Python 化学教程之使用 Psi4 优化分子的几何结构

大多数情况下，当我们需要为某些可能的对接或某些分子动力学模拟准备分子时，我们希望配体处于松弛状态，使分子具有正确的几何形状。大多数情况下，我会为分子编写自己的内部坐标，作为 SMILES 的一个很好的初始猜测，然后我使用 Psi4，这是一种量子力学软件，可以优化配体的几何形状。

让我们开始吧。首先你可以conda安装psi4：

conda install -c psi4 psi4 

接下来我们需要一个配体，我们将在其中优化几何结构。让我们看一下 Z 矩阵形式的甲醇，其中

col 1 是原子 1
col2 是键连接原子
col3 是两个原子之间的键长
col4 是连接原子的角度
col5 是三个原子之间的角度
col6 是二面角连接原子
col7 是四个原子之间的二面角

H11
O11  H11  0.9600
C11  O11  1.4000  H11  108.0000
H12  C11  1.1000  O11  112.0000  H11    0.0000
H13  C11  1.1000  O11  112.0000  H11  120.0000
H14  C11  1.1000  O11  111.8699  H11 -120.0000

现在，如果我们看一下几何图形并输出到某个 xyz 坐标：

import psi4

psi4.set_memory('1000mb')
psi4.core.set_num_threads(1)

zmatrix = '''\
H11
O11  H11  0.9600
C11  O11  1.4000  H11  108.0000
H12  C11  1.1000  O11  112.0000  H11  -60.0000