cluster.k-means_._labels_inertia_precompute_dense

def _labels_inertia_precompute_dense(X, x_squared_norms, centers, distances):

    """Compute labels and inertia using a full distance matrix.
    This will overwrite the 'distances' array in-place.

    Parameters
    ----------
    X : numpy array, shape (n_sample, n_features)
        Input data.
    x_squared_norms : numpy array, shape (n_samples,)
        Precomputed squared norms of X.
    centers : numpy array, shape (n_clusters, n_features)
        Cluster centers which data is assigned to.
    distances : numpy array, shape (n_samples,)
        Pre-allocated array in which distances are stored.

    Returns
    -------
    labels : numpy array, dtype=np.int, shape (n_samples,)
        Indices of clusters that samples are assigned to.
    inertia : float
        Sum of distances of samples to their closest cluster center.
    """

    # 样本数
	n_samples = X.shape[0]
	# 中心点数
    k = centers.shape[0]
    # 计算样本点到各中心的距离。返回shape（k,n_samples）
	all_distances = euclidean_distances(centers, X, x_squared_norms,
                                        squared=True)
	# 初始化labels
    labels = np.empty(n_samples, dtype=np.int32)
	# 赋值-1
    labels.fill(-1)
	# 初始化mindist，赋值inf。
    mindist = np.empty(n_samples)
    mindist.fill(np.infty)
	# 对每个中心点：
    for center_id in range(k):
		# 取样本点到该中心点的距离，赋值dist。
        dist = all_distances[center_id]
		# 距离比历史距离小，则更新其labels为center_id。
        labels[dist < mindist] = center_id
		# 更新mindist为dist与mindist中较小的一个。
        mindist = np.minimum(dist, mindist)
	
	# 检查维度。
    if n_samples == distances.shape[0]:
        # distances will be changed in-place
		# 更新distances
        distances[:] = mindist
	# 计算inertia。
    inertia = mindist.sum()
    return labels, inertia

函数：euclidean_distances()

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