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题目
略，因为太长了！
分析主要思路要对，不会Java的就看看分析
字符串处理的题目，但是感觉思路不对的话处理起来很棘手。以下是我考完后才想出来的思路：
题目定义的规则有：“区块”和“行内”
对于输入的字符串我们的方法是：输入一行处理一行，在整个区块输入结束或整个输入结束后才输出一个区块的转换结果。
第一步：先处理行内，行内包括“强调”和“超级链接”，按照题目中的规则转换强调和超级链接。
第二步：处理区块，区块一共三种：“#”开头的标题、“*”开头的无序列表、其余的就是段落了。一个区块可能有多行，所以在每次处理一行时都要判断此行是否是区块的第一行，方便添加不同的格式
输出：空行和输入结束标志着区块的结束，可以输出结果了，在区块结束或整个输入结束才输出整个区块。代码中用preline保存每一个区块的前面的输入，每次处理一行时都根据preline来判断这个区块的类型，方便输出对应的格式字符串。如: 若preline包含"<ul>", 说明是个无序列表，输出时在最后补上"\n"+"</ul>"

具体实现见代码和注释，大概思路就是这样，C++的字符串感觉处理很麻烦我就写Java的了。。。。
代码

import java.util.Scanner;
public class Main{
    public static void main(String[] args){
        Scanner sc = new Scanner(System.in);
        String line = null;
        String preline = null;
        String text = "";
        int start,end;
        while(sc.hasNextLine()){
            line = sc.nextLine();
            if(line == null || line.length() == 0){
                if(preline == null){//连续空行，跳过
                    continue;
                }
                //遇到空行，说明区块结束了，可以输出区块的转换结果了
                if(preline.contains("<h")){
                    System.out.print(preline);
                }else if(preline.contains("<ul>")){
                    preline += "\n"+"</ul>"+"\n";
                    System.out.print(preline);
                }else if(preline.contains("<p>")){
                    preline += "</p>"+"\n";
                    System.out.print(preline);
                }
                //每次输出一个区块都要讲前面的preline置为null
                preline = null;
                continue;
            }
            //强调
            while((start = line.indexOf("_")) != -1){
                end = line.indexOf("_",start+1);
                text = line.substring(start, end+1);
                line = line.replace(text,"<em>"+text.substring(1,text.length()-1)+"</em>");
            }
            //超链接
            while((start = line.indexOf("[")) != -1){
                end = line.indexOf("]",start+1);
                text = line.substring(start+1, end);
                int khstart = line.indexOf("(",end);
                int khend = line.indexOf(")",khstart);
                String link = line.substring(khstart+1,khend);
                line = line.replace("["+text+"]"+"("+link+")","<a href=\""+link+"\""+">"+text+"</a>");
            }
            //处理区块
            //标题
            int num = 0;
            if(line.startsWith("#")){
                while(line.startsWith("#") && num <=6){
                    line = line.substring(1);
                    num++;
                }
                //忽略标题前的空格
                while(line.startsWith(" ")){
                    line = line.replaceFirst(" ","");
                }
                preline = "<h"+num+">"+line+"</h"+num+">"+"\n";
            //无序列表
            }else if(line.startsWith("*")){
                //消除星号
                line = line.replace("*", "");
                //消除星号后面的一个或多个空格
                while(line.startsWith(" ")){
                    line = line.substring(1);
                }
                if(preline == null){
                    preline = "<ul>"+"\n"+"<li>"+line+"</li>";
                }else{
                    preline += "\n"+"<li>"+line+"</li>";
                }
            }else{//段落
                if(preline == null){
                    preline = "<p>"+line;
                }else{
                    preline += "\n"+line;
                }
            }
        }
        //输入结束后还要输出最后一个区块的转换结果
        if(preline.contains("<h")){
            System.out.print(preline);
        }else if(preline.contains("<ul>")){
            preline += "\n"+"</ul>"+"\n";
            System.out.print(preline);
        }else if(preline.contains("<p>")){
            preline += "</p>"+"\n";
            System.out.print(preline);
        }
    }
}

PS：Java字符串的repaceFirst和replaceAll可以基于规则表达式去替换字符串，尽量直接用replace去做单纯的字符串替换。
字符串执行replace函数后，字符串本身不会发生变化，和substring()函数类似。