被写回文件，需要先确定he->offset和父节点；
    2.1 计算桶位置pos = hash1 % db->header.bnum，起始查询节点入口root = db->bucket[pos].off；
    2.2 如果root==0则转到2.4，否则从文件root偏移处读取数据hebuf，并获取hentry, hkey, kvalue指针，将patent指向hentry；
    2.3 基于hash2和key比较记录，如果hentry大，则root = hentry->left，否则root = hentry->right，跳转到2.2；
    2.4 将文件末尾位置即为he->off，如果db->bucket[pos].off == 0，则将he->off设置为桶起始偏移；
    2.5 如果parent.off有效，则根据比较大小结果将he设置为其左节点或右节点；
(3)定位文件至he->off处，写回记录数据；
(4)释放he->key和he->value，并将he->off, left, right, cached全部设置为0。

hashdb_swapin算法
函数原型：int hashdb_swapin(HASHDB *db, char *key, uint32_t hash1, uint32_t hash2, HASH_ENTRY *he)
(1)计算桶位置pos = hash1 % db->header.bnum，起始查询节点入口root = db->bucket[pos].off；
(2)如果root==0则转到5，否则从文件root偏移处读取数据hebuf，并获取hentry, hkey, kvalue指针；
(3)基于hash2和key比较记录，如果hentry大，则root = hentry->left，如果hentry小，则root = hentry->right，跳转到2；
(4)找到指定记录，复制数据至he，设置缓存状态he->cached = 1，释放分配空间，并返回成功0；
(5)释放分配空间，返回未找到指定记录-2。

hashdb_set算法
函数原型：int hashdb_set(HASHDB *db, char *key, void *value, int vsize)
(1)检查条件，如果非法则返回错误-1；
(2)计算hash值，hash1 = db->hash_func1(key), hash2 = db->hash_func2(key), pos = hash1 % db->header.cnum；
(3)如果db->cache[pos]缓存但不是key对应记录，则将该记录换出；
(4)如果db->cache[pos]未被缓存，且bloom filter中判断记录存在，则进行换入操作；
(5)如果key和value长度超过最大限制，则返回错误-1；
(6)设置缓存记录的各个数据项，如果是新记录，则将对应的off, left, right设置为0，设置bloom filter位状态和cache状态位。

hashdb_get算法
函数原型：int hashdb_get(HASHDB *db, char *key, void *value, int *vsize)
(1)检查条件，如果非法则返回错误-1；
(2)计算hash值，hash1 = db->hash_func1(key), hash2 = db->hash_func2(key)；
(3)检查bloom filter，如果判断记录不存在，则返回不存在-2；
(4)计算pos = hash1 % db->header.cnum，如果db->cache[pos]缓存但不是key对应记录，则将该记录换出；
(5)如果db->cache[pos]未被缓存，则进行换入操作；
(6)复制记录数据至value，并设置值长度。

4、初步性能测试
hashdb.c中实现了简单的性能测试代码，使用gcc -o hashdb bloom.c hashdb.c -DHASHDB_TEST编译生成测试程序。我的Desktop是普通的PC机（4GB内存），运行结果如下。其中，第一个测试用例是创建一个新的hashdb文件，设置和读取100百万条记录分别耗时1.146602和1.254793秒；第二个测试用例对前面创建的hashdb文件进行加载并读取100万条记录，耗时0.726538秒。这个性能已经非常接近于Tokyo Cabinet，当然本测试程序相当简单，只能作为初步的性能测试。测试程序中tnum, bnum, cnum的值均设置为1000万，Key和Value的最大长度均设置为64。对于这个性能测试结果，已经达到初步的设计目标，能够满足deduputil的数据指纹存储和查询需求，后续将对原型作进一步的性能优化。

root@Aigui-Desktop:~# ./hashdb  /tmp/hashdb 1000000 set ver del
the value of #1000000 is not set
used time for set records = 1.146602 seconds
used time for get records = 1.254793 seconds

root@Aigui-Desktop:~# ./hashdb  /tmp/hashdb 1000000 get ver del
the value of #1000000 is not set
used time for set records = 0.000000 seconds
used time for get records = 0.726538 seconds

5、Roadmap
HashDB后续Roadmap还未作过多考虑，初步想法主要有以下几个着手点。
(1)记录删除支持
(2)不定长记录
(3)异步Cache writeback
(4)Cache管理算法
(5)多线程并发访问
(6)多进程并发访问
(7)Daemon服务
(8)分布式集群化